記事ID ： 43481

最も有名な蛍光標識物質フルオレセイン蛍光色素

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メーカー名：AAT Bioquest, Inc. (Former ABD Bioquest, Inc.)

フルオレセイン色素

フルオレセイン色素は、ペプチドやオリゴヌクレオチドを共有結合で標識するの最も一般的な蛍光誘導体化試薬です。その高い吸収性、優れた蛍光量子収率、水溶性の良さに加えて、励起極大 (494 nm) があり、アルゴンイオンレーザーの 488 nmスペクトル線に厳密に一致するため、蛍光顕微鏡やフローサイトメトリーに重要なフルオロフォアになります。５-FAM誘導体は主にペプチドに、6-FAM誘導体はオリゴヌクレオチドの標識に使用されてきました。AAT Bioquest社では、ペプチドやオリゴヌクレオチドを標識するためのFAMの最も完全な製品ラインを提供しています。

フルオレセイン誘導体である TET、HEX、JOE、VIC、NED は、最新のDNAシーケンサーおよび遺伝子アナライザーの優れた機能を利用して、マルチカラー遺伝子検出に広く使用されています。その中で、TET、HEX、および JOE は、AAT Bioquest社を含む多くのベンダーから提供されており、遺伝子の研究開発にすぐに利用できます。ただし、NED や VIC色素を扱っているベンダーはほとんどありません。AAT Bioquest社では、お客様からのご要望にお応えして、NED、VIC色素の優れた代替品として HelixFluor™575、HelixFluor™555 を開発し、提供しています。それぞれ NED と VIC のスペクトル特性に厳密に一致します。HelixFluor™575 とHelixFluor™555 はどちらも、アミノ修飾オリゴヌクレオチドと容易に反応するスクシンイミジルエステルです。

図1. Helix Fluor™ 575, SE の励起蛍光波長

図2. Helix Fluor™ 555, SE の励起蛍光波長

6-JOE (6-carboxy-4',5'-dichloro-2',7'-dimethoxyfluorescein)

キサンテン染料である 6-JOE (6-carboxy-4',5'-dichloro-2',7'-dimethoxyfluorescein) は、可視スペクトルの黄色の領域で蛍光を発し、BHQ®-1または AAT Bioquest社のTQ2色素によって効果的に消光することができます。6-JOEスクシンイミジルエステルは、オリゴヌクレオチドの標識によく使用されています。6-JOEは、オリゴヌクレオチドの 5 '末端またはチミジンのいずれかに組み込まれます。チミジンに結合した6-JOE は、ハイブリダイゼーションに使用されます。6-JOE修飾したオリゴヌクレオチドは、リアルタイムPCR用の二重標識蛍光発生プローブのほか、幅広いアプリケーションで使用できます。

6-JOE SE については、他のフルオレセインスクシンイミジルエステルと比較してはるかに低い収率を示し、得られたコンジュゲートも精製がより困難になります。近年、多くの 6-JOE SE の市販品を入手して分析したところ、すべての市販品が、図3 に示すように、6-JOE SE とアミノ修飾オリゴヌクレオチドの結合を複雑にする不純物を含むことがわかりました。市販の 6-JOE SE に関連する不純物には、非反応性の遊離 6-JOE 酸、3,6-JOE ジスクシンイミジルエステルおよび 3-JOE スクシンイミジルエステルが含まれます。特に、3-JOE スクシンイミジルエステルから得られたコンジュゲートは、所望の 6-JOE コンジュゲートから分離することが困難です。AAT Bioquest社が提供する 6-JOE SEには、図4 に示すように、3,6-JOE ジスクシンイミジルエステルや 3-JOE スクシンイミジルエステルは基本的に含まれていません。

図3. 6-JOE、SEとアミノ修飾オリゴヌクレオチドとの反応
6-JOE、SEの製造プロセスから生じる不純物によって複雑になる。

図4. 様々なベンダーから市販されている 6-JOE、SE のHPLC分析結果
上2つのデータは他社品、下のデータは AAT Bioquest社商品に由来する。

色素標識化学

Succinimidyl Ester/ NHS esters	抗体、タンパク質、ペプチド、アミン修飾オリゴヌクレオチドのアミン (-NH₂) への標識
maleimide	抗体、タンパク質、ペプチドのスルフヒドリル基 (-SH) への標識
Azides	クリックケミストリーを使ったエチレン基への標識
Alkynes	クリックケミストリーを使った azide への標識
Hydrazides	アルデヒド基やケトン基への標識
Carboxylic acids	カルボジイミドによる活性化後のアミンまたはアルコールのシュテークリヒエステル化への標識用に
Amines	活性エステルなどのさまざまな求電子性化合物への標識

