商品情報

記事ID : 10939
研究用

実績多数で信頼の受託サービスをリーズナブルな価格でご提供します!!二次元電気泳動/比較解析受託サービス

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概要

プロテオーム解析には二次元電気泳動と、質量分析という二つの重要な技術があります。二次元電気泳動法は等電点電気泳動と SDS 電気泳動のニつを組み合わせることにより、細胞内の全タンパク質を数千以上にもおよぶスポットに分離することができます。それぞれのスポット中のタンパク質をトリプシンで分解し、質量分析で解析することでペプチドの質量や部分配列情報が得られます。これらの情報をデータベース検索することでタンパク質の同定や様々な翻訳後修飾の分析が可能です。
Genomine 社は国内外で多数の解析実績を有しており、二次元電気泳動による試料間の比較解析から質量分析計によるタンパク質の同定までプロテオミクス研究を推進する解析一式をご提供致します。

二次元電気泳動解析概要

GNN_20130805_3.jpg

 

Genomine 社の二次元電気泳動サンプルイメージ
Bacteria
Genomine 社の二次元電気泳動サンプルイメージ-Bacteria
Plant
Genomine 社の二次元電気泳動サンプルイメージ-Plant
Mammalia
Genomine 社の二次元電気泳動サンプルイメージ-Mammalia
Fungi
Genomine 社の二次元電気泳動サンプルイメージ-Fungi
Others
Genomine 社の二次元電気泳動サンプルイメージ-Others

 

二次元電気泳動解析

泳動条件及び分析機器

● 一次元目: 等電点電気泳動の実施。Genomine 社が独自に開発した等電点電気泳動用の IPG (Immobilized pH gradient) プレキャストゲルを使用します。ゲル長は 24 cm、pH レンジはブロードレンジ pH 4-10NL* となります。その他の pH range (pH4.5-6.5NL/pH4-7NL/pH6-8NL/pH6-9NL) も対応可能ですのでご希望がある場合はご連絡下さい。
*NL: non-linear pH gradient(分離をよくするため中央付近の pH 勾配をゆるやかにしています。)

● ニ次元目:10-15% グラジェントゲル (24cm x 20cm x 1mm) を用いた SDS-PAGE

● ゲル染色方法: 染色方法は下記の 3 種類からお選び頂けます。
MALDI-compatible ammoniacal 銀染色 (検出限界 0.2 ng/spot)
Colloidal Coomassie G-250 染色 (検出限界は 1 ng/spot)
SYPRO RUBYによるタンパク質染色(検出限界は 1 ng/spot)

 SYPRO Ruby 染色のデータ

● イメージ取込装置:Dyversity (SYNGENE)

● 定量分析ソフト:PDQuest software (version 7.0, BioRad)

 

検出結果の提供

● ソフトウェア (PDQuest v7.02 (BioRAD)) による自動 spot match を行い、タンパク質の発現量に変化が見られるスポットに関しては、その部分にフォーカスした画像データをご提供いたします。

● マスターゲルにある全てのスポットには固有番号が付与され、解析を通して同じスポット番号として管理されます。

● 二次元電気泳動の実施プロトコルのほか、ゲルのイメージファイルに pI 値と分子量を記載したデータをご提供いたします。データに関しては、論文データとしてそのまま利用できるイメージファイルをお送りいたします。

納品データ例(1)
納品データ例(1)

 

その他

● 一次元目の pH 勾配に関してはカスタムメイドも可能ですので、ご希望の際はお問い合わせ下さい。

● 分子量マーカーをコントロールのゲルに一緒に流すことも可能ですので、必要な場合はご相談下さい。

 

二次元電気泳動解析&スポット定量

サービスの概要と納品物

通常の二次元電気泳動解析に加え、2 種類のサンプル間でタンパク質発現量の変化が 2 倍以上あったスポットに関して Intensity 値を提供致します。また、サンプル間の正確な発現の差を Intensity 値を用いて計算し、サンプル間の変化率も提供致します。

納品データ例(2)
納品データ例(2)

二次元電気泳動解析&スポット定量&発現パターン分析

サービスの概要と納品物

二次元電気泳動解析及びスポット定量に加え、Intensity 値を利用して各サンプル間の類似性 (distance, clustering)、発現変化パターンの classification などを整理して解釈しにくい複雑な実験を理解しやすく報告致します。
※発現パターン分析は3サンプル以上のタンパク質発現を整理する場合に有効な分析です。

納品データ例(3)
納品データ例(3)

 

よくあるご質問

サンプル調製等に関して

二次元電気泳動イメージ解析に関して

スポットピッキングに関して

 

