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CDC様キナーゼ3ともよばれるCLK3は、保存されていないN末端ドメインをもつセリンスレオニン型のタンパク質キナーゼをコードする。選択的スプライシングにより長鎖と短鎖のイソ型(phclk3とpclk3/152)が存在し、異なる組織で共存する。CLK3タンパク質は、ATP結合、核酸結合、タンパク質セリンスレオニンキナーゼ活性、タンパク質トリロシンキナーゼ活性およびトランスフェラーゼ活性といった分子機能をもち、CLK3タンパク質は細胞質と核区画の双方に局在化する。CLK3は、スプライシング因子であるセリンアルギニンリッチ(SR)ファミリーの核内分布を制御すると考えられている。