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独自のcDNA増幅法（TAS-Seq2法）により、高感度･高精度な解析を実現！イムノジェネテクス社シングルセルRNA-seq解析サービス

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メーカー名：イムノジェネテクス株式会社

　がん細胞や免疫細胞などの不均一な細胞集団の解析に重要であることから、シングルセル解析はいまや遺伝子解析技術の中でもスタンダードの一つになりつつあります。しかしながら、従来の手法では感度的に検出できない遺伝子がある、一度に処理可能な細胞数が限られるなどの制限があり、検体によっては正しい結果が得られないケースがありました。
　そこでイムノジェネテクス社では、日本ベクトン･ディッキンソン (BD) 社のRhapsodyシステムと東京理科大学発の高感度cDNA増幅法 (TAS-Seq法*¹) をベースとし、さらに高感度に検出が可能なTAS-seq2法*²を組み合わせたシングルセルRNA-seq解析サービスを実施しております。
既存のシングルセルRNA-seq解析では対応できない検体や、より正確な評価にぜひお役立てください。

*1：固相担体を用いた核酸増幅方法（PCT/JP2020/027123） *2：相補DNA鎖を増幅する方法（特願2023-036275）

TAS-seq2法
（Terminator-assisted solid-phase cDNA amplification and sequencing）

特長

既存のシングルセルRNA-seq解析に比べ、より多くの遺伝子を検出、正確な細胞組成データを取得可能 (図1、2)
一度に最大50,000細胞を処理が可能
細胞へのストレスが少なく、好中球、好塩基球等の解析に優れている
流路への詰まりによるサンプルロスの懸念が無く、臨床検体等の再取得困難なサンプルに最適
シングル核解析にも対応

データ例

図1. TAS-seq2のバリデーションデータ
TAS-seq2では、他社の手法に比べ1.5倍～2倍以上の遺伝子を検出した。

図2. マウス肺細胞におけるフローサイトメーターと各種シングルセル解析手法の比較
左図：フローサイトメーターの結果と比較すると、A社の手法ではマクロファージを過大に、線維芽細胞を過少に検出していたり (赤枠)、C社の手法では内皮細胞と単球を過大に、肺胞マクロファージを過少に検出したりする(緑枠) のに対し、TAS-seqの結果はよく相関していることが確認された。
右図：TAS-seqの結果は非常に再現性が良いことが確認された。

図3. TAS-Seq2を用いたマウス肝臓検体由来細胞核解析例
細胞調製時のロスにより解析が困難な肝細胞についても、肝臓を構成する各種細胞のクラスターの同定に成功した。

受託解析フロー

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図4. TAS-seq2のバリデーションデータ
図4. 受託解析フロー
お客様側で調製された細胞をイムノジェネテクス社まで送付、あるいは凍結細胞や凍結組織を送付しアッセイ用細胞の調製から実施することも可能です。

【解析実績サンプル例】
シングルセルRNA-seq解析
ヒト	末梢血好中球、 PBMC、肺手術検体、胃がん生検検体、乳がんT細胞、肺がん、大腸がん等
マウス	肺、肝臓、腎臓、皮膚、大腸、小腸、膵臓、脾臓、心臓白血球、舌、末梢血、好塩基球、腹腔浸潤細胞、腹膜、腫瘍、ミクログリア、脳間質細胞、胃粘膜上皮リンパ節、骨髄細胞、脂肪間質細胞等
培養細胞	ヒトiPS由来内皮細胞、ヒトiPS細胞、ヒト間葉系幹細胞、 iPS由来軟骨オルガノイド肺オルガノイド、がん細胞株等
その他生物種	プラナリア、カニクイザル軟骨、ハムスター肺、ラット腎臓・肺、アフリカツメガエル等
シングル核RNA-seq解析
マウス	肺、脳、鼻粘膜上皮、嗅球、肝細胞、腎臓細胞、副腎等

【受け入れ可能サンプル】
シングルセル RNA-seq 解析
・指定のプロトコルにて合成したcDNA
・凍結細胞（1×10⁶個生存率＞80%）
・凍結組織（指定の凍結保存用液プロトコルで保存）

シングル核 RNA-seq 解析
・凍結組織（10mg程度、液体窒素などを用いた急速凍結を推奨）
・指定のプロトコルにて固定した細胞

【注意事項】
・イムノジェネテクス社指定プロトコルにて逆転写済みのBD Rhapsody beadsを発送する場合は、冷蔵便にてご発送ください。
・凍結細胞・組織をご発送の場合は、凍結状態を維持するために十分量のドライアイスを同梱し冷凍便でお送りください。
・細胞や組織を凍結保存の際は、イムノジェネテクス社指定の保存液、凍結方法をご使用ください。
・フレッシュな細胞での調整をご希望の場合は、装置の貸出やイムノジェネテクス社担当者による出張解析も可能です。

実施内容

サンプル調製およびシーケンス	Rhapsodyによる細胞単離とcDNA合成 TAS-seqによる増幅、ライブラリ調製およびシーケンスその他　セルソート対応
データ解析	マッピング解析（オプション）Seurat解析、sub-clustering解析、発現変動解析（DEG）、Trajectoty解析等
納品物	ハードディスク（HDD）・作業報告書・シーケンス生データ一式・マッピング結果ファイル（遺伝子発現テーブル並びにRNA velocity解析用発現テーブル、解析レポートファイル等）レポート例マッピング解析レポート Seurat解析による細胞クラスタリング･マーカー遺伝子検出解析のレポート ※イムノジェネテクス社のWebページとなります。
納期	サンプル受領から2.5ヶ月程度
価格	お問い合わせ

【その他の解析項目】
・タンパク質とmRNAの同時解析
・シングル核RNA-seq解析
・シングルセルレパトア (TCR/BCR) 解析

アッセイやサービスに関するお問い合わせ、御見積のご依頼は以下までお問い合わせください。

本サービスを利用した論文(一部)

膵臓ラ氏島細胞の糖尿病モデル初期段階の異常細胞の同定
Motomura K et al. Single-cell transcriptome profiling of pancreatic islets from early diabetic mice identifies Anxa10 for Ca2+ allostasis toward β-cell failure. Diabetes. db230212, 2023.
好塩基球前駆細胞の同定と分化系譜
Kensuke Miyake, Junya Ito et al. Single cell transcriptomics clarifies the basophil differentiation trajectory and identifies pre-basophils upstream of mature basophils. Nature communications 14(1) 2694-2694 2023
マウス皮膚細胞におけるケラチノサイト-線維芽細胞相互作用と脂質代謝経路の関与
Yoshitaka Taketomi et al. Lipid-orchestrated paracrine circuit coordinates mast cell maturation and anaphylaxis through functional interaction with fibroblasts. Immunity 2024 doi: 10.1016/j.immuni.2024.06.012.