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商品情報

記事ID : 35712
研究用

プロテインプロファイリングとRNAプロファイリングを同一検体から実現マルチオミックス解析受託サービス
プロテインプロファイリングとRNAプロファイリングを同一検体から実現

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サンプルを送るだけ! サンプルの前処理から解析までのワンストップサービス

 

一つの検体からタンパク質画分と RNA 画分の分離・精製をおこない、プロテオーム解析と RNA シーケンスを同時に実施する統合的な解析サービスです。

解析装置
● RNA-Seq:HiSeq、NextSeq(Illumina)
● 質量分析:Q-Exactive HF-X(Thermo Fisher Scientific)

ご送付いただくもの(1 サンプルから承ります)
● フェノールグアニジン系の試薬*、もしくは RNA 保護試薬**で作製したサンプル
*ISOGEN(ニッポンジーン社)、TRIzol(ThermoFisher 社)、QIAzol(QIAGEN 社)など
**RNAlater(ThermoFisher 社)など
● サンプル種:組織、細胞、その他(ご相談ください)
● 生物種:ゲノムが解析されている生物

マルチオミックス解析受託サービス

RNA-Seqとプロテオーム解析で観測されたmRNAとタンパク質をコードする 遺伝子の重複

RNA-Seqとプロテオーム解析で観測されたmRNAとタンパク質をコードする 遺伝子の重複
RNA-SeqとQ-Eactive HF-X導入以前のデータ依存型分析法(DDA)によるプロテオーム解析(左図)とRNA-Seqと本受託サービスのQ-Eactive HF-Xを用いた高深度DIAプロテオーム解析(右図)との比較を示す。分析したサンプルはHEK293F 細胞を用い、RNA-Seqとプロテオーム解析のそれぞれの解析で用いたデータベースに共通して存在した遺伝子のみを対象とした。以前のプロテオーム解析ではRNA-Seqで観測できる遺伝子数との差が大きかったが、本受託サービスの高深度DIAプロテオーム解析ではその点が大きく改善され、マルチオミクス解析を行う上で対象となる分子が大幅に増加した。

解析メニュー

■マルチオミックス
解析メニュー
(納期)
分析方法・取得データ目安 必要サンプル量 サンプル数
3'RNA Seq
(8週間)
●HiSeq (50bp Single-Read)
 または
●NextSeq (75bp Single-Read)
● 100 万リード
total RNA:2 μg 程度
(40 ng/μL 以上)
目安:細胞 約 2 x 105 個以上、
組織(マウス肝臓) 約 1 mg 以上
1
2〜5
6以上
プロテオーム解析
(4週間)
標準 DIA プロテオーム解析
 発現タンパク質の同定ならびに相対定量解析
● LC-MS/MS(DIA)
● 4000-6000 タンパク質
タンパク質:40 μg 以上
目安:細胞 5 x 105 以上、
組織 10 mg 以上、血清/血漿 1 μL 以上、尿 200 μL 以上
1〜5
6〜10
11以上
高深度 DIA プロテオーム解析
  GPF 法により作製した大規模なプロテイン・ペプチドライブラリーを元にした、発現タンパク質の同定ならびに相対定量解析
● GPF+LC-MS/MS(ライブラリ作製用)
● LC-MS/MS(DIA)
● 5000-8000 タンパク質
タンパク質:40 μg 以上
目安:細胞 5 x 105 以上、
組織 10 mg 以上、血清/血漿 1 μL 以上、尿 200 μL 以上
1〜5
6〜10
11以上
DIA リン酸化プロテオーム解析
  タンパク質消化物からリン酸化されたペプチドを濃縮し、同定ならびに相対定量解析
● LC-MS/MS(DIA)
● 4000-8000 リン酸化ペプチド
タンパク質:0.5 mg 以上
目安:細胞 5 x 106 以上、
組織 50 mg 以上
1〜5
6〜10
11以上
高深度 DIA リン酸化プロテオーム解析
  リン酸化ペプチドを濃縮後、GPF 法により作成した大規模なリン酸化ペプチドライブラリーを元にした、リン酸化ペプチド同定ならびに相対定量解析
● GPF+LC-MS/MS (ライブラリ作製用)
● LC-MS/MS(DIA)
● 8000-15000 リン酸化ペプチド
タンパク質:0.5 mg 以上
目安:細胞 5 x 106 以上、
組織 50 mg 以上
1〜5
6〜10
11以上
サンプルの前処理
(1週間以内)
タンパク質画分と RNA 画分の分離、精製、QC(KGT社で実施)
1

お見積もり依頼

下記の解析依頼書に必要事項をご入力いただき、jutaku_gr@cosmobio.co.jp 宛にご送付をお願いいたします。またサンプルをご送付いただく際は本依頼書をサンプルに同封して下さい。

ご注意事項

  • 依頼書記載のサンプル名称と、送付検体に記載されている名称は統一してください。
  • ヒト由来サンプルは提供者のインフォームド・コンセントが得られていることが前提となります。
  • 提供者の個人情報が特定できないようにサンプル名を匿名化して下さい。

サンプルのご送付方法

  • 必要サンプル量は各メニューの記載をご参照ください。
  • 細胞、組織にフェノールグアニジン系の試薬*、もしくはRNA保護試薬**を加えた状態でお送りください。ホモジナイズは不要です。
    * ISOGEN(ニッポンジーン社)、TRIzol(ThermoFisher社)、QIAzol(QIAGEN社)など
    ** RNAlater(ThermoFisher社)など
  • 記入済み弊社依頼書をプリントアウトして送付サンプルに同梱して下さい。
  • 紛失等の事故防止のため、サンプル発送の際は『jutaku_gr@cosmobio.co.jp』までメールでご連絡いただき、サンプルの到着日、配送業者名、送り状番号をお知らせ下さい。
  • サンプル 調整方法 送付方法
    培養細胞 培地を除去後、PBS にて2回洗浄し、フェノールグアニジン系などの試薬を加えチューブに入れて液体窒素で凍結 ドライアイスを同梱し冷凍便
    組織 取り出した組織を PBS にて血液を除去し、フェノールグアニジン系などの試薬が入ったチューブに入れて液体窒素で凍結 ドライアイスを同梱し冷凍便

    抽出したRNAとタンパク質をお送りいただくことも可能ですが、データのバラつきを最低限にするため、抽出作業は弊社にお任せいただくことをお勧めいたします。

  • 金・土曜日のご送付はご遠慮下さい。平日着の便でご送付をお願い致します。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。

ご送付先:

〒292-0818
千葉県木更津市かずさ鎌足2-6-7
株式会社かずさゲノムテクノロジーズ
Tel: 0438-52-2001

お問い合わせ先 : 創薬・受託サービス部

ご質問・ご不明の点は創薬・受託サービス部までお問い合せください。また、秘密保持契約のご希望につきましても、下記までご連絡をお願いいたします。

TEL
03-5632-9615
FAX
03-5632-9614
E-mail
jutaku_gr@cosmobio.co.jp

商品は「研究用試薬」です。人や動物の医療用・臨床診断用・食品用としては使用しないように、十分ご注意ください。

お問い合わせ

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