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エピトープコンサルテーション：抗原選択

抗原としてタンパク質を使用する場合、立体構造を含むエピトープを認識する抗体が出来る可能性があり特異的で親和性の高い抗体が得られるチャンスがあります。ただ、リコンビナントタンパク質はネイティブのタンパク質の立体構造を再現できていない場合もあるため注意が必要です。また、ポリクローナル抗体では、エピトープの数が多く抗体のバリエーションも増えますので、細かい違いを見分ける抗体は得られ難いことがあります。対してペプチドを抗原とする場合は、小さな分子のためエピトープは限定的で抗体のバリエーションも少なくなるため、アイソフォームや突然変異などの細かな違いを見極める抗体を取得できる期待があります。ただ、立体構造は認識できずリニアな部位を認識する抗体となりますので、類似のタンパク質と交差する場合があります。また、ペプチド抗原に対する抗体は高確率で得られますが、その抗体がターゲットタンパク質に反応しない可能性があります。エピトープがタンパク質の内側に存在していたり、翻訳後修飾されていたりと理由は様々です。しかしこれらの問題のほとんどは適切なエピトープデザインを行うことで防ぐことが可能です。

	抗原の種類
	ペプチド	タンパク質
メリット	●リン酸化など特定のエピトープのみを認識する抗体を作製可能 ● 配列の一部がわかれば未知のタンパク質でも作製可能 ● 抗原ペプチドが短時間、低コストで準備できる	● 得られた抗体はターゲットタンパク質に高い確率で反応する ● 立体構造を認識するような特異的な抗体が得られる ● 抗体のバリエーションが多く、親和性の高い抗体が得られる
デメリット	●得られた抗体がターゲットタンパク質に反応しない場合がある ● 類似のタンパク質と交差反応する可能性がある	● 特定のエピトープのみを認識する抗体の作製は難しい ● 抗原とするタンパク質の準備に時間とコストがかかる