【商品詳細】
V1.5では新しいoligo(dT)ビーズを使用しており、それに伴ってハイブリダイゼーションバッファーとビーズ洗浄バッファーの組成が変更されています。また、poly(A)RNAの収率を最大化するためにプロトコールが最適化されており、V1.0では10 µLだった磁気ビーズの容量を2 uLまで減らし、最大5 µgまでのtotal RNAのインプット量に使用することが可能になりました。
高感度にpoly(A)を濃縮できるため、poly(A)濃縮は繰り返す必要はなく、一度で十分濃縮することが可能です。poly(A)濃縮を繰り返した場合、非特異的結合rRNAをさらに除去することが可能です。
あいにく、V1.5に含まれているoligo(dT)の長さは非開示となっております。以前のバージョンであるV1.0では、30nt のoligo(dT)が使用されていました。
ビーズの量をRNAのインプット量に比例して増やすことでスケールアップが可能ですが、お客様のご希望のインプット量に合わせたご提案については、お問合せください。
poly(A)RNAの回収量はtotal RNAが由来する組織や細胞種によりますが、一般的に、poly(A)RNAはtotal RNAのうち1~3％を占めています。
Poly(A)RNA Selection Kitでは、mRNAのようにpoly(A)尾部を持つRNAだけでなく、ミトコンドリアrRNAも濃縮します。ミトコンドリアrRNAは濃縮したpoly(A)RNAのうち最大4％（total RNAのうち0.08%）を占める可能性があるため、RNA-Seqでは2~4%のシークエンスリードがrRNAに相当している可能性があります。
Agilent社のバイオアナライザーやその他の電気泳動プラットフォームでは、18Sと28SのrRNAを検出しようとする傾向があるため、いくつかの転写産物がrRNAとして誤って検出されてしまうことがあります。 下記図１ではバイオアナライザーソフトウェアが、poly(A)濃縮サンプルのトレースから2つのピークを18Sおよび28Sとして分類していますが、total RNAを希釈して図１に重ねてトレースした図２では、18Sと28Sに分類されたピークがrRNAのピークでないことが明らかになっています。poly(A)濃縮サンプルには18Sと28SのrRNAは残留しておりません。
図１：5 µgのUniversal Human Reference RNA（UHRR）からPoly(A) RNA Selection Kitで濃縮したRNAのバイオアナライザートレース。バイオアナライザーソフトウェアが18Sと28SのrRNAを誤って検出している。
図2：Poly(A) RNA Selection Kitを使用する前後のサンプルのバイオアナライザートレース。赤色：希釈したUniversal Human Reference RNA（UHRR） (RIN値：8.5)。青色：Poly(A) RNA Selection Kitで濃縮されたRNA。total RNAのトレースは、Poly(A) RNA Selection Kitで濃縮したサンプルにおけるrRNAのピークが、18Sと28SのrRNAでないことを示している。
