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低コストで創薬候補化合物の探索を効率化 MedChemExpress社のバーチャルスクリーニングサービス

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メーカー名：MedChemexpress Co., limited

バーチャルスクリーニングは、標的タンパク質もしくはリガンド分子の構造・性質のデータに基づくドッキングシミュレーションや分子の類似性等から、標的タンパク質に有効な化合物を予測する in silico 技術です。実験的なハイスループットスクリーニングに比べて、迅速かつ低コストで革新的なヒット化合物を見つける可能性を高め、創薬研究の初期段階に有用なツールです。 MedChemExpress社では、1,600万以上の化合物データベース^*を保有しており、標的タンパク質の構造・性質に基づくスクリーニングのSBVS（Structure-Based Virtual Screening）と既知のリガンドの構造・性質に基づくスクリーニングのLBVS（Ligand-Based Virtual Screening）をご提供しております。

MedChemExpress社の製造能力を活用し、化合物供給までワンストップで対応いたします。

^*データベース中の化合物は購入可能ですが、日本国内法規制に該当する化合物も含まれております。実際に化合物をお買い求めいただく際は、ご注意ください。

特長

構造ベース(SBVS)およびリガンドベース(LBVS)のバーチャルスクリーニングを選択可
1,600万以上の購入可能な化合物データベース
バイオアッセイにかかるコストや時間を削減（下記）
3Dファーマコフォアモデルの構築
水分子の配置や溶媒環境が結合に与える影響を考慮

VSのヒット率

実際にスクリーニングアッセイする際の化合物の数を絞り込み、ヒット化合物発見の確率を上げることが可能です。

AI の機械学習と組み合わせることで、さらに高い成功率が期待できるケースもございます。

VS (Schrödinger Glide) ：1 〜 20 % (Schrödinger 社公表値)
AI とGlide 併用：5 〜 20 %
従来のスクリーニング：0.01 〜 1 %

※実際にアッセイする化合物数とヒット化合物数の比を数値化しています。

サービスフロー

本サービスでは、お客様が探索されたいバーチャルライブラリー（データセット）と標的タンパク質/リガンド、結合ポケット等の情報をご指定いただくことで、バーチャルスクリーニングを実施いたします。
バーチャルスクリーニング実施後、上位約200化合物のリスト、2D/3D結合パターンマップを含むレポートをご提供いたします。

サンプルレポートをご用意しておりますので、ご希望の場合は jutaku_gr@cosmobio.co.jp までお問い合わせください。

事前調査

1. 使用するバーチャルライブラリー（データセット）の選定

バーチャルライブラリーを以下 Compound Databases からお選びください。ご指定の品番がない場合、お客様の研究目的等をヒアリングさせていただき、データセットのご提案を行うことも可能です。カスタムでの対応も可能ですので、お問い合わせください。

