商品情報

記事ID : 16253
研究用

次世代シークエンス解析用ライブラリを約2時間で作製可能 NxSeq® AmpFREE Low DNA Library Kits and Adaptors(Illumina 社対応)

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本製品は、少量(75 ng)の断片化DNAから、PCR不要のプロトコルにより、バイアスを最小限に抑えた次世代シークエンス解析(Next Generation Sequencing, NGS)用ライブラリ作製が可能です。また、最適なアダプターライゲーションにより、解析効率の高いライブラリが作製できます。

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新規購入の場合は、有償サンプルとして小カタログサイズを半額でご提供しています。

<ご提供条件>
· 新規にご購入であること
· メーカーアンケートにご回答していただける方
· 1研究室当たり1点まで

ご希望がございましたら弊社またはご利用代理店様までお問い合わせくださいませ。

特長

  • 解析データの信頼性を向上
    アダプターライゲーションの最適化により、解析効率の高いライブラリの作製が可能(結果として優れたカバレッジと深度を有する)。
  • 最小限のバイアス
    PCRステップ不要のため、PCR増幅によるバイアスを抑制
  • 最小限の必要量
    75 ngの断片化DNAでライブラリ作製が可能
  • 迅速なライブラリ作製
    2時間10分のプロトコルにより、より早くシークエンス解析に移行可能

構成内容

NxSeq® AmpFREE Low DNA Library Kit
品番14000-1 14000-2
反応数 12 Reactions 48 Reactions
Enzyme Mix 100 μL 2 x 230 μL
2X Buffer 300 μL 2 x 700 μL
Ligase 48 μL 2 x 120 μL
Elution Buffer 2 x 1.6 mL 2 x 6 mL
NxSeq® Adaptors
品番14300-1
(Box 1)
14400-1
(Box 2)
Adaptor 1〜12 各 12 µL -
Adaptor 13〜24 - 各 12 µL

参考:アダプターのインデックス配列

製品データ

解析効率の高いライブラリ作製が可能

最適なアダプターライゲーションにより、シークエンス解析可能なDNA断片の割合が高いライブラリの作製ができます。

定量PCRによって、アダプターが正しく連結されたライブラリーDNAの割合を測定
図1. 定量PCRによるアダプターライゲーション効率の測定
各社ライブラリ作製キットを用い、生物種毎に2ライブラリを作製した(ヒト、Staphylococcus aureusRhodobacter sphaeroides(1ライブラリのみ)、大腸菌)。アダプターのライゲーション効率は、Kapa Biosystems社KAPA Library quantification kit(品番KK4873)を用い、定量PCRで測定した。

より多くのクラスターを同定することが可能

1ランあたりより多くのDNA断片について、シーケンスデータを得ることができます。

 各社ライブラリー調製キットを用いて同定されたクラスターの割合
図2. 各社ライブラリー調製キットを用いて同定されたクラスターの割合。
ライブラリーは、各社のプロトコールと推奨サンプル量に従って各生物ごとに調製した(ヒト/黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)/ロドバクター(Rhodobacter sphaeroides)/大腸菌)。BioanalyzerとQubit fluorometer を使用して、サンプルの定量と最終濃度2 nMへの正規化を行った。サンプル各5 µLをMiSeqでシーケンス解析した(2 x 150 bp chemistry)。

マッピング可能なリードの割合が高いライブラリ作製が可能

ヒト、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)、ロドバクター(Rhodobacter sphaeroides)のゲノムDNAをシーケンス解析した結果、高い割合でマッピング可能なリードを得ました(>92%)。

表1. 各生物由来のゲノムDNAシークエンス解析結果
Sequencing Stat Human Staphylococcus Rhodobacter
Genome size, GC percentage ~3 Gbp 45% GC 2,821,361 33% GC 4,602,977 69% GC
Raw reads 3,131,114 1,260,836 3,900,174
Mapped reads 2,979,237(95.15%) 1,174,111(93.12%) 3,613,165(92.64%)
Read length 148.9 bp 148.8 bp 149.6 bp
Total bases 443,767,447 174,694,261 540,403,552
Genome fraction 0.11 0.97 1.00
Avg. coverage 0.15X 62X 117X

各生物(ヒト、Staphylococcus aureus、Rhodobacter sphaeroides)の断片化ゲノムDNA75 ngを用い、NxSeq AmpFREE Low DNA Library kitでゲノムDNAライブラリを作製した。作製したライブラリをBioanalyzerとQubit fluorometerで定量、濃度調整(2nM)の後、各ライブラリ5 µLをMiSeq(2x 150 bp)でシークエンス解析した。

最小限のバイアス

. 異なるGC含量の生物で、シーケンス解析におけるバイアスを測定
図3. 異なるGC含量の生物のシークエンス解析におけるバイアス測定
Staphylococcus aureus(24% GC)、大腸菌(50% GC)、Rhodobacter sphaeroides(68%)からゲノムDNAライブラリを作製した。作製したライブラリをBioanalyzerとQubit fluorometerで定量、濃度調整(2 nM)の後、各ライブラリ5 µLをMiSeq(2x 150 bp)でシークエンス解析した。

迅速プロトコール

NxSeq AmpFREE Low DNA Library Kit の操作時間

NxSeq® AmpFREE Low DNA Library Kits

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
NxSeq(R) AmpFREE Low DNA Library Kit詳細データ LUC 14000-1 12 RXN
¥57,000
NxSeq(R) AmpFREE Low DNA Library Kit詳細データ LUC 14000-2 48 RXN
¥217,000

[関連]NxSeq® Adaptors

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
NxSeq(R) Adaptors, Box 1詳細データ LUC 14300-1 4*12 RXN
¥41,000
NxSeq(R) Adaptors, Box 2詳細データ LUC 14400-1 4*12 RXN
¥41,000

商品は「研究用試薬」です。人や動物の医療用・臨床診断用・食品用としては使用しないように、十分ご注意ください。

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