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記事ID : 16667
研究用

次世代シーケンシング(NGS)ライブラリ調製用の高品質なDNAを精製Chromatrap® HT ChIP-seq キット(96ウェル)

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Chromatrap® HT ChIP-seq キットは、クロマチン免疫沈降法(ChIP)により細胞からDNAを回収し、次世代シーケンシング(NGS)ライブラリ調製に使用できる高品質なDNAを精製するキットです。

1キットで、最大96サンプルの ChIP アッセイと、10回のクロマチン調製が可能な、ハイスループットフォーマットです。

背景

Chromatrap® とは?

Chromatrap® は、ChIP(クロマチン免疫沈降法)をより迅速・効率的に行うことのできる、固相フィルターを用いた技術です。

従来の方法と比較して、下記のような特長があります。

  • 迅速
  • 高い信頼性
  • 簡単
  • 高感度で、ターゲット量が少ない場合に最適

使用目的

本キットには、ChIPアッセイに必要となる主な試薬と、NGSライブラリ調製用の高品質なDNAを精製できるカラムが含まれています。また、ポジティブ/ネガティブコントロール抗体・プライマーセットが付属します。
少量のクロマチンを選択的に濃縮することが可能で、最適化された溶出バッファーにより高品質なDNAが得られます。

特長

  • 精製したDNAは、qPCR とシーケンシングの両方に使用できます
  • 広範囲のクロマチン量(1-50µg)に対応し、少量のサンプルでも良好な結果が得られます
  • 解析が困難な初代培養細胞サンプルや、少量の転写因子の濃縮に適しています

構成内容

キット構成品

  • Chromatrap® 96 HT
  • Chromatrap® 96 HT balance plate
  • 96-well collection plate
  • 96-well balance collection plate
  • Elution plate
  • 96-well balance elution plate
  • Elution and balance plate strip caps
  • Column conditioning buffer (3x)
  • Wash Buffer 1 (3x)
  • Wash Buffer 2 (3x)
  • Wash Buffer 3 (3x)
  • 1.3 M Glycine
  • Lysis Buffer
  • ChIP-seq Elution Buffer
  • 5 M NaCl
  • 1 M NaHCO3
  • Hypotonic Buffer
  • Protease Inhibitor Cocktail (PIC)
  • Proteinase K stop solution
  • Proteinase K
  • H3K4me3 antibody
  • Immunoglobulin G
  • Forward primer
  • Reverse primer
  • Chromatrap® 96 DNA purification plate
  • DNA binding buffer
  • DNA wash buffer
  • DNA elution buffer
  • Chromatrap® 96 DNA elution plate

※品番 500214 は「Chromatrap® 96 HT Protein A plate」、品番 500215 は「Chromatrap® 96 HT Protein G plate」です。

その他で必要となる試薬・機器

[試薬・消耗品]

  • PBS
  • 37% ホルムアルデヒド、molecular biology grade
  • ヌクレアーゼフリー水
  • 100bp ラダー
  • セルスクレイパー
  • マイクロ遠心チューブ(0.5 mL および 1.5 mL)
  • PCR プレート
  • DNA LoBind チューブ(オプション)
  • ピペット、チップ(フィルターチップを推奨)
  • ChIP 検証済み抗体
  • 目的遺伝子の qPCR プライマーペア
  • 0.1% SDS 溶液(酵素処理による断片化用)
  • リザーバー

[Illumina® シーケンシングライブラリ調製に必要となる試薬・機器]

  • 96-well PCR プレート/チューブ
  • 96-well マグネットスタンド または同等品
  • サーマルサイクラー
  • Qubit® 2.0 fluorometer with dsDNA high sensitivity kit (または 同等の蛍光ベースの定量法)
  • Agilent Technologies 2100 Bioanalyzer with high sensitivity DNA kit
  • Ultrapure agarose (インヒビター・ヌクレアーゼフリー)
  • SYBR® Gold nucleic acid stain
  • Agencourt AMPure XP beads
  • ライブラリサンプル調製キット (例: Illumina® TruSeq)
  • ライブラリ定量キット (例: KAPA library quantification kit)

Chromatrap® ChIP-seq 概要

Chromatrap® ChIP-seq 概要

Chromatrap® ChIP-seq プロトコール

ステップ プロセス 必要な時間 日数
1 細胞固定・回収 0.5時間 1
2 細胞溶解・クロマチン断片化 0.5時間 1
3 免疫沈降 1時間 1
4 リバースクロスリンク・DNA精製 3.5時間 1
5 定量PCR解析 1時間 1
6 NGSライブラリ調製 場合により異なる 2-4
7 クラスター形成・シーケンシング 場合により異なる 4-5
8 シーケンス解析 場合により異なる 5-6

※プロセス 6-8 に要する時間は、使用するライブラリ調製キット、処理するサンプル数、シーケンシングに用いる装置により異なります。おおよその日数を示しています。

Chromatrap® HT ChIP-seq Protein A

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
ChIP-seq 96 well plate kit Pro-A, with Premium control antibodies詳細データ PVS 500214 1 KIT
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Chromatrap® HT ChIP-seq Protein G

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
ChIP-seq 96 well plate kit Pro-G, with Premium control antibodies詳細データ PVS 500215 1 KIT
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商品は「研究用試薬」です。人や動物の医療用・臨床診断用・食品用としては使用しないように、十分ご注意ください。

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