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PI4K2A はホスファチジルイノシトールフォスファターゼ (PtdInsPs) の形成において役割を担う。また、PtdInsPs は細胞増殖やアクチン骨格の構築からエンドサイトーシス、エキソサイトーシスまで多岐にわたるプロセスに関与する。PI4K2A はPtdIns の4 位をリン酸化しPtdInsPs の生合成に重要な役割を果たすほか、血管新生とHIF-1alpha の制御により腫瘍形成を調節する。PI4K2A はゴルジ体に PtdIns4P リッチドメインを形成し、クラスリンアダプターAP-1 複合体のターゲッティングを制御する。さらに、PI4K2A はWnt による LRP6 のリン酸化制御にも関与する。