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遺伝子発現制御、転写因子の解析に CUTANA™ pAG-Tn5

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メーカー名：EpiCypher, Inc

CUTANA™ pAG-Tn5は大腸菌で発現させたCUT&Tag用のプロテインA、プロテインGとトランスポゼース（Tn5）の融合タンパク質です。トランスポゼースのアクティブな二量体はイルミナアダプターが充填されており、CUT&Tagにすぐ使用できます。また、エピトープタグが含まれていないため、FLAGやHAなどを介したCUT&Tagと互換性があります。

背景

Cleavage Under Targets & Tagmentation (CUT&Tag)はSteven Henikoff氏らのグループによって開発されたゲノムマッピング法です（1）。
CUT&TagはChromatin ImmunoCleavage（ChIC）に基づいて構築され(2)、抗体結合タンパク質（プロテインA、ならびにプロテインG）とDNA修飾酵素の融合体により、抗体結合クロマチンを修飾します(3)。
CUT&Tagでは、細胞や核は固体支持体に固定されます。プロテインA、プロテインGとトランスポゼースの融合体（pAG-Tn5）は、抗体結合クロマチンを選択的にタグ付けします。タグ付け反応により、抗体結合タンパク質付近のDNAにシークエンスアダプターを付加し、シークエンス対応のDNAを直接PCR増幅する事を可能にします。
わずか300万～500万のシークエンスリードでヒストン翻訳後修飾のゲノム全体のプロファイル生成が可能になります。

動画：CUTANA™ CUT&Tag Technology- Ultra-sensitive Chromatin Profiling

特長

図 2 CUTANA™ pAG-Tn5を用いたCUT&TagとChIP-Seqの比較

高感度　-用いる細胞数が少なくてもOK
プロトコルが最適化　-NGSライブラリ作製まで2日
サンプルあたりのシークエンスリードは300万～500万リード

製品データ

図 3 リリースされたクロマチンDNAのサイズ分布
CUTANA™ pAG-Tn5をK-562細胞（1.0x 10⁵cells）の核に用いてCUT&Tagを行った。回収したDNAをNGS用のライブラリ作成のため、直接PCR増幅した。ウサギIgG（ネガティブコントロール、EpiCypher社品番13-0030）と抗H3K27me3抗体（EpiCypher社品番13-0042）に由来するライブラリのアジレントバイオアナライザーのトレースを示す。切り出されたDNAは、モノヌクレオソームを多く含む（約300 bpのピークは150 bpのインサートサイズを反映）。

図 4 CUTANA pAG-Tn5を使用して取得された2つの異なる遺伝子座の代表的なシーケンストラック：（A）LAMC3遺伝子の300 kbの拡大図と（B）5,608 kbの広範囲図
K-562細胞（1.0x 10⁵ cells）の核に、抗H3K4me3抗体（EpiCypher社品番13-0041）、抗H3K27me3抗体（EpiCypher社品番13-0030）、ならびにウサギIgG （EpiCypher社品番 13-0042)を用いてCUT&Tagを行った。合計ペアエンドリード数はH3K4me3：70万、 H3K27me3：110万、IgG：90万で、図はIntegrative Genomics Viewer (IGV, Broad Institute)で作成した。CUTANA™ pAG-Tn5により、H3K4me3およびH3K27me3の既知の生物学的機能と一致するゲノム分布プロファイルの明確なピークが作成された。

参考文献

1. Kaya-Okur, HS, Wu, SJ, Codomo, CA, Pledger, ES, Bryson, TD, Henikoff, JG, Ahmad, K, Henikoff, S. CUT&Tag for Efficient Epigenomic Profiling of Small Samples and Single Cells. Nature Communications. 10(1):1930. doi: 10.1038/s41467-019-09982-5 (2019).

2. Schmid, M., Durussel, T. & Laemmli, U. K. ChIC and ChEC; genomic mapping of chromatin proteins. Molecular cell 16, 147-157, doi:10.1016/j.molcel.2004.09.007 (2004).

3. Skene, P. J., Henikoff, J. G. & Henikoff, S. Targeted in situ genome-wide profiling with high efficiency for low cell numbers. Nature protocols 13, 1006-1019, doi:10.1038/nprot.2018.015 (2018).

4. Shah, R. N. et al. Examining the Roles of H3K4 Methylation States with Systematically Characterized Antibodies. Molecular cell 72, 162-177.e167, doi:10.1016/j.molcel.2018.08.015 (2018).

CUTANA™ pAG-Tn5

品名	メーカー	品番	包装	希望販売価格
CUTANA^TM pAG-Tn5 for CUT&Tag	ECY	15-1017	50 RXN	￥183,000
CUTANA^TM pAG-Tn5 for CUT&Tag	ECY	15-1117	250 RXN	お問い合わせ

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品名	メーカー	品番	包装	希望販売価格
Anti Histone H3K4me3, Recombinant Antibody (Rabbit)	ECY	13-0041	100 UG	￥126,000
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