次世代シーケンシング（NGS）ライブラリ調製用の高品質なDNAを精製 Chromatrap® 酵素消化 ChIP-seq キット

Chromatrap® 酵素消化 ChIP-seq キットは、クロマチン免疫沈降法（ChIP）により細胞からDNAを回収し、次世代シーケンシング（NGS）ライブラリ調製に使用できる高品質なDNAを精製するキットです。

ChIP アッセイに必要なDNAの断片化を、超音波処理ではなく、酵素消化により行います。

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Chromatrap® とは？

Chromatrap® は、ChIP（クロマチン免疫沈降法）をより迅速・効率的に行うことのできる、固相フィルターを用いた技術です。

従来の方法と比較して、下記のような特長があります。

• 迅速
• 高い信頼性
• 簡単
• 高感度で、ターゲット量が少ない場合に最適

Chromatrap® ChIP-Seq キットは、広範囲の量のクロマチンからDNAを回収・精製することができます。精製したDNAは、次世代シーケンサーによる deep sequencing に用いることができます。
本キットを使用すると、転写調節因子の結合部位や特定のDNA結合タンパク質の修飾を、迅速かつ高い再現性でゲノムワイドに同定することが可能になります。

本キットは、ChIP アッセイに必要なDNAの断片化に、ソニケーターを使用できない場合に最適です。クリーンアップステップが必要ですが、カラムの結合量が増加することから、１つのカラムから十分な量のDNAを得ることができます。

• 精製したDNAは、qPCR とシーケンシングの両方に使用できます
• 広範囲のクロマチン量（1-50µg）に対応し、少量のサンプルでも良好な結果が得られます
• 解析が困難な初代培養細胞サンプルや、少量の転写因子の濃縮に最適です
• 1キットで、10回のクロマチン調製と 24回の ChIP アッセイ が可能です
• キットには、ChIPアッセイに必要となる主な試薬と、NGSライブラリ調製用の高品質なDNAを精製できるカラムが含まれています
• キットには、ポジティブ／ネガティブコントロール抗体・プライマーセットが付属します
• 最適化された溶出バッファーにより、少量のクロマチンを選択的に濃縮でき、高品質なDNAを高収量で得られます

キット構成品

• Chromatrap® spin column^※ （24個）
• Column Conditioning Buffer
• Wash Buffer 1
• Wash Buffer 2
• Wash Buffer 3
• 1.3 M Glycine
• Lysis Buffer
• Digestion Buffer
• ChIP-seq Enzymatic Stop Solution
• ChIP-seq Elution Buffer
• 5 M NaCl
• 1 M NaHCO₃
• Hypotonic Buffer
• Shearing Cocktail
• Protease Inhibitor Cocktail (PIC)
• Proteinase K stop solution
• Proteinase K
• H3K4me3 antibody
• Immunoglobulin G
• Forward primer
• Reverse primer
• 1.5 mL Collection tube
• Chromatrap® DNA purification column （24個）
• DNA binding buffer
• DNA wash buffer
• DNA elution buffer

※品番 500191 は「Chromatrap® Protein A spin column」、品番 500192 は「Chromatrap® Protein G spin column」です。

その他で必要となる試薬・機器

［試薬・消耗品］

• PBS
• 37% ホルムアルデヒド、molecular biology grade
• ヌクレアーゼフリー水
• 100bp ラダー
• セルスクレイパー
• マイクロ遠心チューブ（0.5 mL および 1.5 mL）
• PCR プレート
• DNA LoBind チューブ（オプション）
• ピペット、チップ（フィルターチップを推奨）
• ChIP 検証済み抗体
• 目的遺伝子の qPCR プライマーペア
• 0.1% SDS 溶液（酵素処理による断片化用）

［Illumina® シーケンシングライブラリ調製に必要となる試薬・機器］

• 96-well PCR プレート／チューブ
• 96-well マグネットスタンド または同等品
• サーマルサイクラー
• Qubit® 2.0 fluorometer with dsDNA high sensitivity kit (または 同等の蛍光ベースの定量法)
• Agilent Technologies 2100 Bioanalyzer with high sensitivity DNA kit
• Ultrapure agarose (インヒビター・ヌクレアーゼフリー)
• SYBR® Gold nucleic acid stain
• Agencourt AMPure XP beads
• ライブラリサンプル調製キット (例： Illumina® TruSeq)
• ライブラリ定量キット (例： KAPA library quantification kit)

［オプション］

• フェノール・クロロホルム
• 3 M 酢酸ナトリウム pH 5.2
• 100% エタノール
• 70% エタノール
• Linear Polyacrylamide (LPA)

※プロセス 6-8 に要する時間は、使用するライブラリ調製キット、処理するサンプル数、シーケンシングに用いる装置により異なります。おおよその日数を示しています。

関連情報

• 特集：エピジェネティクス (分子機構 / 解析技術)

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