クラウドソーシングネットワーク推測：DREAM予測シグナル伝達ネットワークの挑戦

Sci. Signal., 6 September 2011
Vol. 4, Issue 189, p. mr7
[DOI: 10.1126/scisignal.2002212]

Robert J. Prill^1,2*, Julio Saez-Rodriguez^2,3*, Leonidas G. Alexopoulos⁴, Peter K. Sorger^5,6, and Gustavo Stolovitzky^1†

¹ IBM Computational Biology Center, Yorktown Heights, NY, 10598, USA.
² European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Welcome Trust Genome Campus, Cambridge CB10 1SD, UK.
³ European Molecular Biology Laboratory (EMBL), Genome Biology Unit, Meyerhofstrasse 1, D-69117 Heidelberg, Germany.
⁴ Department of Mechanical Engineering, National Technical University of Athens, Heroon Polytechniou 9, 15780 Zografou, Athens, Greece.
⁵ Department of Systems Biology, Harvard Medical School, Boston, MA 02115, USA.
⁶ Department of Biological Engineering, MIT, Cambridge, MA 02139, USA.

* These authors contributed equally to this work.
Meeting Information: The DREAM4 Predictive Signaling Network Challenge took place in the summer of 2009. Results were presented at the DREAM4 conference, December 2009, The Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, Massachusetts.

† Corresponding author. E-mail, gustavo@us.ibm.com

要約：シグナル伝達タンパク質の状態と活性（例えばリン酸化プロテオミクス解析のデータにより取得されたもの）に関する系統的な測定のコンピューター解析は、未同定のタンパク質間の相互作用を発見したり、特定の生物学的刺激に対する細胞応答にとって重要な相互作用のサブセットを同定したりする可能性がある。しかしながら、リン酸化プロテオミクスデータから機構的に妥当なタンパク質シグナル伝達ネットワーク（PSN）を推測することは困難な課題である。これは、部分的には、十分に包括的な実験的測定や、ネットワーク推測アルゴリズムのそもそもの限界、そして推測されるPSNの正確性を評価する標準の欠如による。12の研究グループが、リン酸化プロテオミクスのデータセットからPSNを推測した事例では、彼らの予測の正確性に基づいてPSNの評価をしている。異なる研究チームによって、これまで未報告の同じシグナル伝達相互作用が一致して予測されたことは、関連性のある実験が検証されたことを示唆し、複数の研究グループにより推測されたPSNを結合して複合PSNの枠組みを確立することになる。われわれは、PSNの構築をクラウドソーシングすること、つまり関心を有する団体に業務を外部委託することはネットワーク推測に対する効果的な戦略であると結論づける。

R. J. Prill, J. Saez-Rodriguez, L. G. Alexopoulos, P. K. Sorger, G. Stolovitzky, Crowdsourcing Network Inference: The DREAM Predictive Signaling Network Challenge. Sci. Signal. 4, mr7 (2011).