ヒト細胞における異なる194の受容体転写産物の同時プロファイリング

Sci. Signal., 6 August 2013
Vol. 6, Issue 287, p. rs13
[DOI: 10.1126/scisignal.2003624]

Byong H. Kang^*, Karin J. Jensen^*, Jaime A. Hatch, and Kevin A. Janes†

Department of Biomedical Engineering, University of Virginia, Charlottesville, VA 22908, USA.

^* These authors contributed equally to this work.

† Corresponding author. E-mail: kjanes@virginia.edu

要約

多くのシグナル伝達カスケードは膜貫通型受容体から始まり、受容体の有無および存在量が細胞応答を指令する。われわれは、ヒトゲノムにおける194の膜貫通型受容体の転写産物の存在と相対量のハイスループットプロファイリングのための有効性を確認した定量的逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（qRT-PCR）試薬のアレイを提供する。われわれは、このqRT-PCRアレイが従来型のオリゴヌクレオチドアレイやエクソンアレイよりも、検出された受容体転写産物プロファイルに関して高い感受性と特異性を持つことを見いだした。qRT-PCRアレイはまた、RNA配列決定（RNA-seq）によるアデニル化RNA種の深度の高いシークエンスよりも正確に機能的受容体の有無を識別した。qRT-PCRアレイに基づく受容定転写産物プロファイルを4つの主な組織（膵臓、皮膚、乳房および結腸）を代表するヒト細胞株に適用することにより、シグナル伝達能が増強した一群の細胞株を同定し、組織系譜の規定における受容体サイレンシングの役割を明らかにした。インターロイキン-10（IL-10）受容体をコードする遺伝子IL10RAの黒色腫細胞における異所性発現は、通常このタイプの細胞ではみられないIL-10のオートクリンループを引き起こし、シグナル伝達、遺伝子発現、および炎症誘発刺激に対する細胞応答を変化させた。このアレイは、ヒトのどんな細胞や組織のタイプにも受容体発現特性を割り当てられる迅速で安価で便利な手法を提供する。

B. H. Kang, K. J. Jensen, J. A. Hatch, K. A. Janes, Simultaneous Profiling of 194 Distinct Receptor Transcripts in Human Cells. Sci. Signal. 6, rs13 (2013).