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記事ID : 34845
研究用

次世代プロテオーム解析技術が切り開く高深度タンパク質網羅的解析の幕開け!DIAプロテオーム解析受託サービス
次世代プロテオーム解析技術が切り開く高深度タンパク質網羅的解析の幕開け!

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サービス概要

一般的なプロテオーム解析では約3,000種類のタンパク質を同定・比較定量できるにとどまっていますが、かずさゲノムテクノロジーズ社(KGT社)では次世代プロテオミクスと称されている分析深度、定量性に優れたDIAプロテオミクス技術を取り入れ、さらに最新鋭の質量分析計で測定することにより、最大8000種類のタンパク質を同定・比較定量(HEK293細胞を用いた系で行った場合。観測できるタンパク数はサンプルの種類に依存)を行えるシステムを構築しています。

■プロテオーム解析メニュー選択ガイド
測定メニュー 観測できるタンパク質の数
(目安)
用 途
簡易DIAプロテオーム解析
2000〜4000
(他社受託サービスレベル)
・サンプル精製の確認
・免疫沈降法やPull down法を用いた主要なインタラクター探索
・細胞、組織中の含まれる主要タンパク質を対象にしたプロテオーム解析
DIAプロテオーム解析
4000〜6000
疾患、薬剤、環境などによるタンパク質変動を詳細に捕えるための、より包括的なタンパク質解析
高深度DIAプロテオーム解析
6000〜8000
さらにキナーゼや転写因子など微量タンパク質をも対象とした包括的なタンパク質解析

使用機器:Q-Exactive HF-X(Thermo Fisher Scientific社)

 

高深度DIAプロテオーム解析とは

高深度DIAプロテオーム解析とは、事前にプールサンプルにおいてGas phase fractionation (GPF) method(MS1レンジを 5 分割して DIA MS 測定)を用い、GPF+LC-MS/MS(ライブラリ作製用)の測定を行い、比較解析用のライブラリを作成します。このProtein library(ELIB)を用いてサンプルの比較定量用DIA-MS分析を行うことにより、通常のDIA解析に比べてより多くのタンパク質・ペプチドの同定ならびに定量値を算出することが可能です。

 

dia_proteome_analysis_2.jpg

HEK293 細胞を用いて高深度DIA プロテオーム解析で観測されたタンパク質のダイナミックレンジを示す。本解析ではHEK293 細胞から約8400 種類のタンパク質が観測された(同定の閾値:Protein FDR < 1%, Peptide FDR < 1%)。一般的なプロテオーム解析を想定して、発現量の多い3000 タンパク質からキナーゼならびに転写因子の数を調べるとキナーゼが108 種類、転写因子が243 種類であった。それに対して観測された全タンパク質ではキナーゼが451 種類、転写因子が1023 種類と格段に増加した。このことから、キナーゼや転写因子を含めた微量タンパク質を対象とする場合に高深度DIA プロテオーム解析を行うことに大きなアドバンテージがある。

解析メニュー

プロテインプロファイリング

■発現タンパク質の同定と相対定量解析
解析メニュー 取得データ目安 必要サンプル量 納期 サンプル数
簡易DIAプロテオーム解析
LC-MS/MS (DIA)
2,000-4,000 タンパク質
タンパク質:40 μg 以上
目安:細胞 5x105 以上、
組織 10 mg 以上、
血清/血漿 1 μL 以上 
尿 200 μL 以上
*脂肪細胞や脳組織など脂質を多く含むサンプルは 20 mg 以上
4週間
1〜5
6〜10
11以上
標準DIAプロテオーム解析
LC-MS/MS(DIA)
4,000〜6,000 タンパク質
1〜5
6〜10
11以上
高深度DIAプロテオーム解析
GPF+LC-MS/MS(ライブラリ作製用)
LC-MS/MS(DIA)
6,000〜8,000 タンパク質
1〜5
6〜10
11以上

● 作業内容 タンパク質抽出+トリプシン消化+質量分析(同定ならびに相対定量解析)
* サンプルが凍結培養細胞、凍結動物組織の場合。その他のサンプルはご相談ください。

