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研究用

組織サンプル中のタンパク質を網羅的に同定!FFPE組織サンプルの深層ショットガンプロテオーム解析
組織サンプル中のタンパク質を網羅的に同定!

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バイオシス・テクノロジーズ社はホルマリン固定包埋組織検体 (FFPE tissue specimen)を用いたプロテオーム解析による定性・定量解析技術を確立し、各医療機関・研究機関に方法論の提案を行ってきました。これら技術をもとに各医療機関や研究機関、製薬企業との提携を通し、技術開発・研究開発における補完・相乗効果の向上を目指しています。
医学研究の分野において広く長期にわたり収集された膨大な量のホルマリン固定組織が、未開拓のプロテオーム情報源として存在しています。疾患の進行や薬物反応・毒性などの詳細な臨床データをもつこれらの組織アーカイブは、診断・治療に有効なタンパク質バイオマーカーの探索・解析に大きな可能性を与えるものです。
バイオシス社はレーザーマイクロダイセクション(Leica社 LMD-7)を用いてご送付いただいたスライド上の固定組織サンプルから、ご希望部位をum単位で精密回収します。回収組織サンプルは特殊処理による前処理を行ってから高分解能MSによるショットガンプロテオーム解析を行って報告書を納品します。なお、お客様ご自身にてLMDを操作し、サンプル回収を行っていただく事も可能です。

FFPE組織サンプルの深層ショットガンプロテオーム解析

スペクトラルカウント解析によるノンラベル定量解析

データ解析に関して、スペクトラルカウント解析によるノンラベル比較定量(下記論文 1-4 参照)をオプションで承っております。スペクトラルカウントは取得したLC/MS/MSのデータをそのまま使用して半定量解析を行う手法であり、改めて測定を行う必要がありません。スペクトラルカウントは群間比較による比較定量を行うので、論文化などオフィシャルに確度の高いデータを取得するためには最小単位として2群(1群あたり3サンプル)の合計6サンプルが必要となります。ただし目的に応じて、例としてサンプル1対1の比較の検討などの調整は可能ですのでお気軽にご相談下さい。

スペクトラルカウント参考文献

  1. Old W. et al., Mol Cel Proteomics 2005, 4, 1287.
  2. Powell DW. Et al., (2004) Mol Cell Biol 24:7249-7259;
  3. Paoletti AC., et al., (2006) PNAS 103:18928-18933.
  4. Xiaoyun Fu Et al., (2008) Journal of Proteome Research 7, 845-854

プロテオーム解析試験内容

サンプル前処理条件検討

お客様ご提出のFFPE組織サンプルスライドからLMDによってサンプル回収を行い。前処理を経てLC/MS解析を実施致します。LMD回収用の特殊スライド(Director Slide™)は弊社から無償提供しますので、スライドへの組織サンプルの固定ならびに脱パラフィン、ヘマトキシリン染色まではお客様にて行ってください。サンプル回収箇所をマーキングした(画像ファイルまたはスライドに直接マーキングいただいても構いません)参照用スライドを一緒にご提出ください。Leica社のLMD-7を使用して、目的箇所の回収を行い、サンプル前処理による試料分解を行います。すでにお客様にてサンプル前処理を実施いただいている場合はそのままLC/MSにて解析をスタート致します。

LC/MS試験測定ならびに本測定

Thermo社のQ-Exactive™を用いてLC/MS測定条件最適化後に対象サンプルの測定を実施します。まずはご用意いただいたサンプルの試験測定を行い最終的な測定条件の最適化を実施します。その後、実サンプルの本測定を行います。

データ解析

MASCOTTM と Scaffold Softwareによるデータ解析を行った結果を納品致します。また、ノンラベル定量解析(スペクトラルカウント解析)やPathway解析をご希望の際には有償にて承っております。ノンラベル定量解析は比較解析になりますので、サンプルの最小単位として1群vs1群の比較が必要になります。1群につき最低3サンプルが必要になりますので、2群比較、計6サンプルが必要になります。比較対象サンプルが1サンプル同士においても承っておりますので、お気軽にご相談下さい。

ご送付いただくもの

FFPEサンプルをDirector Slide (弊社よりご送付いたします) に固定し、脱パラフィン処理したもの、ならびに参照用スライド(HE染色など)として同一箇所のスライドをご用意ください。参照用スライドにダイセクション箇所をマーキングして下さい。上記のものを下記までご送付下さい。

ご送付先:

153-8904
東京都目黒区駒場4-6-1
東京大学先端科学技術研究センターKOL301
福田 哲也 宛
Tel: 090-3914-4403

納品物

解析データ、タンパク質同定データ、ならびにLC/MS測定条件を含めた解析条件情報

納期

通常4〜8週間。
サンプル数、処理方法により異なります。詳細はお問い合わせ下さい。

お見積り・ご注文方法

下記のリンクから見積のご依頼をお願い致します。

 

参考文献

  1. An improvement on mass spectrometry-based epigenetic analysis of large histone-derived peptides by using the Ionization Variable Unit interface, Analytical Biochemistry 486 (2015) 14-16
  2. Perspectives: Full-length transcriptome-based H-InvDB throws a new light on chromosome-centricproteomics. 2013, Journal of Proteome Res.12(1): 62-66.
  3. Cancer Phenotype Diagnosis and Drug Efficacy within Japanese Health Care. 2012, International Journal of Proteomics (2012), Article ID 921901, 10 pages.
  4. Proteomic Profilingof Thyroid Papillary Carcinoma. Journal of Thyroid ResearchVolume 2012, Article ID 815079, 7 pages
  5. A Clinician View and Experience of Proteomic Studies in the Light of Lung Cancer in Japanese Healthcare 2011 Journal of Proteome Research, 10: 51-57.
  6. Developments for a growing Japanese patient population: Facilitating new technologies for future health care. J Proteomics. 2011 May 16;74(6):759-64.
  7. Periostin, discovered by nano-flow liquid chromatography and mass spectrometry, is a novel marker of diabetic retinopathy. Biochem Biophys Res Commun. 2010 Aug 20;399(2):221-6.
  8. Proteomic analysis of laser-microdissected paraffin-embedded tissues: (1) Stage-related protein candidates upon non-metastatic lung adenocarcinoma., 2010, Journal of Proteomics, 73(6): 1089-1099.

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お問い合わせ先 : 創薬・受託サービス部

ご質問・ご不明の点は創薬・受託サービス部までお問い合せください。また、秘密保持契約のご希望につきましても、下記までご連絡をお願いいたします。

TEL
03-5632-9615
FAX
03-5632-9614
E-mail
jutaku_gr@cosmobio.co.jp

商品は「研究用試薬」です。人や動物の医療用・臨床診断用・食品用としては使用しないように、十分ご注意ください。

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