cBioPortalを利用した複雑ながんゲノミクスと臨床プロファイルの統合解析

Sci. Signal., 2 April 2013
Vol. 6, Issue 269, p. pl1
[DOI: 10.1126/scisignal.2004088]

Jianjiong Gao¹, Bülent Arman Aksoy¹, Ugur Dogrusoz², Gideon Dresdner¹, Benjamin Gross¹, S. Onur Sumer¹, Yichao Sun¹, Anders Jacobsen¹, Rileen Sinha¹, Erik Larsson³, Ethan Cerami^1,4, Chris Sander¹, and Nikolaus Schultz¹

¹ Computational Biology Center, Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, New York, NY 10065, USA.
² Computer Engineering Department, Bilkent University, 06800 Ankara, Turkey.
³ Institute of Biomedicine, Department of Medical Biochemistry and Cell Biology, University of Gothenburg, S-405 30 Gothenburg, Sweden.
⁴ Blueprint Medicines, Cambridge, MA 02142, USA.

Correspondence should be addressed to cbioportal@cbio.mskcc.org; user support is available at cbioportal@googlegroups.com

要約

cBioPortal for Cancer Genomics（http://cbioportal.org）は、多次元的ながんゲノミクスデータの探索、可視化、解析のためのWebリソースを提供している。このポータルサイトでは、がん組織およびがん細胞株から得られた分子プロファイリングデータを、すぐに理解できるジェネティックな事象、エピジェネティックな事象、遺伝子発現事象、プロテオミックな事象に集約している。クエリ（問い合わせ）インターフェースとカスタマイズされたデータストレージの併用により、研究者はサンプル、遺伝子、経路を横断する遺伝子変化を相互作用的に探索することができ、基礎データが利用可能な場合には、これらを臨床アウトカムと関連づけることができる。このポータルサイトでは、複数のプラットフォームから得られた遺伝子レベルのデータを図表化したサマリー、ネットワークの可視化と解析、生存分析、患者中心のクエリ、ソフトウェアプログラムへのアクセスが提供されている。このポータルサイトの直感的に使えるWebインターフェースのおかげで、バイオインフォマティクスの専門知識のない研究者や臨床医でも複雑ながんゲノミクスプロファイルを容易に利用することができ、生物学的発見が促進される。本稿では、われわれは、がんゲノミクスのためのcBioPortalの解析機能と可視化機能の実用ガイドを提供する。

J. Gao, B. A. Aksoy, U. Dogrusoz, G. Dresdner, B. Gross, S. O. Sumer, Y. Sun, A. Jacobsen, R. Sinha, E. Larsson, E. Cerami, C. Sander, N. Schultz, Integrative Analysis of Complex Cancer Genomics and Clinical Profiles Using the cBioPortal. Sci. Signal. 6, pl1 (2013).