 
■リン酸化タンパク質の同定と相対定量解析
解析メニュー 取得データ目安 必要サンプル量 納期 サンプル数
標準DIAリン酸化プロテオーム解析
LC-MS/MS (DDA、ライブラリ作製用)
LC-MS/MS (DIA、相対定量解析用)
4000〜8000 リン酸化ペプチド断片
タンパク質:1 mg 以上
目安:細胞 1×107 以上,
組織 50 mg 以上
4週間
1〜5
6〜10
11以上
高深度DIAリン酸化プロテオーム解析
GPF+LC-MS/MS(DDA、ライブラリ作製用)
LC-MS/MS(DIA、相対定量解析用)
8000〜15000 リン酸化ペプチド断片
1〜5
6〜10
11以上

● 作業内容 タンパク質抽出+トリプシン消化+リン酸化ペプチド濃縮+質量分析
* サンプルが凍結培養細胞、凍結動物組織の場合。その他のサンプルはご相談ください。

 
■ゲルバンド中のタンパク質同定
解析メニュー 取得データ目安 必要サンプル量 納期 サンプル数
ゲルバンド中のタンパク質同定
LC-MS/MS(DDA)
タンパク質バンドが検出できていれば可能
4週間
1〜5
6〜10
11以上

● ゲル内消化(トリプシン消化)+ 質量分析

 

オプション

解析メニュー 取得データ目安 必要サンプル量 納期 サンプル数
クリーナップ処理(タンパク抽出物、体液、培養上清などの液体状のサンプルの場合は必須)
納期に影響せず 1

● 作業内容 サンプルの溶液の種類、液量、濃度により、有機溶媒沈殿法、TCA 沈殿法、順相系ビーズを使用

 
解析メニュー 取得データ目安 必要サンプル量 納期 サンプル数
ヒト血清/血漿高存在量タンパク質14種類除去 & クリーナップ処理
血清/血漿 10µL 以上 納期に影響せず 1
マウス・ラット血清/血漿アルブミン・IgG 除去 & クリーナップ処理去
血清/血漿 10µL 以上
納期に影響せず 1

● 作業内容 カラムによる除去 + クリーナップ処理

 
解析メニュー 取得データ目安 必要サンプル量 納期 サンプル数
ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織からのタンパク質抽出
厚さ:10〜20 µm、 表面: 50 mm2 以上
(ホルマリン固定時間が48時間以下のサンプルのみお引き受け可能)
納期に影響せず 1

● 作業内容 ホルマリンによる分子架橋を解き、タンパク質抽出

 
解析メニュー
取得データ目安 必要サンプル量 納期
サンプル数
解析アップグレード
データ納品後、同じサンプルを使用して高深度解析を実施
簡易→標準DIA 2000〜4000 →
  4000〜6000(タンパク質)
追加のサンプルは不要です 4週間
1〜5
6〜10
11以上
標準DIA→高深度DIA 4000〜6000 →
 6000〜8000(タンパク質)
1〜5
6〜10
11以上
標準DIAリン酸化→
  高深度DIAリン酸化
4000〜8000 →
  8000〜15000(リン酸化ペプチド断片)
1〜5
6〜10
11以上

● 作業内容 質量分析
● データ納品後、2週間以内にお申込み、4週間以内に発注を行ってください。

 
解析メニュー 取得データ目安 必要サンプル量 納期 サンプル数
同一サンプル繰り返し測定 簡易DIAプロテオーム解析 一度測定したサンプルを再度測定するサービスです。追加のサンプルは不要です。 納期に影響せず 1
標準DIAプロテオーム解析 1
高深度DIAプロテオーム解析 1
標準DIAリン酸化プロテオーム解析 1
高深度DIAリン酸化プロテオーム解析 1

● 作業内容 質量分析
● 1測定追加するごとに料金を加算(検体数に応じた割引はありません)

 

 

納品物

MS 測定データ (.raw ファイル)、タンパク質同定・相対定量解析データ(専用の Viewer で閲覧可能)、観測されたタンパク質名、タンパク質の定量値などを記載したリスト(Excel ファイル)を HDD、DVD-R または USB メモリスティックに収納して納品いたします。

また、統計解析はProteome Software社が提供しているScaffold DIA Viwerをダウンロードすれば行うことができます。
Scaffold DIA Viwerの詳細はこちら外部リンクをご覧ください。

Scaffold DIA Viwerを用いた解析例は下記からご覧いただけます。

お見積もり依頼

下記の解析依頼書に必要事項をご入力いただき、jutaku_gr@cosmobio.co.jp 宛にご送付をお願いいたします。またサンプルをご送付いただく際は本依頼書をサンプルに同封して下さい。

