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次世代シーケンシング（NGS）ライブラリ調製用の高品質なDNAを精製 Chromatrap® HT 酵素消化 ChIP-seq キット（96ウェル）

メーカー名：Porvair Sciences Ltd

Chromatrap® 酵素消化 ChIP-seq キットは、クロマチン免疫沈降法（ChIP）により細胞からDNAを回収し、次世代シーケンシング（NGS）ライブラリ調製に使用できる高品質なDNAを精製するキットです。

ChIP アッセイに必要なDNAの断片化を、超音波処理ではなく、酵素消化により行います。

1キットで、最大96サンプルの ChIP アッセイと、10回のクロマチン調製が可能な、ハイスループットフォーマットです。

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背景

Chromatrap® とは？

Chromatrap® は、ChIP（クロマチン免疫沈降法）をより迅速・効率的に行うことのできる、固相フィルターを用いた技術です。

従来の方法と比較して、下記のような特長があります。

迅速
高い信頼性
簡単
高感度で、ターゲット量が少ない場合に最適

使用目的

本キットには、ChIPアッセイに必要となる主な試薬と、NGSライブラリ調製用の高品質なDNAを精製できるカラムが含まれています。また、ポジティブ／ネガティブコントロール抗体・プライマーセットが付属します。
少量のクロマチンを選択的に濃縮することが可能で、最適化された溶出バッファーにより高品質なDNAが得られます。

特長

精製したDNAは、qPCR とシーケンシングの両方に使用できます
広範囲のクロマチン量（1-50µg）に対応し、少量のサンプルでも良好な結果が得られます
解析が困難な初代培養細胞サンプルや、少量の転写因子の濃縮に適しています
キットには、ポジティブ／ネガティブコントロール抗体・プライマーセットが付属します

構成内容

キット構成品

Chromatrap® 96 HT^※
Chromatrap® 96 HT balance plate
96-well collection plate
96-well balance collection plate
Elution plate
96-well balance elution plate
Elution and balance plate strip caps
Column conditioning buffer (3x)
Wash Buffer 1 (3x)
Wash Buffer 2 (3x)
Wash Buffer 3 (3x)
1.3 M Glycine
Lysis Buffer
Digestion buffer
Enzymatic Stop Solution
ChIP-seq Elution Buffer
5 M NaCl
1 M NaHCO₃
Hypotonic Buffer
Shearing cocktail
Protease Inhibitor Cocktail (PIC)
Proteinase K stop solution
Proteinase K
H3K4me3 antibody
Immunoglobulin G
Forward primer
Reverse primer
Chromatrap® 96 DNA purification plate
DNA binding buffer
DNA wash buffer
DNA elution buffer
Chromatrap® 96 DNA elution plate

※品番 500216 は「Chromatrap® 96 HT Protein A plate」、品番 500217 は「Chromatrap® 96 HT Protein G plate」です。

その他で必要となる試薬・機器

［試薬・消耗品］

PBS
37% ホルムアルデヒド、molecular biology grade
ヌクレアーゼフリー水
100bp ラダー
セルスクレイパー
マイクロ遠心チューブ（0.5 mL および 1.5 mL）
PCR プレート
DNA LoBind チューブ（オプション）
ピペット、チップ（フィルターチップを推奨）
ChIP 検証済み抗体
目的遺伝子の qPCR プライマーペア
0.1% SDS 溶液（酵素処理による断片化用）
リザーバー

［Illumina® シーケンシングライブラリ調製に必要となる試薬・機器］

96-well PCR プレート／チューブ
96-well マグネットスタンドまたは同等品
サーマルサイクラー
Qubit® 2.0 fluorometer with dsDNA high sensitivity kit (または同等の蛍光ベースの定量法)
Agilent Technologies 2100 Bioanalyzer with high sensitivity DNA kit
Ultrapure agarose (インヒビター・ヌクレアーゼフリー)
SYBR® Gold nucleic acid stain
Agencourt AMPure XP beads
ライブラリサンプル調製キット (例： Illumina® TruSeq)
ライブラリ定量キット (例： KAPA library quantification kit)

Chromatrap® ChIP-seq 概要

Chromatrap® ChIP-seq プロトコール

ステップ	プロセス	必要な時間	日数
1	細胞固定・回収	0.5時間	1
2	細胞溶解・クロマチン断片化	0.5時間	1
3	免疫沈降	1時間	1
4	リバースクロスリンク・DNA精製	3.5時間	1
5	定量PCR解析	1時間	1
6	NGSライブラリ調製	場合により異なる	2-4
7	クラスター形成・シーケンシング	場合により異なる	4-5
8	シーケンス解析	場合により異なる	5-6