商品情報

EpiCypher社CUTANA® pAG-MNaseは、大腸菌で発現させたProteinA、ProteinGとミクロコッカスヌクレアーゼの融合タンパク質です。Chromatin Immunocleavage (ChIC)(1)やCleavage Under Targets and Release Using Nuclease (CUT&RUN)(2, 3)に使用できます。

背景

Cleavage Under Target & Release Using Nuclease (CUT&RUN)はSteven Henikoff氏らのグループによって開発されたゲノムマッピング法です(3)。CUT&RUNはChromatin ImmunoCleavage(ChIC)に基づいて構築され、プロテインAとMicrococcal Nuclease(pA-MNase)の融合体により、in situで抗体結合クロマチンを選択してDNA切断します。CUT&RUNでは、細胞や核は固体支持体に固定され、pA-MNaseは溶液から分離されたDNA断片を切断します。CUT&RUNのワークフローは、次世代シークエンス解析(NGS)に適しており、ヒストンの翻訳後修飾(Post-Translational Modification, PTM)やクロマチン関連タンパク質のゲノムワイドなプロファイルを生成します。

CUTANA® EpiCypher CUT&RUNプロトコール概要
図1:CUTANA® EpiCypher CUT&RUNプロトコール概要

特長

  • 抗体結合クロマチンのDNAを選択的に切断
    Micrococcal NucleaseにプロテインA、プロテインGが融合しているので抗体に結合します。

商品データ

CUTANA® pAG-MNase 1μgをSDS-PAGEで泳動し、クマシーブルーで染色した

図2:CUTANA® pAG-MNase 1μgをSDS-PAGEで泳動し、クマシーブルーで染色した。

Size Distribution of Released

図3:Size Distribution of Released
K-562細胞 0.5x 106にCUTANA® pAG-MNaseを使用し、クロマチンCUT&RUNを行った。NEBNextUltra II DNA prep Kitを用いて、精製DNAからシークエンス解析用のライブラリを構築した。Agilent社BioanalyzerでHistone H3K4me3由来のライブラリ(blue track; ThermoFisher Scientific社品番PA5-27029, Lot SG2419844A、Tri-Methyl-Histone H3 (Lys4)抗体)と、Histone H3K27me3由来のライブラリ (orange track; Cell Signaling Technology 社品番9733, Lot 14、Tri-Methyl-Histone H3 (Lys27)抗体)を解析した。切除されたDNAはモノヌクレオソームが豊富である(300bpのピークは150bpのインサートサイズを反映している)。

CUT&RUN Data

図4:CUT&RUN Data
CUTUNA® pAG-MNaseを用いて得られたシークエンストラック。(A)CUT&RUNはK-562細胞0.5 x106個にHistone H3K4me3抗体(ThermoFisher Scientific社品番PA5-27029, Lot SG2419844A)を用いて行った。比較のために、2.0x 107細胞を用いているENCODEからリファレンスChIP-seqトラック(GEO Accession GSM2534288, Run SRR5339104 at locus chr1:26,732,009-26,900,000)を用いた。(B)CUT&RUNはK-562細胞0.5 x106個にHistone H3K27me3抗体(Cell Signaling Technology 社品番9733, Lot 14)を用いて行った。比較のために、ENCODEからリファレンスChIP-seqトラック(GEO Accession GSM733658, combined Runs SRR227389 + SRR227390 at locus chr20:35,914,690-36,600,000)を用いた。
A、B、いずれの場合でもCUTANA® pAG-MNaseは10倍以上のシークエンス深度と40分の1の細胞数で、優れた感度とS/N比を示した。

参考文献
  1. Schmid M et al., Mol Cell. 2004; 16:147-157
  2. Skene PJ, Henikoff S. eLife 2017; 6:e21856
  3. Skene PJ et al., Nat Protoc. 2018; 13:1006-1019

CUTANA® pAG-MNase

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
CUTANA(R) pAG-MNase詳細データ ECY 15-1016 50 RXN
¥77,000
CUTANA(R) pAG-MNase詳細データ ECY 15-1116 250 RXN
¥320,000

CUTANA® E. coli Spike-in DNA

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
CUTANA(R) E. coli Spike-in DNA 詳細データ ECY 18-1401 100 NG
¥27,000

【関連商品】

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
CUTANA(R) Concanavalin A-Conjugated Paramagnetic Beads 詳細データ ECY 21-1401 550 UL
[50 rxn]
¥43,000
CUTANA(R) Concanavalin A-Conjugated Paramagnetic Beads 詳細データ ECY 21-1411 2.75 ML
[250 rxn]
¥202,000

関連情報

  • SNAP-ChIP K-MetStat Panel
    qPCRや次世代シーケンサーにより解読できる147bpのバーコードDNAに包まれた、E.coli由来の組み換えヒトヌクレオソーム(dNuc)を使用。クロマチン免疫沈降(ChIP)用に次世代のspike-inとして開発されたパネル。

商品は「研究用試薬」です。人や動物の医療用・臨床診断用・食品用としては使用しないように、十分ご注意ください。

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