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記事ID : 12084
研究用

高性能固相カラムを用いたクロマチン免疫沈降キットChromatrap® ChIP Assays

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Chromatrap ChIP AssaysChromatrap®は、クロマチン沈降アッセイをより迅速、簡単、効率的にする新しい技術です。これらのキットは、不活性ディスク(プロテインA又はプロテインGが結合した多孔質ポリマー)を含むスピンカラム又は96ウェルプレートを用います。

 

背景

クロマチン免疫沈降(ChIP)は、特定のタンパク質(もしくはその修飾アイソフォーム)と結合するゲノム領域を研究するのに用いられる手法です。ChIPアッセイでは、DNA-タンパク質複合体(クロマチン)を抗体によって識別し、得られたフラクションを処理してDNAとタンパク質に分離します。特定の配列のDNAを同定するために、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、リアルタイムPCR、ハイブリダイゼーション、マイクロアレイ、ダイレクトシークエンシングなどが使用されます。

従来のChIP手法
アガロース又は磁性ビーズによる従来のChIP手法は、分離、ピペッティング、再懸濁など多数のステップが必要です。磁気や遠心などを経て決定された配列は、反復性で、エラーを生じやすくなります。

新しいChromatrap® 技術
Chromatrap®は、クロマチン沈降アッセイをより迅速、簡単、効率的にする新しい技術です。これらのキットは、不活性ディスク(プロテインA又はプロテインGが結合した多孔質ポリマー)を含むスピンカラム又は96ウェルプレートを用います。アッセイの間、ターゲットとなるクロマチン/抗体複合体は、ディスクによって保持されます。3種類のバッファーで洗浄した後の溶離ステップで、対象のDNAフラグメントを得ることができます。

高性能固相カラムによるクロマチン免疫沈降アッセイ(ChIP)

特長

ChIPアッセイの性能を改良
Chromatrap® は、固相多孔性ポリマーのBioVyon™ (プロテインA又はプロテインGが結合)を使用し、ビーズベースの手法よりも効率的にクロマチンを捕捉します。

  • DNAのプルダウンレベルはビーズベース手法に比べて最大で25倍
  • 他法に比べて、DNA濃縮のシグナルノイズ比は2〜3倍良好
  • 広範囲のカラムローディング量で使用可能:アッセイあたり100ng〜3000ngのクロマチン
  • 少量のサンプルでも高性能:わずか15,000細胞から使用可能
  • ChIPシークエンシング用に高容量のカラムローディングも可能
BioVyon のSEM(走査型電子顕微鏡)

 

BioVyon™ のSEM(走査型電子顕微鏡)
BioVyon™ は、USP クラスVIのウルトラクリーン、強固な多孔性プラスチックで、空隙容量が大きく、通過画分は入り組んだ複雑な経路を通過します。

より迅速かつ簡単な技術
Chromatrap®によるアプローチは、以下の理由により他の手法よりも優れていると言えます。

  • ミクロビーズを使用する必要がありません
  • BioVyon™ プロテインA又はプロテインGディスクは、クロマチンを捕捉する効率を最大限にするために特別に設計された内部表面を持つ孔で構成される独自の内部構造を備えています。
  • ディスクの基材は化学的に不活性で、非特異的な結合の発生を抑えます。
  • 全ての化学反応がディスク内で行われるため、ピペッティングによる慎重な懸濁・再懸濁が必要ありません。
  • 標準的なプロトコールではプレブロッキング操作は不要です。
  • 結合しなかったクロマチンやその他の不要な物質は、洗浄工程で迅速かつ効率的に洗い流すことができ、エラーが起こりにくくなります。

多目的に使用できる技術
Chromatrap® は、主要な研究機関により、広範囲の細胞種/組織、抗体、検出手法で使用され、その用途は現在も拡大しています。
細胞種/組織:Ishikawa (Heraklio) 細胞、乳癌細胞株(MCF7、MDA-MB-231)、胸部組織、NIH 3T3マウス線維芽細胞、前腫瘍性細胞、癌幹細胞(CSC)、成人初代肝細胞、胎児初代肝細胞
抗体:RNA Pol II、ER α、ERβ、EZH2、H3K27me3、H3K4me3、H3K9me3、H3K36me3、H3K9ac、CYP3A4、CYP3A7、CTCF、PARP1、WT1、SP1、c-MYC、Egr1
検出手法:PCR、qPCR、ChIP-Seq

その他のChIP法と比べて高性能なChromatrap®
特異的な抗体結合レベルに比べてバックグランドが低いため、目的のDNAの濃縮レベルが高く、その他のマトリクスよりもChromatrap® カラムのDNAプルダウンレベルは著しく高くなります。

その他のChIP法と比べて高性能なChromatrap
Graph reference: Chernukhin et al., 2011; Analytical Biochemistry. Elsevier Inc. doi: 10.1016/j.ab.2011.01.036.

 

高いクロマチンローディング量
飽和実験により、カラムは3000ngを超えるクロマチンも保持できることが示されました。限定要因はむしろ抗体濃度である傾向があり、最適な結果を得るには、少なくとも抗体/クロマチン 2:1が必要です。

高いクロマチンローディング量
Graph reference: Lina Mikaliunaite, Swansea University.

