商品情報

記事ID : 12482
研究用

次世代シーケンシング|高速RNAシーケンシングライブラリ(ストランド情報あり)調製キット(Illumina 社対応)
NEXTflex™ Rapid Directional RNA-Seq キット(dUTP ベース)

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NEXTflex™ Rapid Directional RNA-Seq キットは、mRNA または rRNA を除去したトータル RNA から、Illumina 社次世代シーケンサー(NGS)に対応するシングルリード、ペアエンド、マルチプレックスライブラリ(ストランド情報あり)を簡単に調製できるキットです。本キットは、生成されたRNA転写産物がどちらのDNA鎖に由来するかを示す、ストランド情報(特異性 99% 以上)を得るために使用することが可能です。ストランド情報により、転写産物のアノテーションやリードのアラインメントが向上し、サンプルあたりのシーケンシングコストを抑えることができます。また、dUTPが取り込まれた鎖の方向性により、アンチセンス発現制御の検出が可能になります。

  • 従来の RNA-seq ライブラリ調製プロトコール(ストランド情報あり)を2時間短縮
  • ストランド特異性 99% 以上
  • mRNA-seq バンドルキットをご用意
  • インプット量: トータルRNA 100 ng – 5 ug
  • 最小限のハンズオン時間
  • 最適化されたプロトコールでサンプルロスを低減
  • dUTP 法を採用
  • mRNA 鎖の方向性を測定可能
  • 確実で信頼性の高いパフォーマンス
  • マルチプレックス解析用のバーコードを最大96種類ご用意(別売です)
  • リキッドハンドラーによる自動化に適したワークフロー
  • Illumina® シークエンシングプラットフォームで検証済み
  • シングルリード、ペアエンドのトランスクリプトーム解析に対応

 

RNA-Seq ライブラリー調製キット(Illumina 社対応)選択ガイド

<特集ページはこちら>株式会社パーキンエルマージャパン NGS ライブラリ調製キット
 特集:次世代シーケンシング The NGS Experts™

 

特長

• 改良された Rapid RNA-Seq による高いライブラリ収量と優れたリードマッピング結果

NEXTflex™ Rapid Directional RNA-Seq キットは、他社製品と比較して、rRNA の除去、ライブラリ収量、全体的な品質に優れています。

• マルチプレックス解析

本キットは、NEXTflex™ RNA-Seq バーコード、または、NEXTflex-96™ RNA-Seq バーコードと組み合わせて使用することで、マルチプレックス解析が可能です。最大 96 種類の独自のアダプターバーコードが利用可能で、Illumina 社 RNA-seq で最もハイスループットなキットです。

• ポリ(A)ビーズによる mRNA 精製

本キットで検証済みの NEXTflex™ Poly(A) ビーズを使用することで、高純度でインタクトな mRNA を精製できます。

• GC/ATリッチなゲノム領域での高いカバレッジと収量

ライブラリ調製におけるPCR増幅により、塩基組成に極端な偏りのある領域の不均一なカバレッジ、重複したフラグメント数の増加、マッピングの精度の低下、不十分なバリアント検出、などのバイアスが発生します。NEXTflex™ PCR ポリメラーゼは、サンプルのGCバイアスを最小限に抑え、シーケンスの困難なゲノム領域に対しても均一なカバレッジを実現します。

構成内容

NEXTflex™ Rapid Directional RNA-Seq キット

  • NEXTflex™ RNA 断片化バッファー
  • NEXTflex™ First Strand 合成プライマー
  • NEXTflex™ Directional First Strand 合成バッファーミックス
  • NEXTflex™ Rapid 逆転写酵素
  • NEXTflex™ Directional Second Strand 合成ミックス
  • NEXTflex™ アデニル化ミックス
  • NEXTflex™ ライゲーションミックス
  • NEXTflex™ RNA-Seq バーコードアダプター 1 (0.6 µM)
  • NEXTflex™ ウラシル DNA グリコシラーゼ
  • NEXTflex™ プライマーミックス (12.5 µM)
  • NEXTflex™ PCR マスターミックス
  • ヌクレアーゼフリー水
  • 再懸濁バッファー
 

 

<その他 必要な試薬・機器>

  • 10 - 100 ng poly(A) RNA enriched または rRNA を除去したトータル RNA
  • NEXTflex™ Poly(A) ビーズ (株式会社パーキンエルマージャパン Cat # 512981)
  • DynaMag™-2 Magnet (Life Technologies Cat # 123-21D)
  • Ribo-Zero™ (Epicentre) または RiboMinus™ (Life Technologies) - rRNA 除去用
  • 100% エタノール(室温)
  • 80% エタノール(室温)
  • 2、10、20、200、1000 µL ピペット
  • RNase フリー ピペットチップ
  • ヌクレアーゼフリー 1.5 mL マイクロチューブ
  • Thin wall ヌクレアーゼフリー 0.5 mL マイクロチューブ
  • 96ウェル PCR プレート(ノンスカート) (Phenix Research, Cat # MPS-499) または同等製品
  • PCR プレートシール (BioRad, Cat # MSB1001)
  • PCR反応産物精製キット ‐ Agencourt AMPure XP 60 mL (Beckman Coulter Genomics, Cat # A63881)
  • 磁気スタンド-96 (Ambion, Cat # AM10027) または同等製品
  • 微量遠心機
  • サーマルサイクラー
  • ヒートブロック
  • ボルテックス

