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STOmics Stereo-seq™は、ナノメートルレベルの高い空間分解能でシングルセルレベル以下の詳細な分子情報を捕捉し、センチメートルレベルの広い視野で解析ができる空間オミクス解析技術です。イムノジェネテクス社はSTOmics TechよりCertified Service Providerを認証取得しており、Stereo-seq解析受託サービスを提供しています。
特長
- シングルセルより細かい約500 nmの検出分解能かつ、最大13 cm × 13 cmの広視野
- 高精度なシングルセルセグメンテーションに基づく空間的遺伝子発現解析を実現
- 組織内の全トランスクリプトームをバイアスなく捕捉可能
- CITE-seqと互換性があり、遺伝子発現とタンパク質発現の同時解析をシングルセルレベルで実現
- FFPE(ホルマリン固定パラフィン包埋)サンプルからの解析も可能
測定原理と実験ワークフロー
① DNBパターンチップ
各DNB(DNAナノボール)は特定の座標バーコード(CID)を持ち、粒子のサイズは約220nmで、中心から中心までの距離は約500nm。
② CIDシーケンシング
チップ上の全てのDNBスポットのCIDバーコードをシーケンシングにより読み取り。
③ Stereo-seqチップ
ユニーク分子識別子(UMI)とPolyTプローブ(FFPEの場合はrandom primer逆転写産物の補足プローブ)がDNBにハイブリダイズ。
④ in situ RNAキャプチャ
目的の組織を載せmRNAをPolyTプローブで捕捉し、逆転写反応によりmRNAをcDNAに変換。
⑤ ライブラリ構築とシーケンス
cDNAライブラリは、凍結組織の場合は断片化後、環状一本鎖DNAに変換され、ローリングサイクル増幅(RCA)を通じてDNBとして増幅、NGSによりcDNA配列とCID配列を同時に決定。
⑥ 空間トランスクリプトーム解析
CIDと転写産物をリファレンスにマッピングし、個々の転写産物に由来する空間位置情報を取得。最終的に個々のCID単位の網羅的遺伝子発現データ取得可能。
サービス内容
| 対象生物種 | 真核生物全般 |
|---|---|
| 対象サンプル | FFPE検体、新鮮凍結、固定凍結 |
| 実施内容 | （ご希望に応じて）切片作製、切片品質確認、染色画像取得、透過条件検討、ライブラリ調製、シーケンス、Stereo-seq Analysis Workflow (SAW)解析 |
| 価格 | お問い合わせ |
| 納期 | 約2.5か月 |
| 納品物 | シーケンスの生データおよび解析データ一式 |
受託サービスに関するご相談
商品は「研究用試薬」です。人や動物の医療用・臨床診断用・食品用としては使用しないように、十分ご注意ください。
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