 

抗体の捕捉に最適なプロテインA又はプロテインG
Chromatrap® カラム孔の内部表面に、黄色ブドウ球菌由来の精製プロテインA又は連鎖状球菌由来のプロテインGが化学的に結合されています。これらは、免疫沈降時に抗体を捕捉するために使用され、異なる種や抗体のサブクラスによって親和性の程度が変化します。ChIPでの用途が保証された抗体を使用してください。

PVS_Chromatrap_5.jpg
Graph reference: Lina Mikaliunaite, Swansea University.

 

低含量ターゲットの濃縮
ヒト子宮内膜上皮細胞株Ishikawaにおいて、エストラジオール及びタモキシフェン存在下で、48時間、XBP1プロモーター上のERβ低含量の転写因子の結合性を調査するためにChromatrap® を用いました。 www.chromatrap.com.でダウンロードできる、アプリケーションノート「PFG506 Chromatrap® ER binding to XBP1 in the endometrial epithelium」をご参照ください。

低含量ターゲットの濃縮
Graph reference: Lewis Francis, Swansea University.

シングルChIPアッセイ用 Chromatrap® スピンカラム

シングルChIPアッセイ用 Chromatrap ChIP スピンカラム

ChIP qPCR

Chromatrap® スピンカラムの入った、シングル ChIP アッセイ用キット。
細胞株用。qPCR に対応。

[構成内容]

  • スタンダード(品番: 500071、500117)
    Chromatrap® プロテインA又はプロテインGベースのスピンカラム24個、シングルChIPアッセイを24回実施するのに十分なバッファー、試薬を含みます。
  • プレミアム(品番: 500115、500116)
    上記に加え、PCRプライマー、ポジティブコントロール、ネガティブコントロールを含みます。

酵素消化 ChIP qPCR

Chromatrap® スピンカラムの入った、シングル ChIP アッセイ用キット。
細胞株用。クロマチンの断片化を酵素消化により行います。qPCR に対応。

[構成内容]

  • スタンダード(品番: 500166、500168)
    Chromatrap® プロテインA又はプロテインGベースのスピンカラム24個、シングルChIPアッセイを24回実施するのに十分なバッファー、試薬を含みます。また、酵素による断片化に必要なバッファー、試薬を含みます。
  • プレミアム(品番: 500167、500169)
    上記に加え、PCRプライマー、ポジティブコントロール、ネガティブコントロールを含みます。

 

ハイスループットChIPアッセイ用 Chromatrap® 96 HT プレート

ハイスループットChIPアッセイ用 Chromatrap ChIP 96ウェルプレート

ハイスループット ChIP qPCR

Chromatrap® 96 HT プレート(96ウェル)の入った、ハイスループット ChIP アッセイ用キット。
細胞株用。qPCR に対応。

[構成内容](品番: 500161、500163)
Chromatrap® プロテインA又はプロテインGベースの96ウェルプレート、リザーバー/コレクションプレート、溶出プレート、96ハイスループットChIPアッセイに十分な量のバッファー及び試薬を含みます。

ハイスループット酵素消化 ChIP qPCR

Chromatrap® 96 HT プレート(96ウェル)の入った、ハイスループット ChIP アッセイ用キット。
クロマチンの断片化を酵素消化により行います。qPCR に対応。

[構成内容](品番: 500162、500164)
Chromatrap® プロテインA又はプロテインGベースの96ウェルプレート、リザーバー/コレクションプレート、溶出プレート、96ハイスループットChIPアッセイに十分な量のバッファー及び試薬を含みます。また、酵素による断片化に必要なバッファー、試薬を含みます。

ChIP qPCR

■ スタンダード

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
Standard Chromatrap(R) Pro-A ChIP Spin-Column kit詳細データ PVS 500071 24 ASSAY
¥140,000
Standard Chromatrap(R) Pro-G ChIP Spin-Column kit詳細データ PVS 500117 24 ASSAY
¥140,000

■ プレミアム

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
Premium Chromatrap(R) Pro-A ChIP Spin-Column kit詳細データ PVS 500115 24 ASSAY
¥150,000
Premium Chromatrap(R) Pro-G ChIP Spin-Column kit詳細データ PVS 500116 24 ASSAY
¥150,000

酵素消化 ChIP qPCR

■ スタンダード

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
Enzymatic Chromatrap(R) Standard Pro A 24 column Shearing kit詳細データ PVS 500166 24 ASSAY
¥162,000
Enzymatic Chromatrap(R) Standard Pro G 24 column Shearing kit詳細データ PVS 500168 24 ASSAY
¥162,000

■ プレミアム

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
Enzymatic Chromatrap(R) Premium Pro A 24 column Shearing kit詳細データ PVS 500167 24 ASSAY
¥168,000
Enzymatic Chromatrap(R) Premium Pro G 24 column Shearing kit詳細データ PVS 500169 24 ASSAY
¥168,000

ハイスループット ChIP qPCR(96 well)

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
Standard Chromatrap Pro-A high throughput ChIP 96 well Microplate詳細データ PVS 500161 1 KIT
¥336,000
Standard Chromatrap Pro-G high throughput ChIP 96 well Microplate詳細データ PVS 500163 1 KIT
¥336,000

ハイスループット酵素消化 ChIP qPCR(96 well)

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
Enzymatic Standard Chromatrap Pro-A high throughput ChIP 96 well Microplate詳細データ PVS 500162 1 KIT
¥356,000
Enzymatic Standard Chromatrap Pro-G high throughput ChIP 96 well Microplate詳細データ PVS 500164 1 KIT
¥356,000

商品は「研究用試薬」です。人や動物の医療用・臨床診断用・食品用としては使用しないように、十分ご注意ください。

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