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FAQ : RayBiotech(RBT)社 抗体アレイ

商品詳細 「抗体アレイ -RayBiotech-」

【01】 定量的抗体アレイ(Quantibody)と半定量的抗体アレイ(C、G、Lシリーズ)の違いは何ですか?

定量的アレイではアナライトの実際の濃度データ(例:pg/ml)を得ることができる一方、半定量的アレイでは2つ以上のサンプル間におけるアナライトの相対的変化についてデータを得られます。

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【02】 膜ベースとガラススライドベースの抗体アレイの違いは何ですか?

違いはいくつかありますが、主な違いとしては検出方法です。ガラススライドベースの抗体アレイは、蛍光検出のため、互換性のある蛍光スキャナーが必要です。( 互換性のある/推奨される蛍光スキャナーのリストについてはこちらを参照ください。
一方、膜ベースの抗体アレイは、化学発光検出のため、ほとんどのウェスタンブロットイメージングシステムが適合します。

必要なサンプル量についても異なります。膜ベースの抗体アレイに対して、ガラススライドベースの抗体アレイの方が少ないサンプル容量で実施できます。(ガラススライドの場合:〜70-100 ul(希釈後) 膜ベースの場合:最低 1 ml(希釈後))

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【03】 抗体アレイを行うにあたり、どのような機器が必要になりますか?

膜ベースの抗体アレイの場合、X線フィルム現像液、 CCDカメラ、またはゲルドキュメンテーションシステムなどの任意の化学発光イメージングシステムが必要です。(例えばLi-Cor Odyssey や Typhoon systemsなどの、近赤外蛍光のイメージングシステムがRBT社の膜ベースアレイでよく機能します。)

ガラススライドベースの抗体アレイの場合、遺伝子マイクロアレイ蛍光スキャナーが必要です。( 互換性のある/推奨される蛍光スキャナーのリストについてはこちらを参照ください。

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【04】 適用サンプルの種類は何になりますか?

ほとんどのアレイは、あらゆる生体液試料で使用できます。生体液試料とは、細胞培養培地、細胞ライセート、組織ライセート、およびすべての体液上清(血清、血漿、尿、脳脊髄液、気管支肺胞洗浄液:BAL、唾液、涙など)を含みます。

例外的に、ラベルベースの「L-シリーズ」では、血清/血漿以外の生体液試料やライセートにはご使用いただけません。
また、膜結合型受容体を検出するリン酸化抗体アレイは、細胞と組織ライセートサンプルでのみ検証されており、それらのサンプルでの使用を推奨します。

通常は、RBT社抗体アレイは水溶性・非変性タンパク質を含むセルフリー抽出液であれば実施できます。

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【05】 サンプル調製はどのように行いますか?

サンプル調製方法(培地、血清、血漿、尿、組織・細胞ライセート)の概要についてはこちらをご覧ください。
 Tips on Sample Preparation(RayBiotech社のWEBページへ移動します。)

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【06】 アレイ上のポジティブコントロールとネガティブコントロールとは何ですか?

ポジティブコントロールスポットは、標準化したビオチン化IgGです。ポジティブコントロールは、シグナルのノーマライゼーションや検出工程のモニタリング、アレイ画像の方向調整に用います。

ネガティブコントロールスポットは、バッファーのみがプリントされているため、シグナルは検出されません。ネガティブコントロールスポットは、バックグラウンドの補正に用います。

アレイマップ上の"ブランク"は、何もプリントされていない空の領域です。ネガティブコントロールとブランクスポットの両方からは類似のシグナルが得られるはずで、いずれかをバックグラウンドとして用います。

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【07】 アレイからのデータはどのようにして抽出しますか?

膜ベース抗体アレイの場合、データ収集は任意のデンシトメトリーソフトウェアによって可能です。CCDカメラベースのイメージングシステムには、一般的にデンシトメトリーソフトウェアアプリケーションが装備されています。また、NIH (imagej)を介して利用可能なフリーのデンシトメトリープログラムもご利用いただけます。(こちらからダウンロードできます。URL:http://rsb.info.nih.gov/ij/)。

ガラススライドベースの抗体アレイの場合、データの抽出には、蛍光スキャナのソフトウェアアプリケーションをお使いください。より高速なスポットの同定のために、フリーのGALファイルを提供することもできます。(こちらからダウンロードできます。URL:http://www.raybiotech.com/gal-files.html

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【08】 アレイデータのノーマライズはどのように行いますか?

アレイ間のデータ(異なるサンプル間)を比較するためには、アレイのポジティブコントロールのシグナル強度の差異を計算してノーマライズします。ポジティブコントロールスポットの各シグナル量は、1)抗体に結合したレポーター量(HRP標識ストレプトアビジン量または蛍光標識ストレプトアビジン量)、または 2)化学発光検出の露光時間の長さに依存します。 これらの要因はアレイ上の全スポットのシグナル強度に影響を与えるため、アレイ間におけるポジティブコントロールシグナルの差異は他のスポットの差異についても正確に反映します。

他のアレイのシグナルをノーマライズするためには、任意のアレイを 「reference」 アレイとして定義する必要があります。以下のように、ノーマライズした値を計算することができます。

X(nY) = X(Y) x P1/P(Y)

  • P1 = the average signal density of the positive control spots on the reference array
  • P(Y) = the average signal density of the positive control spots on Array Y
  • X(Y) = the signal density for a particular spot on Array for sample “Y”
  • X(nY)= the normalized value for that particular spot "X" on Array for sample “Y"
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