オプションサービス

SDS-PAGE (1D)

解析内容
・ご送付頂いたサンプルを 10-15% グラジェントゲル (24cm x 20cm x 1mm) を用いた SDS-PAGE により分離するサービスです。
・8 サンプルまで同一料金です。
・事前にタンパク質の濃縮等、別工程が必要となった場合は1サンプル毎に44,900円となります。
・お送りいただいたサンプルをそのまま流した際にバンドが不明瞭だったり、全く見えなかった場合にも正規費用の請求となります。

スタンダードマーカーの追加
・二次元電気泳動サービスや SDS-PAGE の際にスタンダードマーカーを追加するオプションです。
・マーカーにはElpisBiotech., Inc. の Mid-range Pre-stained Marker (dual color)、分子量範囲15-100 kDa を使用します。

スポットピッキング
・二次元電気泳動サービスやSDS-PAGEを行ったあと、スポットを回収してお客様にお送りするオプションです。
・送料が別途必要となります。

メンブレンブロッティング
・ニトロセルロース膜 または PVDF膜上にタンパク質を電気的に転写するサービスです。
・一次元目のゲルは 8 cm, 12 cm, 24 cm IPG strip からご選択頂けます。
・メンブレンを返送する場合は送料が別途必要となります。

<タンパク質抽出液>価格

二次元電気泳動解析
(税抜き)
分析項目 参考価格*1
(1 検体)
標準納期*2
(営業日)
二次元電気泳動解析 (銀染色あるいは CBB 染色) ¥59,300 7-10 日
二次元電気泳動解析 (銀染色あるいは CBB 染色) &スポット定量 ¥71,600
二次元電気泳動解析 (銀染色あるいは CBB 染色) &スポット定量&発現パターン分析 ¥89,800
二次元電気泳動解析 (SYPRO Ruby 染色) ¥85,000 10-14 日
二次元電気泳動解析 (SYPRO Ruby 染色) &スポット定量 ¥100,000
二次元電気泳動解析 (SYPRO Ruby 染色) &スポット定量&発現パターン分析 ¥120,000
*1. ボリュームディスカウント実施中!! 5〜10検体:10%OFF / 11〜20検体:20%OFF / 21検体以上:30%OFF
1 検体までのご依頼の場合は、検体の委託先への送付料金として 15,000 円(税別)を別途申し受けます。
*2. 繁忙期には記載の納期よりお時間を頂く場合がございますので、お急ぎのお客様はご発注前にお問い合わせ下さい。
オプションサービス
(税抜き)
分析項目 参考価格 標準納期*1
(営業日)
SDS-PAGE (1D)*2 ¥44,900/gel 7-10 日
スタンダードマーカーの追加 ¥2,000/lane -
スポットピッキング ¥2,000/スポット -
メンブレンブロッティング(二次元電気泳動) 8 cm IPG strip ¥114,000/gel 8-12 日
12 cm IPG strip ¥116,500/gel
24 cm IPG strip ¥119,920/ge

*1. 繁忙期には記載の納期よりお時間を頂く場合がございますので、お急ぎのお客様はご発注前にお問い合わせ下さい。

 

 

お見積り・ご注文方法

下記のリンクから見積のご依頼をお願い致します。

 

サンプル調製方法

1. 4X SDS sample bufferの調製
    ※4X SDS sample buffer(modified) 組成 (2-mercaptoethanol 不含)
        250mM Tris-HCl(pH6.8)
        8% SDS
        0.08% Bromophenol Blue

    ※2-mercaptoethanol, DTT 等の還元剤、urea は必ず不含の状態でお送りください。

2. サンプル可溶化
サンプルの可溶化は以下の方法を推奨しております。サンプル量は解析の可否に大きくかかわりますので、必要量を必ず守っていただきますようにお願いいたします。また、下記のすべての試料は常温で可溶化してから 90℃ で 5 分間加熱処理後、配送まで -20℃ 以下で保管してください。

<動物組織>
サンプル量: 20 mg 以上
可溶化法: 300 µL 1X SDS sample buffer に入れて、 20 分以上ローテーター等で撹拌しながら可溶化します。

<植物組織>
サンプル量: 0.2 g 以上
可溶化法: 液体窒素による破砕を行った植物組織粉末 0.2 g を、200 μl 1X SDS sample buffer に入れ、20 分以上ローテーター等で撹拌しながら可溶化します。

<培養細胞>
サンプル量(細胞数):2 X 106 以上
可溶化法: 細胞を遠心分離した後、上層液 (培地成分) は捨て、ペレットを PBS で 2-3 回 洗浄し、洗浄液を取り除いたのちに 300 µL 1X SDS sample buffer で 20 分以上ローテーター等で撹拌しながら可溶化します。

