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研究用

アダプターダイマーを作成!ゲルフリーでライブラリー作製を行うことができます NEXTflex ® Small RNA Sequencing kit v3(Illumina 社対応)

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NEXTflex® Small RNA Sequencing kit v3 は、small RNA ライブラリーを調製するためのキットです。

従来品と同様にランダム化アダプターでライゲーションバイアスを低減したサンプル調製が可能です。また、アダプターダイマー形成を大幅に低減したことで、200ng 以上のトータルRNAの場合、PAGEによるゲル精製が不要となりました(ゲルフリープロトコール)。

また、従来の24 反応分のキットに代わり、8 反応分の小サイズキットをご用意しております。

NEXTflex® Small RNA Sequencing kit v3

  • 完全ゲルフリープロトコール
  • より正確なデータを得るために、ランダム化アダプターでライゲーションバイアスを低減
  • 高いdiscovery/detection 比率でシーケンシングコストを削減
  • 大きなシーケンス深度を実現する、AIR™ リガーゼを利用
  • 少量サンプルに対応(必要トータルRNA量 1ng-2µg)
  • サンプル容量(体積)10.5µLまで使用可能
  • 最大48サンプルのマルチプレックス化が可能なバーコードプライマーが付属
  • Illumina®シーケンシングプラットフォームで検証済
 

<特集ページはこちら>株式会社パーキンエルマージャパン NGS ライブラリ調製キット

背景

「Small RNA シーケンシング」手法の問題点、解決策を解説!

特長

バイアスを低減するランダム化アダプター

The NEXTflex® Small RNA-Seq Kit v3 は、特許出願中/特許取得済みの技術を利用し、ゲルフリーかつ低インプット量で Illumina社シーケンシングに対応するsmall RNA ライブラリーを調製することができます。ライゲーション部位にランダム塩基を持つランダム化アダプター(表1)を用いることで、標準的なプロトコールよりも大幅にライゲーションバイアスが低減され、用いた検体中のsmall RNA 存在量をより正確に示すことができます。さらに、少ない合計リード数でより多くのmiRNAを検出することができるため、small RNA シーケンシングの効率が高く、コストの削減が可能です。

NEXTflex® Small RNA-Seq kit v3 を用いることで、他社製品よりも高い割合のリードがmiRNAにマッピングされました(図1)。

表1. ランダム化アダプターの配列
NEXTflex®配列
3’ NEXTflex® アデニル化アダプター 5’ rApp /NNNNTGGAATTCTCGGGTGCCAAGG/3ddC/
5’ NEXTflex® アダプター 5' GUUCAGAGUUCUACAGUCCGACGAUCNNNN

Small RNA ライブラリーは、ヒト脳由来トータルRNAサンプルからデュプリケートで調製され、Illumina社MiSeqを用いてシーケンスした

図1. Small RNA ライブラリーは、ヒト脳由来トータルRNAサンプルから調製し、Illumina社MiSeqを用いてシーケンスした。各ライブラリーのリード数と≥20リードのmiRNA集団を示した。Next flexで作製したライブラリは、他社商品で作製したライブラリに比べ、より少ないリード数で20リード以上のmiRNA100種類を検出した。

ゲルフリープロトコール

本製品は、アダプターダイマー形成を大幅に抑制したことによって、従来法と異なり、ポリアクリルアミドゲル(PAGEゲル)精製無しでの small RNAライブラリー調製が可能となりました。≥200 ngのトータルRNAからsmall RNA ライブラリーを調製する際、完全なゲルフリープロトコールで実施することができます。

表2. インプット量のガイドライン
インプット量アダプターの希釈PCR サイクル ゲルフリーのサイズセレクション
2 μg - 200 ng None 12-18 +
200 ng - 50 ng 1/2-1/4 16-22 +/-
50 ng - 1 ng 1/4 22-25 -

少ないインプット量で、Illumina社対応のsmall RNAライブラリー調製が可能

本製品に組み込まれたアダプターダイマー抑制技術によって、少ないインプット量からのライブラリー調製が可能となります。ライブラリー調製はわずか1 ngのトータルRNAから可能です。図2は、異なるインプット量のサンプル間で、同様の発現量のデータを再現可能であることを示します。

製品を用いて、異なる量のヒト脳由来トータルRNAサンプル(10 ngと100ng)からサンプルの調製を行った際の miRNA発現量の相関性

図2. 本製品を用いて、異なる量のヒト脳由来トータルRNAサンプル(10 ngと100ng)からライブラリ作製し、解析した際の各ライブラリのmiRNA発現量の相関性。

RNA-Seq のマルチプレックス化を実現

NEXTflex® Small RNA-Seq Kit v3には、8種類または48種類のバーコードプライマーがあらかじめ含まれており、個別に購入する必要はありません。

他社製品との比較

  NEXTflex Small RNA-Seq Kit v3 I 社キットN 社キット
バイアスの低減 icon_checkmark_05.gif × ×
ゲルフリープロトコール ×
少ないインプット量
(1 ng total RNA)
× ×
全酵素が付属 ×
マルチプレックス化用バーコード 48 48 24
最大インプット量 (μL) 10.5 5 6
完全自動化対応 × ×
ひとつのキットで全サンプルをマルチプレックス化 × ×
Discovery/detection 比率

構成内容

  • NEXTflex® 3’ 4N アデニル化アダプター
  • NEXTflex® 3’ ライゲーションバッファー
  • NEXTflex® 3’ ライゲーション酵素ミックス
  • NEXTflex® Adapter Depletion Solution
  • NEXTflex® アダプター不活性化バッファー
  • NEXTflex® アダプター不活性化酵素
  • NEXTflex® 5’ 4N アダプター
  • NEXTflex® 5’ ライゲーションバッファー
  • NEXTflex® 5’ ライゲーション酵素ミックス
  • M-MuLV 逆転写酵素
  • NEXTflex® RT バッファー
  • NEXTflex® ユニバーサルプライマー
  • NEXTflex® バーコードプライマー 1-8*
  • NEXTflex® Small RNA PCR マスターミックス
  • 6X ローディング色素
  • Ready to Load Low MW ラダー
  • Resuspension バッファー
  • Nuclease-free 精製水
  • microRNA コントロール
  • NEXTflex® クリーンアップビーズ
  • NEXTflex® 溶出バッファー

*バーコード 1, 2, 4, 5, 9, 10, 12, 19

ライブラリ作製チャート

NEXTflex™ Small RNA Sequencing kit v3

NEXTflex® Small RNA Sequencing kit v3

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
NEXTflex(R) Small RNA Sequencing Kit v3 PEJ NOVA-5132-05 8 RXN
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NEXTflex(R) Small RNA Sequencing Kit v3 PEJ NOVA-5132-06 48 RXN
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商品は「研究用試薬」です。人や動物の医療用・臨床診断用・食品用としては使用しないように、十分ご注意ください。

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