フルオレセイン蛍光色素

品番	商品名	サイズ	Ex (nm)	Em (nm)	EC (cm^-1 M^-1)	CF @280 nm	CF @260 nm
103	5-FAM [5-Carboxyfluorescein] Single Isomer	100 mg	494	521	75,000	0.178	-
105	5-FAM [5-Carboxyfluorescein] Validated for Labeling Peptides	5 g	494	521	75,000	0.178	-
132	5-FAM Alkyne	10 mg	494	521	75,000	0.178	-
131	5-FAM Azide	10 mg	494	521	75,000	0.178	-
128	5-FAM Cadaverine	100 mg	494	521	75,000	0.178	-
124	5-FAM Ethylenediamine	100 mg	494	521	75,000	0.178	-
113	5-FAM, SE [5-Carboxyfluorescein, Succinimidyl Ester] Single Isomer	10 mg	494	521	75,000	0.178	-
115	5-FAM, SE [5-Carboxyfluorescein, Succinimidyl Ester] Validated for Labeling Peptides	1 g	494	521	75,000	0.178	-
119	5-FAM-X, SE	5 mg	494	521	75,000	0.178	-
100	5(6)-FAM [5-(and-6)-Carboxyfluorescein] Mixed Isomers	1 g	494	519	75,000	0.172	-
101	5(6)-FAM [5-(and-6)-Carboxyfluorescein] Validated for Labeling Peptides and Oligos	10 g	494	519	75,000	0.172	-
127	5(6)-FAM Cadaverine	100 mg	494	519	75,000	0.172	-
123	5(6)-FAM Ethylenediamine	100 mg	494	519	75,000	0.172	-
110	5(6)-FAM, SE [5-(and-6)-Carboxyfluorescein, Succinimidyl Ester] Mixed Isomers	25 mg	494	519	75,000	0.172	-
112	5(6)-FAM, SE [5-(and-6)-Carboxyfluorescein, Succinimidyl Ester] Validated for Labeling Peptides and Oligos	1 g	494	519	75,000	0.172	-
120	5-FITC [FITC Isomer I; Fluorescein-5-isothiocyanate] UltraPure Grade	100 mg	492	515	76,000	0.254	-
121	5-FITC [FITC Isomer I; Fluorescein-5-isothiocyanate] UltraPure Grade	1 g	492	515	76,000	0.254	-
130	Fluorescein-5-maleimide	25 mg	491	514	74,000	0.275	-
134	6-FAM Alkyne	10 mg	494	521	75,000	-	0.255
133	6-FAM Azide	10 mg	494	521	75,000	-	0.255
6016	6-FAM Phosphoramidit [5'-Fluorescein phosphoramidite]	100 µmoles	494	521	75,000	-	0.255
116	6-FAM, SE [6-Carboxyfluorescein, Succinimidyl Ester] Single Isomer	10 mg	494	521	75,000	-	0.255
250	Helix Fluor™ 555, Succinimidyl Ester	1 mg	542	558	76,000	-	0.354
251	Helix Fluor™ 575, Succinimidyl Ester	1 mg	546	575	85,000	-	0.354
241	6-HEX Alkyne	5 mg	533	550	74,000	-	0.3
240	6-HEX Azide	5 mg	533	550	74,000	-	0.3
6026	6-HEX Phosphoramidite [5'-Hexachlorofluorescein Phosphoramidite]	100 μmoles	533	550	74,000	-	0.3
202	6-HEX, SE [6-Carboxy-2',4,4',5',7,7'-hexachlorofluorescein, Succinimidyl Ester]	5 mg	533	550	74,000	-	0.3
249	6-JOE Alkyne	5 mg	520	548	73,000	-	0.326
248	6-JOE Azide	5 mg	520	548	73,000	-	0.326
203	6-JOE, SE [6-Carboxy-4',5'-dichloro-2',7'-dimethoxyfluorescein, Succinimidyl Ester]	5 mg	520	548	73,000	-	0.326
245	6-TET Alkyne	5 mg	521	536	76,000	-	0.191
244	6-TET Azide	5 mg	521	536	76,000	-	0.191
6027	6-TET Phosphoramidite [5'-Tetrachlorofluorescein Phosphoramidite]	100 μmoles	521	536	76,000	-	0.191
211	6-TET, SE [6-Carboxy-2',4,7',7-tetrachlorofluorescein, Succinimidyl Ester]	5 mg	521	536	78,000	-	0.191

