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記事ID : 14701
研究用

次世代シーケンシング|18S rRNA メタゲノム解析ライブラリ調製キット(Illumina 社対応) NEXTflex™ 18S ITS Amplicon-Seq kit

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NEXTflex™ 18S ITS Amplicon-Seq キットは、超可変領域である ITS(Internal Transcribed Spacer)1および ITS2 を含む、真核生物の 18S リボソームRNA(rRNA)シーケンシングライブラリ調製キットです。培養が困難な真菌や小型の真核生物の同定に使用できる、マルチプレックスアンプリコンライブラリを調整します。本製品で調製したライブラリは、Illumina® MiSeq シーケンシングプラットフォームでのペアエンドシーケンシングに最適です。

本キットは、マルチプレックス解析に対応したライブラリを容易に調製することが可能であり、高感度な次世代シーケンサー(NGS)と共に用いることで、新しい真核生物を同定するための便利で強力なツールとなります。

  • PCR バイアスを低減、高いオンターゲットリード率
  • 迅速なライブラリ調製プロトコール
  • 少ないインプット量 - 最低必要量ゲノム DNA わずか 1ng
  • フレキシブルなバーコードオプション - 384 種のバーコードによるマルチプレックス解析
  • Illumina 社シーケンシングプライマーとの互換性
  • 自動化に適したワークフロー
  • Illumina® MiSeq プラットフォームに対する機能検証済み

<特集ページはこちら>株式会社パーキンエルマージャパン NGS ライブラリ調製キット

背景

18S rRNA 遺伝子シーケンシング

高度に保存された 18Ss rRNA 遺伝子内の ITS(internal transcribed spacer)1 および ITS2 は、真核生物の分子系統解析に多く用いられています。ITS 領域は、近縁種間で高度な配列多様性を示し、ゲノムあたりのコピー数が 10-200 と多いため、少量の DNA からの増幅が容易なターゲットです。このことから、コミュニティー中の希少種、あるいは多量に存在する種のどちらも検出できる優れたマーカーであるといえます。

図1 18S rRNA 遺伝子の保存領域と超可変領域
図1 18S rRNA 遺伝子の保存領域と超可変領域

特長

• 迅速なライブラリ調製プロトコール

18S ITS のアンプリコン調製ステップには、2段階のPCR反応が含まれます。1回目のPCR反応は、ITS 領域をターゲットにした PCR プライマーを用いて行い、2回目のPCR反応は、フローセル結合ドメインおよび 12 塩基対のインデックス配列を組込むために行います。精製ステップの回数が少ないことから、以降のシーケンシング解析に用いるアンプリコンを最大限に回収することが可能です。18S ITS ライブラリのシーケンシングには、MiSeq V3 試薬キット(2X300)の使用を推奨します。

• 最適化されたプロトコール - PCRバイアスとオフターゲットリードの低減

本製品のプロトコールにより、従来の 18S シーケンシングプロトコールと比較して、より良好な結果を得ることが可能です。2回目のPCR反応の段階で、サンプル特異的なインデックス配列を組み込むことによってアンプリコンシーケンシング時に発生するオフターゲットリード数を低減します。

構成内容

NEXTflex™ 18S ITS Amplicon-Seq キット

  • NEXTflex™ DNA PCR マスターミックス
  • NEXTflex™ 18S ITS PCR I プライマーミックス
  • NEXTflex™ 18S ITS PCR II Barcoded プライマーミックス
  • 再懸濁バッファー
  • ヌクレアーゼフリー水
 

<その他 必要な試薬・機器>

  • 1 ng - 50 ng 高品質ゲノムDNA(各ライブラリごとに 33 µL 以下のヌクレアーゼフリー水に溶解)
  • 96 ウェル PCR プレート(ノンスカート) (Phenix Research, Cat # MPS-499) または同等製品
  • PCR プレートシール (BioRad, Cat # MSB1001)
  • PCR 反応産物精製キット ‐ Agencourt AMPure XP 5 mL (Beckman Coulter Genomics, Cat # A63880)
  • 磁気スタンド-96 (Ambion, Cat # AM10027) または同等製品
  • サーマルサイクラー
  • 2, 10, 20, 200, 1000 µL ピペット / マルチチャンネルピペット
  • ヌクレアーゼフリー バリアーピペットチップ
  • ボルテックス
  • 80% エタノール(室温・用事調整)

プロトコール

NEXTflex™ 18S ITS Amplicon-Seq キット プロトコール

図2 NEXTflex™ 18S ITS Amplicon-Seq キット フローチャート

NEXTflex™ 18S ITS Amplicon-Seq キット

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
NEXTflex(R) 18S ITS Amplicon-Seq Kit (4 Barcodes) PEJ NOVA-4210-01 8 RXN
販売終了
NEXTflex(R) 18S ITS Amplicon-Seq Kit (12 Barcodes) PEJ NOVA-4210-02 24 RXN
¥89,800
NEXTflex(R) 18S ITS Amplicon-Seq Kit (48 Barcodes) PEJ NOVA-4210-03 96 RXN
販売終了
NEXTflex(R) 18S ITS Amplicon-Seq Kit (Barcodes 1- 96) PEJ NOVA-4210-04 192 RXN
販売終了
NEXTflex(R) 18S ITS Amplicon-Seq Kit (Barcodes 97 - 192) PEJ NOVA-4210-05 192 RXN
販売終了
NEXTflex(R) 18S ITS Amplicon-Seq Kit (Barcodes 193 -288) PEJ NOVA-4210-06 192 RXN
販売終了
NEXTflex(R) 18S ITS Amplicon-Seq Kit (Barcodes 289 - 384) PEJ NOVA-4210-07 192 RXN
販売終了

【関連商品】 16S & 18S メタゲノム解析ライブラリ調製キット

商品は「研究用試薬」です。人や動物の医療用・臨床診断用・食品用としては使用しないように、十分ご注意ください。

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