最低 10 pg の total RNA から 19,000 種の遺伝子発現レベルを高感度に測定！ DriverMap™ Expression (EXP) ヒトゲノムワイド発現プロファイリングキット

本商品は、マルチプレックスRT-PCRと次世代シーケンシング（NGS）のプロトコルを組み合わせた約19,000種類のヒト遺伝子の発現レベルを同時に解析することができるキットです。

• 最低10pg（single cell）のTotal RNAから解析可能
• RNA-seq解析と比較して約100倍高感度、10⁵倍の検出範囲
• 特異性が高い検証済みプライマーを使用するため、低発現の遺伝子も検出可能

図1： DriverMap™ EXP ワークフロー
組織、血液、細胞などから抽出したtotal RNAに検証済みプライマーを反応させ、ターゲット領域を増幅します。
少量の細胞および組織からはRNA抽出せずに、実験を進めることも可能です。

数千種類のPCRプライマーを実験的に検証し、19,000種類のヒト遺伝子および5,000種類のマウス遺伝子に対する対応するプライマーを設計しました。

図2: プライマーの開発手順
複数回のマルチプレックスRT-PCR/NGS実験を連続的に行い、各遺伝子を標的とするPCRプライマーより、オンターゲット効果が高く、オフターゲット活性の低いプライマーを実験的に選択した。

図3： プライマーの実験検証
各遺伝子について、ｍRNAアイソフォームの保存部分を標的とするプライマーを複数設計し、高効率、高感度、高特異性にプライマーを選択した。さらに、高発現の遺伝子についてはあえて特異性の低いプライマーを選択し、過剰なシーケンスを防いでいる。

図4: 再現性が高い遺伝子検出
ヒトユニバーサルRNAと脳由来total RNA間において、検出された遺伝子の一貫性がみられ、再現性が高いことが示された。

図5： RNA-Seq vs DriverMap™ Assay Heatmap
DriverMap™はRNA-Seqより100倍高感度であるため、低発現の遺伝子をより多く検出可能。また、RNA-seq よりも検出範囲が広く、高発現の遺伝子においても発現量に差のある場合はその差をよりよく検出可能。

• 全血サンプルからのバイオマーカー探索
  rRNAやグロビン除去の必要なく全血由来 RNA (PAXgene 等) を使用可能
• 循環腫瘍細胞 (CTC) 分析
  増幅工程が必要ありません
• 腫瘍細胞構成解析
  腫瘍/間質細胞の構成および浸潤性免疫細胞型を評価するための包括的発現プロファイル
• 患者由来の異種移植（PDX）モデル
  モデル動物のバックグラウンド細胞からヒト細胞を分離することなく、ヒト特異的発現プロファイルを取得可能
• 細胞株の発現解析
  96ウェルまたは384ウェルの単一チューブプロトコルにより、化学的および遺伝的摂動メカニズムの同定が容易
• 希少で限られた細胞集団の発現プロファイリング
  FACS、磁気ビーズまたはマイクロ流路、細針生検、およびレーザーキャプチャーマイクロダイセクションによって単離された少数細胞での包括的な分析

ゲノムワイドの遺伝子を標的にしたキットに加え、癌および炎症性疾患、細胞シグナル伝達、細胞系統、分化および免疫活性化に関する遺伝子を特異的に増幅するパネルキットもラインアップしております。

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