ご注意事項

  • 依頼書記載のサンプル名称と、送付検体に記載されている名称は統一してください。
  • ヒト由来サンプルは提供者のインフォームド・コンセントが得られていることが前提となります。
  • 提供者の個人情報が特定できないようにサンプル名を匿名化して下さい。

サンプル送付方法

  • 必要サンプル量は各メニューの記載をご参照ください。
  • サンプルが必要量以下の場合、分析をお引き受けすることは可能ですが、サンプル量が少量になると伴って観測できるタンパク質も減少します。また、1回分の分析量しか得られなかった場合にマシントラブル等で十分な測定結果が得られなかったときは無償で再測定は行いますが、サンプルの補償はできません。サンプルが必要量あるかどうか分からない場合でも、こちらでタンパク定量を行い、必要量以下のときはお客様にご連絡するようにしております。
  • サンプル保存で使用されるサンプルチューブはエッペンドルフ社のセーフロックチューブを推奨しています。特に微量サンプルの場合はその点を強く推奨します。その他のサンプルチューブをご使用の場合はこちらでエッペンドルフ社のセーフロックチューブに移して作業を行いますが、移し替えによって多少のサンプル損失が生じる場合があることをご理解下さい。
  • ゲルサンプルの場合はケラチンなどのコンタミが確認される場合が多くあります。
    電気泳動、染色、切り出しなど必ず手袋をして実験者由来のコンタミが入らないように注意してください。
    また、ゲルの切り出しはバンド以外のゲルが極力入らないように切り出してください。ゲル体積が増えると非特異的吸着も増え、損失を招くことになります。
  • 記入済み弊社依頼書をプリントアウトして送付サンプルに同梱して下さい。
  • 紛失等の事故防止のため、サンプル発送の際は『jutaku_gr@cosmobio.co.jp』までメールでご連絡いただき、サンプルの到着日、配送業者名、送り状番号をお知らせ下さい。
  • 金・土曜日のご送付はご遠慮下さい。平日着の便でご送付をお願い致します。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
  • サンプル ご提供サンプル 送付方法
    培養細胞 培地を除去後、PBS にて2回洗浄し、チューブに入れて液体窒素で凍結* ドライアイスを同梱し冷凍便
    組織 取り出した組織を PBS にて血液を除去し、チューブに入れて液体窒素で凍結* ドライアイスを同梱し冷凍便
    タンパク質抽出物 チューブに入れて液体窒素で凍結 ドライアイスを同梱し冷凍便
    血漿・血清 チューブに入れて液体窒素で凍結 ドライアイスを同梱し冷凍便
    培養上清 500xg、5 分程度の弱い遠心で細胞を除去し、さらに 15,000xg 10 分程度の遠心で細胞片などを除去した上清をチューブに入れて液体窒素で凍結 ドライアイスを同梱し冷凍便
    ゲル片(CBB染色、質量分析用銀染色、他) 切り出したゲルをチューブに入れてパラフィルムを巻く 保冷剤を同梱し冷蔵便
    ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織 弊社から送付いたしますエッペンドルフ社のセーフロックチューブに入れてパラフィルムを巻く(ホルマリン固定時間が48時間以下のサンプルのみ受託を引き受けることが可) 常温便

    * 長期保存の場合はスクリュータイプのしっかりと密閉できるチューブを推奨します。
    * 液体窒素がない場合は速やかに -80 ℃ で凍結してください(金属ブロックなどがあれば、事前に -80 ℃ に入れ、そこにサンプルを置いて急速に凍結させることを推奨)

ご送付先:

〒292-0818
千葉県木更津市かずさ鎌足2-6-7
株式会社かずさゲノムテクノロジーズ
Tel: 0438-52-2001

お問い合わせ先 : 創薬・受託サービス部

ご質問・ご不明の点は創薬・受託サービス部までお問い合せください。また、秘密保持契約のご希望につきましても、下記までご連絡をお願いいたします。

TEL
03-5632-9615
FAX
03-5632-9614
E-mail
jutaku_gr@cosmobio.co.jp

商品は「研究用試薬」です。人や動物の医療用・臨床診断用・食品用としては使用しないように、十分ご注意ください。

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