品名	メーカー	品番	包装	希望販売価格
5-FAM [5-Carboxyfluorescein]	ABD	103	100 MG	￥18,000
5-FAM [5-Carboxyfluorescein]	ABD	105	5 G	お問い合わせ
5-FAM Alkyne	ABD	132	10 MG	￥36,000
5-FAM Azide	ABD	131	10 MG	￥36,000
5-FAM cadaverine	ABD	128	100 MG	￥72,000
5-FAM ethylenediamine	ABD	124	100 MG	￥48,000
5-FAM, SE [5-Carboxyfluorescein, succinimidyl ester]	ABD	113	10 MG	￥24,000
5-FAM, SE [5-Carboxyfluorescein, succinimidyl ester]	ABD	115	1 G	お問い合わせ
5-SFX [5-FAM-X, SE]	ABD	119	5 MG	￥24,000
5(6)-FAM [5-(and-6)-Carboxyfluorescein]	ABD	100	1 G	￥24,000
5(6)-FAM [5-(and-6)-Carboxyfluorescein]	ABD	101	10 G	￥185,000
5(6)-FAM cadaverine	ABD	127	100 MG	￥48,000
5(6)-FAM ethylenediamine	ABD	123	100 MG	￥24,000
5(6)-FAM, SE [5-(and-6)-Carboxyfluorescein, succinimidyl ester]	ABD	110	25 MG	￥24,000
5(6)-FAM, SE [5-(and-6)-Carboxyfluorescein, succinimidyl ester]	ABD	112	1 G	￥229,000
5-FITC [Fluorescein-5-isothiocyanate]	ABD	120	100 MG	￥24,000
5-FITC [Fluorescein-5-isothiocyanate]	ABD	121	1 G	￥48,000
Fluorescein-5-maleimide	ABD	130	25 MG	￥30,000
6-FAM Alkyne	ABD	134	10 MG	￥36,000
6-FAM Azide	ABD	133	10 MG	￥36,000
6-FAM phosphoramidite [5'-Fluorescein phosphoramidite]	ABD	6016	100 UMOL	￥30,000
6-FAM, SE [6-Carboxyfluorescein, succinimidyl ester]	ABD	116	10 MG	￥24,000
Helix Fluor^TM 545, succinimidyl ester	ABD	250	1 MG	￥24,000
Helix Fluor^TM 575, succinimidyl ester	ABD	251	1 MG	￥24,000
6-HEX alkyne	ABD	241	5 MG	￥36,000
6-HEX azide	ABD	240	5 MG	￥36,000
6-HEX phosphoramidite [5'-Hexachlorofluorescein phosphoramidite]	ABD	6026	100 UMOL	￥48,000
6-HEX, SE [6-Carboxy-2',4,4',5',7,7'-hexachlorofluorescein, succinimidyl ester] Single Isomer	ABD	202	5 MG	￥36,000
6-JOE alkyne	ABD	249	5 MG	￥36,000
6-JOE azide	ABD	248	5 MG	￥36,000
6-JOE, SE [6-Carboxy-4',5'-dichloro-2',7'-dimethoxyfluorescein, succinimidyl ester]	ABD	203	5 MG	￥48,000
6-TET alkyne	ABD	245	5 MG	￥36,000
6-TET azide	ABD	244	5 MG	￥36,000
6-TET phosphoramidite [5'-Tetrachlorofluorescein phosphoramidite]	ABD	6027	100 UMOL	￥48,000
6-TET, SE [6-Carboxy-2',4,7',7-tetrachlorofluorescein, succinimidyl ester]	ABD	211	5 MG	￥36,000