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記事ID : 16278
研究用

わずか20 ngのDNAから疾患/癌関連変異を迅速に検出 NEXTflex™ BRCA1 & BRCA2 Amplicon Panel(Ion Torrent 対応)

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NEXTflex™ BRCA1 & BRCA2 Amplicon Panelは、131種類の検証済みPCRプライマーペアを用いて、BRCA1およびBRCA2遺伝子座の全エクソン配列を標的としたシーケンス解析ができるキットです。本製品にはBRCA1およびBRCA2のコード領域の増幅に必要なプライマーとその他試薬が含まれ、Ion Torrent対応のライブラリを調製します。

<特集ページはこちら>株式会社パーキンエルマージャパン NGS ライブラリ調製キット

背景

BRCA1およびBRCA2は、DNA修復や細胞周期の制御に重要な役割を果たす腫瘍抑制遺伝子です。
BRCA1/2の変異は、遺伝性乳癌の25%(1)、全乳癌の10-15%(2)で認められます。

特長

  • 完全なBRCA1およびBRCA2カバレッジ
    標的とするコーディングエクソン領域およびエクソン-イントロン境界で100%の均一性を実現します。
  • 迅速にIon Torrent対応のライブラリーを調製
    少量のサンプル(新鮮/凍結サンプル)からわずか4時間でライブラリーを調製可能です。
    ※本製品は、FFPEサンプルやcfDNA用としては設計されておりません。
  • マルチプレックス性能を向上
    単一のIon 318™ Chip Kit v2で、20サンプルまでマルチプレックス化して生殖細胞変異を100Xカバレッジで検出します。また、Ion Protonで20サンプルまでマルチプレックス化して体細胞変異を2000Xカバレッジで検出します。
  • ターゲットシーケンスのための完全なソリューション
    本キットは、遺伝子特異的プライマー、ライブラリー調製試薬を含み、マルチプレックス化のために最大20バーコード化アダプターが付属します。 

構成内容

NEXTflex™ BRCA1 & BRCA2 Amplicon Panelは、8または20サンプルの調製に十分な試薬が含まれます。

NEXTflex(TM) BRCA1 & BRCA2 Amplicon Panel(Ion Torrent 対応)

  • NEXTflex™ Amplicon BRCA Ion プライマーミックス 1
  • NEXTflex™ Amplicon BRCA Ion プライマーミックス 2
  • NEXTflex™ Hot Start PCR I マスターミックス
  • NEXTflex™ エンドリペアバッファーミックス
  • NEXTflex™ エンドリペア酵素ミックス
  • NEXTflex™ ライゲーションミックス
  • NEXTflex™ DNA P1 アダプター
  • NEXTflex™ DNA バーコード化アダプター
  • NEXTflex™ プライマーミックス
  • NEXTflex™ PCR II マスターミックス
  • 水(Nuclease-free)
  • 再懸濁バッファー
 

仕様

標的
  • 48のBRCA1/BRCA2コーディングエクソン領域(20.9 kb)、特定の隣接イントロン領域(4.7 kb)の全配列を決定
  • 疾患変異をカバー
    (present in NCBI Clin Var database based on dbSNP build 144)
アンプリコン長 101-233 bp
プライマープール 131 プライマーペアー(in 2 primer pair pools)
必要DNA量 20 ng(新鮮/凍結サンプルから単離したDNA)
アンプリコンカバレッジ
  • 均一性
    - 平均カバレッジ0.2×以上で、100%のアンプリコンを検出 
  • 高いターゲット特異性
    - 97.5%以上のオンターゲットリード 
  • 高感度
    - BRCAの生殖細胞における癌関連変異検出に必要なリード数は、最小5,000リード
    (NM_007294.3:c.4327C>G and BRCA2 NM_000059.3:c.125>G (Samples NA13710 and NA14623, from the International HapMap Project) in carrier DNA samples with a Q-score of 35) 
  • プライマーの3’ 側半分に、MAF(major allelic frequency)が1%以上のSNPは出現しない
マルチプレックス化 最大20サンプル

プロトコール

NEXTflex(TM) BRCA1 & BRCA2 Amplicon Panelのプロトコール

製品データ

NEXTflex(TM) BRCA1 & BRCA2 Amplicon Panelによる検出

参考文献

1. Easton DF. How many more breast cancer predisposition genes are there? Breast Cancer Research 1999; 1(1):14–17.

2. Campeau PM, Foulkes WD, Tischkowitz MD. Hereditary breast cancer: New genetic developments, new therapeutic avenues. Human Genetics 2008; 124(1):31–42.

NEXTflex™ BRCA1 & BRCA2 Amplicon Panel

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
NEXTflex(R) BRCA1 and BRCA2 Amplicon Panel Ion-Compatible (8 Barcodes) PEJ NOVA-4040-01 8 RXN
販売終了
NEXTflex(R) BRCA1 and BRCA2 Amplicon Panel Ion-Compatible (Barcodes 1- 20) PEJ NOVA-4040-02 20 RXN
販売終了
NEXTflex(R) BRCA1 and BRCA2 Amplicon Panel Ion-Compatible (Barcodes 21 - 40) PEJ NOVA-4040-03 20 RXN
販売終了
NEXTflex(R) BRCA1 and BRCA2 Amplicon Panel Ion-Compatible (Barcodes 41 - 60) PEJ NOVA-4040-04 20 RXN
販売終了

商品は「研究用試薬」です。人や動物の医療用・臨床診断用・食品用としては使用しないように、十分ご注意ください。

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