<唾液>
口を水でよく洗ってから、たまった唾液を3回程度捨て、唾液 1 mL をチューブに入れて 4x SDS sample bufferを最終濃度 1Xになるように添加して下さい。
唾液サンプルは、血液試料よりも個人差がとても大きく、同一人物の場合でも時間や日にちによって極めて異なる様相となる場合がございます。そのため、疾患マーカーを探索される場合は、正常コントロール群と患者群はそれぞれ最少4人以上をお勧めします。

3. タンパク質抽出液の調製(動物組織、植物組織、cell などを PBS、TBS など他の buffer solution によって抽出した場合)
サンプル量: 1 mg 程度 (Bradford 法等で定量して下さい。)
調製法:4X SDS sample bufferを 終濃度が 1x SDS sample buffer になるようにタンパク質抽出液に加え、Vortex で20分間撹拌して調製してください。 トータル液量は 1 mL、タンパク質濃度は 1 mg/mL が理想です。調製後、90℃ で 5 分間加熱を行ってください。 配送まで -20℃ 以下で保管してください。
※200 ug で 24 cm large gel を用いた二次元電気泳動を 1 回実施できますが、以後の質量分析を考慮して 1 mg 程度の量をお送り下さい。

4.血清、血漿、尿サンプルの調製
サンプル量: 尿 100 µL(silver) ~ 1 mL (CBB)。血清・血漿は 100~150 µL程度。
調製法:4X SDS sample bufferを 終濃度が 1X SDS sample buffer になるようにサンプルに加え、Vortex で20分間撹拌して調製してください。調製後、90℃ で 5 分間加熱を行ってください。 配送まで -20℃ 以下で保管してください。

*ヒト由来サンプルは提供者のインフォームド・コンセントが得られていることが前提となります。提供者の個人情報が特定できないようにサンプル名を匿名化して下さい。

 

サンプルのご送付

処理済みサンプルを1.5mlチューブ (スクリューキャップ) に入れ、常温で下記までご送付下さい。

サンプル送付先:
〒136-0075
東京都江東区新砂1丁目12-39
日本通運(株) 新砂3号倉庫 B棟3階
TEL:03-5632-9610
コスモ・バイオ株式会社 新砂物流センター 製品情報部宛

<サービスに関する諸注意>

  1. 特にご指定のない場合は、pH4-10NL の一次元ゲルと 24 cm のニ次元ゲルを用いて解析を行いますが、その他の pH range のゲルも対応可能ですので、ご希望がある場合はご連絡下さい。
  2. 染色はMALDI-compatible alkaline silver stainingを基本的に行いますので coomassie staining をご希望の方はサービス依頼の際にお問い合わせ下さい (genomic sequencing ができていない種につきましては後の MS 分析のために必ずcoomassie stainingを行います)。
  3. 二次元電気泳動解析を通して得られた結果を基に更に MS 解析を行う場合は、興味のあるスポットの番号を提示してタンパク質同定のサービスをお申し込み下さい。料金はサンプルのoriginとどのような同定方法を使うかによって異なりますので、こちらをご参照下さい
  4. 結果によらず、分析を実施したところまでの作業費用が発生いたします。
  5. 塩濃度の高いサンプルは泳動パターンが乱れる可能性がございますので、サンプル調製の際にはご注意下さい。
  6. 感染性のあるサンプルはお取り扱いできません。

分析サービスの方針

  • ● 情報の守秘
  • GENOMINE 社はサンプルを提出された組織 (機関、会社) との間に秘密保持契約がなくても、提供されたサンプルの情報についての守秘義務を有します。 書面での締結が必要な場合はお問い合わせ下さい。

  • ● サンプルの廃棄
  • GENOMINE 社は受託依頼者から依頼されたサンプルについての分析を終了した後、残存するサンプルがある場合には、6 ヶ月間また Gel の場合は 1 年間の保管の後に廃棄することを原則とします。

 

関連サービス

質量分析受託サービス

リン酸化タンパク質・糖タンパク質解析サービス

お問い合わせ先 : 製品情報部

ご質問・ご不明の点は製品情報部までお問い合せください。また、秘密保持契約のご希望につきましても、下記までご連絡をお願いいたします。

TEL
03-5632-9615
FAX
03-5632-9614
E-mail
jutaku_gr@cosmobio.co.jp

商品は「研究用試薬」です。人や動物の医療用・臨床診断用・食品用としては使用しないように、十分ご注意ください。

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