Compound Databases ▼

Cat. No.	Name	Size	Description
HY-L001V	MCE Bioactive Compound Library	28,899	A unique collection of 28,899 bioactive and structurally diverse compounds. Bioactivity and safety confirmed by preclinical research and clinical trials. Some have been approved by FDA.
HY-L032V	MCE Fragment Library	23,342	Latest release of Ro3 Fragment Library comprising over 23,342 high-quality molecules. A useful tool for the fragment-based approach to drug discovery (FBDD).
HY-L0113V	1M Drug Fragment-Based Diversity Library	1,000,000	A diversity compound library contains 1,000,000 compounds with at least one drug fragment. Drug fragments are derived from 2946 FDA-approved drugs by BRICS and Recap algorithm. It is suitable for AI drug screening, virtual screening, discovery of lead compounds.
HY-L0120V	Asinex BioDesign Library	170,269	Asinex use “BioDesign” approach to design this collection. “BioDesign” approach incorporates key structural features of known pharmacologically relevant natural products (e.g. alkaloids and other secondary metabolites) into synthetically feasible medicinal chemistry scaffolds.
HY-L0122V	Asinex CNS Macrocycles Library	1,122	Asinex CNS Macrocycles library comprises 1,122 highly CNS-like molecules, with CNS-MPO > 4, CNS-MPO.v2 > 4, and CNS-TEMPO < 4.
HY-L0118V	Asinex Covalent Inhibitors Library	942	A unique set of molecules containing mild electrophilic moieties that covalently interact with amino acid residues in the target protein.
HY-L0117V	Asinex Macrocycles for Glycomimetics Library	1,412	Macrocyclic glycomimetics are an extremely interesting class of glycomimetics as they occupy space between small and macro molecules. Macrocyclic glycomimetics are mostly represented by naturally occurring molecules derived from marine microorganisms and bacterial or fungal metabolites.
HY-L0116V	Asinex Macrocycles for RNA Library	1,065	The library consists of very diverse, drug-like molecules which incorporate certain known RNA-recognition elements distributed within macrocyclic rings or peripheral fragments.
HY-L0115V	Asinex Macrocycles Library	10,091	Asinex has elaborated a library of diverse macrocycles using an effective tool box of synthetic methods. The resulting scaffolds are novel and tremendously diverse, medchem-relevant, macrocyclic frameworks.
HY-L0119V	Asinex PPI Pre-Plated Library	3,253	The PPI Library comprises molecules of various sizes, frameworks, and shapes ranging from fragment-like entities to macrocyclic derivatives designed as secondary structure mimetics or as epitope mimetics.
HY-L0124V	Chemspace CNS-Focused Library	13,082	Chemspace CNS library contains 13,082 diverse screening compounds that have the potential to pass through the central nervous system.
HY-L0091V	Chemspace Lead-Like Compound Library	1,367,511	Chemspace Lead-Like Compound Library contains 1,367,511 in-Stock lead-like compounds with favorable physicochemical profiles and high Quantitative Estimation of Drug-likeness.
HY-L0093V	Chemspace Scaffold derived set	10,119	Composed of 10,119 compounds, which including 3,373 scaffolds, 3 compounds per each.
HY-L0094V	Chinese National Compound Library	1,398,968	1.4 million compounds possessing diversified structures.
HY-L0101V	FCH Group Screening Library	2,244,487	FCH Group Screening Library contains about 2,244,487 lead-like compounds for biological screening.
HY-L0105V	InterBioScreen Synthetic Compounds Library	485,000	InterBioScreen Synthetic Compounds Library contains about 485,000 immediately available compounds.
HY-L0088V	Life Chemicals 50K Diversity Library	50,240	Life Chemicals 50K Diversity Library contains 50,240 diverse screening compounds.
HY-L0123V	Life Chemicals CNS Focused Screening Library	30,300	Life Chemicals CNS Library contains 30,300 diverse screening compounds that have the potential to pass through the central nervous system.
HY-L0087V	Life Chemicals HTS Compound Collection	503,810	Life Chemicals HTS library is a unique collection contains 503,810 diverse screening compounds for the lead identification via high-throughput screening (HTS) and high content screening (HCS).
HY-L0107V	Life Chemicals Natural Product-like Compound Library	13,236	This library contains 13,236 in-stock natural product-like compounds. Designed by 2D fingerprint similarity filtering, chemical descriptor-based and natural-likeness scoring selection.
HY-L0121V	MCE 10K Natural Product-like Compound Library	10,000	This Library consists of 10,000 natural product-like compounds. Each compound has scaffold of natural products or Tanimoto coefficient >0.6 with natural products. The natural-likeness scoring of these compounds is >-2. What’s more, compounds in the library are drug-like and readily available for re-supply, making it a powerful tool for new drug research and development.
HY-L0129V	MCE Virtual Screening Compound Library1	2,000,000	A collection of over 2 million screening compounds suitable for virtual screening and AI-driven screening applications.
HY-L0130V	MCE Virtual Screening Compound Library2	10,000,000	A collection of over 10 million screening compounds from 18+ manufacturers. The data has been cleaned, suitable for virtual screening and AI screening.
HY-L910V	MegaUni 50K Virtual Diversity Library	50,000	A novel collection of synthetically accessible, lead-like compounds of exceptional structural diversity. Easy to synthesize via standard 1-2 step procedures.
HY-L0095V	OTAVAchemicals Screening Collection	270,000	OTAVAchemicals Screening Collection contains about 270,000 re-supply compounds for prompt delivery.
HY-L0114V	Pharmeks Screening Compound Library	439,804	This library contains about 439,804 natural and synthetic screening compounds.
HY-L0106V	Protein-Protein Interaction Modulators Library	2,906	Designed for discovery of PPI modulators.
HY-L0086V	Specs HTS Compounds Library	200,382	Specs HTS library is a unique collection contains 200,382 diverse screening compounds for the lead identification via high-throughput screening (HTS) and high content screening (HCS).
HY-L0104V	UORSY New Generation Screening Library	1,900,000	UORSY New Generation Screening Library contains about 1,900,000 compounds. The library is a revolutionary collection of lead-like molecules with outstanding structural quality and diversity-New Generation Screening Library (NGSL).
HY-L0103V	UORSY Screening Library	680,000	UORSY Screening Library contains about 680,000 compounds. The library has extensively developed a polymerization synthesis method that provides a highly diverse chemical structure.
HY-L0096V	Vitas-M Screening Compounds Library	1,400,000	Stock of synthetic small molecule organic compounds for biological screening and lead optimization. It is the best source to make "cherry pick" selection as per your criteria.

