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記事ID : 17070
研究用

ホルマリン固定パラフィン包埋サンプルから単離したDNAの疾患/癌関連変異を検出 NEXTflex™ BRCA1 & BRCA2 Amplicon Panel - FFPEサンプル用 - (Ion Torrent 対応)

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NEXTflex™ BRCA1 & BRCA2 Amplicon Panel(FFPEサンプル用)は、BRCA1およびBRCA2遺伝子座の全エクソン配列を標的とし、迅速にシーケンス解析できるキットです。本製品には、FFPE(ホルマリン固定パラフィン包埋)サンプルから単離したDNA中の、BRCA1 および BRCA2 のコード領域の増幅に必要なプライマーペアと試薬が含まれ、Ion Torrent対応のライブラリを調製します。

<特集ページはこちら>株式会社パーキンエルマージャパン NGS ライブラリ調製キット
 特集:次世代シーケンシング The NGS Experts™

背景

BRCA1およびBRCA2は、DNA修復や細胞周期の制御に重要な役割を果たす腫瘍抑制遺伝子です。
BRCA1/2の変異は、遺伝性乳癌の25%(1)、全乳癌の10-15%(2)で認められます。

特長

  • 完全なBRCA1およびBRCA2カバレッジ
    FFPEサンプルから単離したDNAにおいて、標的とするコーディングエクソン領域およびエクソン-イントロン境界で99%の均一性であることを検証済み
  • 迅速にIon Torrent対応のライブラリーを調製
    少量のサンプルからわずか4時間でライブラリーを調製可能です。
  • マルチプレックス性能を向上
    20サンプルまでマルチプレックス化して生殖細胞変異を100Xカバレッジで検出します。また、Ion Protonで20サンプルまでマルチプレックス化して体細胞変異を2000Xカバレッジで検出します。
  • ターゲットシーケンスのための完全なソリューション
    本キットは、遺伝子特異的プライマー、ライブラリー調製試薬を含み、マルチプレックス化のために最大60バーコード化アダプターが付属します。
  • 少ないインプットDNA量
    FFPEサンプルから単離したDNAの最低必要量はわずか 40ng

構成内容

「NEXTflex™ BRCA1 & BRCA2 Amplicon Panel - FFPEサンプル用 - (Ion Torrent 対応)」は、FFPEサンプルから単離したDNAから、8または20サンプルを調製するために十分な試薬が含まれます。

NEXTflex™ BRCA1 & BRCA2 Amplicon Panel - FFPEサンプル用 -(Illumina 社対応)

  • NEXTflex™ BRCA Amplicon FFPE Ion プライマーミックス 1-4
  • NEXTflex™ Hot Start PCR I マスターミックス
  • NEXTflex™ エンドリペアバッファーミックス
  • NEXTflex™ エンドリペア酵素ミックス
  • NEXTflex™ ライゲーションミックス
  • NEXTflex™ DNA P1 アダプター
  • NEXTflex™ DNA バーコード化アダプター
  • NEXTflex™ プライマーミックス
  • NEXTflex™ PCR II マスターミックス
  • 水(Nuclease-free)
  • 再懸濁バッファー
  • NEXTflex™ クリーンアップビーズ
 

仕様

標的
  • 48のBRCA1/BRCA2コーディングエクソン領域(20.9 kb)、特定の隣接イントロン領域(4.7 kb)の全配列を決定
  • 疾患変異をカバー
    (present in NCBI Clin Var database based on dbSNP build 144)
アンプリコン長 122-196 bp
プライマープール 261 プライマーペアー(in 4 primer pair pools)
必要DNA量 40 ng(FFPEサンプルから単離したDNA)
アンプリコンカバレッジ
  • FFPEサンプルから単離したDNAで検証済み
  • 均一性
    - 平均カバレッジ0.1×以上で100%、平均カバレッジ0.2×以上で99%のアンプリコンを検出
  • 高いターゲット特異性
    - 97.5%以上のオンターゲットリード 
  • プライマーの3’ 側半分に、MAF(major allelic frequency)が1%以上のSNPは出現しない
マルチプレックス化 最大20サンプル

プロトコール

プロトコール

製品データ

図1. 高感度のDNA Chip産生量
A)NEXTflex™ BRCA1 & BRCA2 Amplicon Panel Library-40 ng インプット(バイオアナライザ ゲル画像)
B)NEXTflex™ BRCA1 & BRCA2 Amplicon Panel Library-40 ng インプット(エレクトロフェログラム、電気泳動図)

 

図2. NEXTflex™ BRCA1 & BRCA2 Amplicon Panel(Illumina 社対応)より261アンプリコンの解析
FFPEサンプルにおける変異の検出を行った。

 
参考文献

1. Easton DF. How many more breast cancer predisposition genes are there? Breast Cancer Research 1999; 1(1):14–17.

2. Campeau PM, Foulkes WD, Tischkowitz MD. Hereditary breast cancer: New genetic developments, new therapeutic avenues. Human Genetics 2008; 124(1):31–42.

NEXTflex™ BRCA1 & BRCA2 Amplicon Panel - FFPEサンプル用 - (Ion Torrent 対応)

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
NEXTflex(R) BRCA1 and BRCA2 Amplicon Panel for FFPE Ion-Compatible (8 Barcodes) PEJ NOVA-4041-01 8 RXN
販売終了
NEXTflex(R) BRCA1 and BRCA2 Amplicon Panel for FFPE Ion-Compatible (Barcodes 1- 20) PEJ NOVA-4041-02 20 RXN
販売終了
NEXTflex(R) BRCA1 and BRCA2 Amplicon Panel for FFPE Ion-Compatible (Barcodes 21 - 40) PEJ NOVA-4041-03 20 RXN
販売終了
NEXTflex(R) BRCA1 and BRCA2 Amplicon Panel for FFPE Ion-Compatible (Barcodes 41 - 60) PEJ NOVA-4041-04 20 RXN
販売終了

商品は「研究用試薬」です。人や動物の医療用・臨床診断用・食品用としては使用しないように、十分ご注意ください。

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