阻害剤スクリーニング,構造-活性の相関探索, ATPaseファミリータンパク質解析に有用 クロマチンリモデリング研究用 ヌクレオソーム基質 EpiDyne™

クロマチンリモデリング研究用に最適化されたヌクレオソーム基質です。

ヌクレオソーム再構築（または再配置）は、染色体上の DNA アクセスを調節することで遺伝子発現やゲノム修復に影響を及ぼします。 多くの ATP 依存性リモデリング酵素（およびそれらのマルチサブユニット複合体）は多様な疾患と関連することがわかっていますが、染色体上の DNA にアクセスする際、基質となる多種のヌクレオソームを識別するメカニズムは明らかになっていません。最適なヌクレオソーム基質を使用することが難しいため、ATP依存性クロマチンリモデリング因子の生化学的研究は困難でした。

EpiCypher 社で開発されたヌクレオソーム基質 EpiDyne™ は、コアヒストン八量体に巻き付いた 147 塩基対の DNA で、クロマチンの基礎的な反復単位です。70 塩基対の下流受容器領域に隣接した末端ヌクレオソームポジショニング配列を含む DNA（147 塩基対）が巻かれた組換え型ヒトヒストン八量体で構成されています。配置されたヒストン八量体は、制限酵素認識部位（例えばDpnII [GATC]やMfeI [CAATTG]）を遮蔽しており、ATP 依存性ヌクレオソーム再構築により曝露されて DNA 切断が可能となります（図.1）。

• 阻害剤スクリーニングや創薬研究に
• 構造-活性の相関関係研究に
• ATPase ファミリータンパク質の生化学プロファイリングに
• 制限酵素アクセシビリティや DAM メチルトランスフェラーゼなどのアッセイ系に対応

図1. ヌクレオソーム基質 EpiDyne™
EpiDyne™ ヌクレオソームリモデリング基質は、強力なヌクレオソームポジショニング配列(Widom 601^*)に包まれたヒトのヒストン八量体で構成され、標的モチーフ(紫部分)を遮蔽している。標的モチーフは、制限酵素認識部位かDAMメチル化配列である。クロマチンリモデリング因子（例えば、酵母RSCやSMARCA2/4などのヒトSWI/SNF ATPase）の作用に続いて標的部位が曝露され、直ちに制限酵素切断かDAMによるメチル化を受ける。後者の手法はそのままHTSアプリケーションに適用できる。

* : 601配列
1998年に Lowary と Widom によってSELEX法で同定された 147 bp の二本鎖DNAフラグメントで、ヒストンオクタマーに強い親和性を持つことから、in vitro でのヌクレオソーム再構成に有用です。

図2. 制限酵素アクセシビリティアッセイによる機能検証
DpnII 存在下における ATP 依存性ヌクレオソーム再構築反応。EpiDyne™ ヌクレオソームリモデリング基質に ATP 依存性クロマチンリモデリング因子RSC を添加した群と添加しない群に分け、ATP 存在下および非存在下かつ制限酵素 DpnII 存在下で図に示した時間培養した。サンプルはポリアクリルアミドゲルで分離し、エチジウムブロマイドで染色した。赤い矢印は、再構築によりヌクレオソーム DNA 基質から切断された断片を示す。

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