※各ライブラリに含まれる化合物数は随時変動します。上記の数値は参考値です。最新のデータはhttps://www.medchemexpress.com/virtual-screening.htmlでご確認ください。

オプションサービス

結合自由エネルギー予測
Ligand strain 予測
Compound cluster 分析

2. 標的タンパク質についての選定

標的タンパク質は、タンパク質名、生物種をご指定ください。そのほか、UniprotKB ID、アミノ酸残基数に関する情報がある場合は、併せてお知らせください。

3. バーチャルスクリーニングの実施可否を判定

X線構造解析等のデータを基に評価の対象となる結合ポケットを決定いたします。構造データ等がない場合は、AlphaFold※による標的分子の構造予測を基に計算いたします。

※AlphaFold：DeepMind 社が開発したタンパク質立体構造予測システムです。アミノ酸配列情報から高精度に三次元構造を予測できます。AIの機械学習を用いて、従来の手法より迅速かつ効率的に構造情報を得ることが可能です。MedChemExpress 社ではVS に際し、無償で構造予測を実施いたします。

バーチャルスクリーニングの実施

初めに、実験的手法またはホモロジーモデリングなどの計算手法により、標的タンパク質の3次元構造情報を解析します。次に、標的タンパク質の結合部位に低分子化合物をドッキングさせ、得られた複合体の結合親和性や結合部位との相補性を評価します。その際、化合物の形状、結合の自由度、分子間相互作用、水分子の影響などを考慮し、段階的なドッキングスコアを算出して、順位付けを行います。

バーチャルスクリーニングの実施後、上位約200化合物のリスト、2D/3D結合パターンマップを含む総合レポートをご提供いたします。

見積依頼

Compound Databases からご希望の化合物ライブラリー（データセット）を選択し、jutaku_gr@cosmobio.co.jp までお問い合わせください。

FAQ ▼

FAQ

【01】使用できるデータセットはバーチャルライブラリー（品番末尾V）のみでしょうか？

すでに発行済みの品番（末尾V）のほか、化合物ライブラリーの内容をデータセットに変換してカスタム品番（末尾V）としてバーチャルスクリーニングを実施することもできます。

【02】Schrödinger 社はどのような会社でしょうか？

バーチャルスクリーニングのシステムと利用環境を提供している会社です。MedChemExpress社のバーチャルスクリーニングでは、同社が提供するターゲット分子とリガンド分子のドッキングシミュレーションであるGlideを用いています。

【03】標的タンパク質の立体構造情報がない（X線構造解析等データなし）場合でも依頼は可能でしょうか？

ご検討中のタンパク質ID（UniprotKB IDなど）をご提供ください。事前調査の一部としてIDの情報をもとにアミノ酸配列（一次配列）から立体構造予測（AlphaFold使用）を実施し、バーチャルスクリーニング実施の可否をご案内いたします。

【04】MedChemExpress社におけるバーチャルスクリーニングサービスの実績はありますか？

1,000件以上御座います。詳細は文献情報をご確認ください。

【05】バーチャルスクリーニングの結果、有望な化合物が見つからないリスクはどれくらいですか？

バーチャルスクリーニングでは、ヒットの有無を判定するのではなく、ターゲット分子とリガンド分子の親和性を計算化学的手法によって算出されたスコアで表現するため、結果を実際のアッセイに繋げることができます。

【06】バーチャルスクリーニングデータセットから法規制（毒物など）に該当する化合物は除外されていますか？

除外されていません。法的に取扱えない化合物は実際にアッセイを実施する際に除外していただくことができます。

【07】ある化合物の結果が良かった場合はその類縁体も好成績になりますか？

その可能性は高いです。リガンドの構造類似性は考慮せずに計算するため、近いスコアが出る可能性は上がります。ただし、ランキング上位の化合物ではそれぞれのスコアが近接することが多いため、少しの違いでも順位には差がつくかもしれません。どの類縁体について結合ポーズなどの詳細なデータの提供に関しては、結果報告後のミーティングにおいて選択していただけます。