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NEK9はNEKファミリーメンバーでありNEK1,NEK3およびNEK4と高い相同性をもつ。NEK9は有糸分裂期に活性化され、RNAGTPaseに特異的に結合し、CDC2リン酸化の基質である。NEK9は有糸分裂進行の制御に関して役割を担い、CDC2やRANGTPaseにより制御される。NEK9の活性型と非活性型バリアントとの両方を過剰発現すると細胞毒性を示し、細胞分裂を阻害して異常な核形態を生ずる。In vitro において、NEK9は組換え型NEK6とNEK7のリン酸化を触媒し、これらを活性化する。以上より、NEK9は有糸分裂期においてNEK6とNEK7の活性化に関与することが示唆される。