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PCRマスターミックス中のコンタミDNAを除去 PCR decontamination kit

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メーカー名：Enzo Life Sciences,Inc.

PCR decontamination kitは、dsDNaseを使用して、マスターミックス中のDNAコンタミを除去します。二本鎖DNA特異的なdsDNaseによって、プライマーとプローブ存在下でも除去が可能です。（プロトコール参照）

dsDNaseは、DTT存在下において60℃で不活性化されるため、その後添加するDNAテンプレートが消化されることはありません。コンタミ除去後のマスターミックスは、PCR反応に使用できます。

背景

PCRマスターミックスはコンタミしています

PCR法は、高感度なDNA検出方法で、研究や診断で使用されています。

Taqポリメラーゼは、しばしば大腸菌DNAのコンタミを生じることがあり、感度の低下や、少量のバクテリアDNAを標的する場合の偽陽性を引き起こすことがあります。別のコンタミ源として、dNTPs、バッファー構成物、プライマー/プローブ、ハンドリング中のDNAの混入があります。バクテリアDNAのコンタミは多くの2x qPCRマスターミックスでみられます。E. coli 23S プライマー/プローブセットを用いて、市販の qPCR 2xマスターミックスを試験したところ、図1で示すようにバクテリアDNAのコンタミを検出した。

図1．各社の2x プローブマスターミックスで水（NTC）をテンプレートにE. coli 23S DNAを検出した。
E. coli 23S DNAは全てのマスターミックスでCq値30-35の範囲で検出された。

特長

PCRマスターミックス中のDNAコンタミネーションを除去
バックグラウンド低減でターゲット検出性を向上
PCR感度に影響なし
PCRおよびプローブベースのqPCRミックスに最適

構成内容

Heat-labile dsDNase（100 反応）
DTT（Inactivation Aid）

プロトコール

20μlの反応系でのコンタミ除去プロトコールを以下に示します。

dsDNaseとプライマー、マスターミックスを混合

2xMM
プライマーおよびプローブ
0.5μl dsDNase
0.5μl DTT
水

インキュベート

20分間、37℃
20分間、60℃

テンプレートを加え、qPCR

コンタミ除去済みのマスターミックスを分注しテンプレートを添加（トータル容量 20μl）。qPCRを実行。

製品データ

PCR感度に影響しません

図2．コンタミを除去したマスターミックスと未処理のqPCR 2xマスターミックスを比較した。
水（NTC）と5段階で10倍希釈した E. coli gDNA をテンプレートに使用し、qPCRを行ったところ、本製品で処理した水（NTC）は45サイクルでもDNAを検出しなかった。また、得られたCq値からスタンダードカーブを得たところ、処理または未処理のマスターミックス間で変化はみられなかった（差し込み図）。