プロトコール

図1 NEXTflex™ Rapid Directional RNA-Seq フローチャート

図1 NEXTflex™ Rapid Directional RNA-Seq フローチャート

参考文献

  1. Denzler, R., Agarwal V., Stefano J., Bartel DP. and Stoffel, M. (2014) Assessing the ceRNA hypothesis with quantitative measurements of miRNA and target abundance. Mol. Cell. 54:4 pp 766-76.
  2. Nam, J., Rissland, O.S., Koppstein, D. et al. (2014) Global Analyses of the Effect of Different Cellular Contexts on MicroRNA Targeting. Molecular Cell. http://dx.doi.org/10.1016/j.molcel.2014.02.013.
  3. Rittschofa, C. C., et al. (2014) Neuromolecular responses to social challenge: Common mechanisms across mouse, stickleback fish, and honey bee. PNAS. doi: 10.1073/pnas.1420369111.
  4. Rossetto CC, Tarrant-Elorza M, Pari GS (2013) Cis and Trans Acting Factors Involved in Human Cytomegalovirus Experimental and Natural Latent Infection of CD14 (+) Monocytes and CD34 (+) Cells. PLoS Pathog 9(5): e1003366. doi:10.1371/journal.ppat.1003366.
  5. Van Laar, T, A., Chen, T, You, T., and Leung, K. P. (2015) Sublethal Concentrations of Carbapenems Alter Cell Morphology and Genomic Expression of Klebsiella pneumoniae Biofilms. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. doi: 10.1128/AAC.04581-14.
  6. Wheeler, M. M. and Robinson G. E. (2014) Diet-dependent gene expression in honey bees: honey vs. sucrose or high fructose corn syrup. Scientific Reports. 4: 5726. doi:10.1038/srep05726.

NEXTflex™ Rapid Directional RNA-Seq キット

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
NEXTflex(R) Rapid Directional RNA-Seq Kit PEJ NOVA-5138-07 8 RXN
¥88,000
NEXTflex(R) Rapid Directional RNA-Seq Kit PEJ NOVA-5138-08 48 RXN
¥424,600
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NEXTflex™ Rapid Directional mRNA-Seq バンドルキット

「NEXTflex™ Rapid Directional RNA-Seq キット」「NEXTflex™ RNA-Seq バーコード」「NEXTflex™ ポリ(A)ビーズ」がセットになった、お手頃価格のバンドルキットです。
バーコードが異なる2種類のキットをご用意しております。

 

【構成内容】

  • NEXTflex™ Rapid Directional RNA-Seq キット(48 rxn)
  • NEXTflex™ ポリ(A)ビーズ(48 rxn)
  • 24種類の NEXTflex™ RNA-Seq バーコード(反応2回分)
品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
NEXTflex(R) Rapid Directional mRNA-Seq Kit Bundle with RNA-Seq Barcodes 1 - 24 and beads PEJ NOVA-5138-10 48 RXN
¥428,900
NEXTflex(R) Rapid Directional mRNA-Seq Kit Bundle with RNA-Seq Barcodes 25 - 48 and beads PEJ NOVA-5138-11 48 RXN
¥428,900
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NEXTflex™ RNA-Seq バーコード

NEXTflex™ Rapid RNA-Seq キットと組み合わせてマルチプレックス解析に!

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
NEXTflex(R) RNA-Seq Barcodes - 6 PEJ NOVA-512911 48 RXN
¥49,500
NEXTflex(R) RNA-Seq Barcodes - 12 PEJ NOVA-512912 96 RXN
¥97,800
NEXTflex(R) RNA-Seq Barcodes - 24 PEJ NOVA-512913 192 RXN
¥193,300
NEXTflex(R) RNA-Seq Barcodes - 48 PEJ NOVA-512914 384 RXN
¥380,400
NEXTflex-96TM RNA-Seq Barcodes PEJ NOVA-512915 768 RXN
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【関連商品】 NEXTflex™ ポリ(A)ビーズ

トータルRNAからmRNAを簡単抽出

商品記事: NEXTflex™ ポリ(A)ビーズ

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
NEXTflex(R) Poly(A) Beads PEJ NOVA-512979 8 RXN
¥7,200
NEXTflex(R) Poly(A) Beads PEJ NOVA-512980 48 RXN
¥32,000
NEXTflex(R) Poly(A) Beads PEJ NOVA-512981 100 RXN
¥64,100
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商品は「研究用試薬」です。人や動物の医療用・臨床診断用・食品用としては使用しないように、十分ご注意ください。

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