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記事ID : 16867
研究用

ホルマリン固定パラフィン包埋サンプルから単離したDNAの疾患/癌関連変異を検出 NEXTflex™ BRCA1 & BRCA2 Amplicon Panel - FFPEサンプル用 -(Illumina 社対応)

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NEXTflex™ BRCA1 & BRCA2 Amplicon Panel(FFPEサンプル用)は、BRCA1およびBRCA2遺伝子座の全エクソン配列を標的とし、迅速にシーケンス解析できるキットです。本製品には、FFPE(ホルマリン固定パラフィン包埋)サンプルから単離したDNA中の、BRCA1 および BRCA2 のコード領域の増幅に必要なプライマーペアと試薬が含まれ、Illumina®社機器対応のライブラリを調製します。

<特集ページはこちら>株式会社パーキンエルマージャパン NGS ライブラリ調製キット

背景

BRCA1およびBRCA2は、DNA修復や細胞周期の制御に重要な役割を果たす腫瘍抑制遺伝子です。
BRCA1/2の変異は、遺伝性乳癌の25%(1)、全乳癌の10-15%(2)で認められます。

特長

  • 完全なBRCA1およびBRCA2カバレッジ
    FFPEサンプルから単離したDNAにおいて、標的とするコーディングエクソン領域およびエクソン-イントロン境界で99%の均一性であることを検証済み
  • ターゲットシーケンスのための完全なソリューション
    本キットは、遺伝子特異的プライマー、PCRマスターミックス、クリーンアップビーズを含み、マルチプレックス化のための最大384バーコードプライマーが付属します。
  • 少ないインプットDNA量
    FFPEサンプルから単離したDNAの最低必要量はわずか 40ng
  • ISO 13485 準拠施設で製造

構成内容

「NEXTflex™ BRCA1 & BRCA2 Amplicon Panel - FFPEサンプル用 -」は、FFPEサンプルから単離したDNAから、8、48または96サンプルを調製するために十分な試薬が含まれます。

NEXTflex™ BRCA1 & BRCA2 Amplicon Panel - FFPEサンプル用 -(Illumina 社対応)

  • NEXTflex™ BRCA Amplicon FFPE プライマーミックス 1-4
  • NEXTflex™ Hot Start PCR I マスターミックス
  • NEXTflex™ エンドリペアバッファーミックス
  • NEXTflex™ エンドリペア酵素ミックス
  • NEXTflex™ ライゲーションミックス
  • NEXTflex™ Amplicon DNA アダプター
  • NEXTflex™ PCR II バーコード化プライマーミックス 1-8
  • NEXTflex™ PCR II マスターミックス
  • 水(Nuclease-free)
  • 再懸濁バッファー
  • NEXTflex™ クリーンアップビーズ
 

仕様

標的
  • 48のBRCA1/BRCA2コーディングエクソン領域(20.4 kb)、特定の隣接イントロン領域の全配列を決定
  • 疾患変異をカバー
    (present in NCBI Clin Var database based on dbSNP build 144)
アンプリコン長 121-195 bp(with primers)
プライマープール 261 プライマーペアー(in 4 primer pair pools)
必要DNA量 40 ng(FFPEサンプルから単離したDNA)
アンプリコンカバレッジ FFPEサンプルから単離したDNAで検証済み
  • 均一性
    - 平均カバレッジ 0.1×以上で 100%、平均カバレッジ 0.2×以上で 99% のアンプリコンを検出 
  • 高いターゲット特異性
    - 97%以上のオンターゲットリード
  • プライマーの3’ 側半分に、MAF(major allelic frequency)が1%以上のSNPは出現しない
マルチプレックス化 単一の Illumina 2x300 MiSeq レーンで、体細胞では7サンプルまでをマルチプレックス化し 2 X 2000倍 カバレッジで変異を検出、生殖細胞では150サンプルまでマルチプレックス化し 2 X 100倍 カバレッジで変異を検出します。

プロトコール

プロトコール

参考文献

1. Easton DF. How many more breast cancer predisposition genes are there? Breast Cancer Research 1999; 1(1):14–17.

2. Campeau PM, Foulkes WD, Tischkowitz MD. Hereditary breast cancer: New genetic developments, new therapeutic avenues. Human Genetics 2008; 124(1):31–42.

NEXTflex™ BRCA1 & BRCA2 Amplicon Panel - FFPEサンプル用 -(Illumina 社対応)

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
NEXTflex(R) BRCA1 and BRCA2 Amplicon Panel for FFPE for Illumina platforms (8 Barcodes) PEJ NOVA-4222-01 8 RXN
販売終了
NEXTflex(R) BRCA1 and BRCA2 Amplicon Panel for FFPE for Illumina platforms (48 Barcodes) PEJ NOVA-4222-02 48 RXN
販売終了
NEXTflex(R) BRCA1 and BRCA2 Amplicon Panel for FFPE for Illumina platforms (Barcodes 1- 96) PEJ NOVA-4222-03 96 RXN
販売終了
NEXTflex(R) BRCA1 and BRCA2 Amplicon Panel for FFPE for Illumina platforms (Barcodes 97 - 192) PEJ NOVA-4222-04 96 RXN
販売終了
NEXTflex(R) BRCA1 and BRCA2 Amplicon Panel for FFPE for Illumina platforms (Barcodes 193 -288) PEJ NOVA-4222-05 96 RXN
販売終了
NEXTflex(R) BRCA1 and BRCA2 Amplicon Panel for FFPE for Illumina platforms (Barcodes 289 - 384) PEJ NOVA-4222-06 96 RXN
販売終了

商品は「研究用試薬」です。人や動物の医療用・臨床診断用・食品用としては使用しないように、十分ご注意ください。

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