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ヌクレアーゼ耐性を改善しますアプタマー（SELEX法）用修飾ヌクレオチド

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メーカー名：JENA BIOSCIENCE GMBH

アプタマー（抗体のように、特定の標的に対して結合特性を持つ核酸）のヌクレアーゼ耐性を改善する修飾ヌクレオチドを幅広く販売しております。

背景

アプタマーの生成について

アプタマーは、短い一本鎖DNA又はRNAオリゴヌクレオチド（＜100nt）です。

抗体-抗原のようなアフィニティ及び特異性で様々なターゲット（タンパク質など）に結合できる3次元構造を形成する能力を持つことから、創薬における重要性が増しています[1]。ターゲット分子に対して高い結合アフィニティ及び特異性を持つアプタマーは、in vitro selectionでのマルチステップと酵素増幅プロセス（「試験管内進化法（systematic evolution of ligands by exponential enrichment (SELEX)）」により生成されます（詳細な情報は引用文献[2,3]をご参照ください）。

抗体に比べて、アプタマーは、熱に対して安定、免疫原性がない、バッチ間の変動が低いといった利点があります。しかしながら、ヌクレアーゼによる分解のために、多くの場合診断への利用が困難です。

フルオロ-、アミノ-、o-メチル-2'-リボースなどの修飾ヌクレオチドを酵素的に組み込む（（1）修飾されたコンビナトリアルライブラリーから生成する、又は（2）SELEXの後に修飾させる）ことで、アプタマーのヌクレアーゼ耐性は著しく改善されます（表1）。また、クロスリンクが可能なアプタマーの選択（Photo-SELEX）に適した修飾ヌクレオチドも同様に多数お使いいただけます（表1）[13-15]。

表1　SELEXと互換性のある修飾ヌクレオチド　　　　n/a: not applicable
	ヌクレオチド	修飾	DNAアプタマーセレクション（DNA SELEX）	RNAアプタマーセレクション（RNA SELEX）
リボース部	2'F-dUTP	2'-OH を蛍光（F）に置換	[5]	[6,7]
	2'F-dCTP		[5]	[6,7]
	2'F-dATP		[5]	[6]
	2'F-dGTP		[5]
	2'OMe-UTP	2'-OH をメチル基（CH₃）修飾		[8,9,10,11]
	2'OMe-CTP			[8,9,11]
	2'OMe-ATP			[8]
	2'OMe-GTP			[8]
	2'NH₂-dUTP	2'-OH をアミノ基（NH₂）に置換		[6,12]
	2'NH₂-dCTP			[12]
	2'NH₂-dATP
	2'NH₂-dGTP
塩基部	5Br-dUTP	C-5を臭素（Br）修飾	[13]	n/a
	5I-UTP	C-5をヨウ素（I）修飾	n/a	[14]
	4-Thio-UTP	4-Oを硫黄（S）に置換	n/a	[15]

参考文献

[1] Hermann et al. (2000) Adaptive recognition by nucleic acid aptamers. Science 287:820.
[2] Stoltenburg et al. (2007) SELEX-A (r)evolutionary method to generate high-affinity nucleic acids ligands. Biomolecular Engineering 24:381.
[3] Lauridsen et al. (2012) Enzymatic Recognition of 2'-Modified Ribonucleoside 5'-Triphosphates: Towards the Evolution of Versatile Aptamers. Chem. Bio. Chem. 13:19.
[4] Keefe et al. (2008) SELEX with modified nucleotides. Current Opinion in Chemical Biology 12:448.
[5] Ono et al. (1997) 24-Fluoro modified nucleic acids: polymerase-directed synthesis, properties and stability to analysis by matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry. Nucleic Acids Research 25(22):4581.
[6] Aurup et al. (1992) 2'-Fluoro and 2-amino-2'-deoxynucleoside 5'-triphosphates as substrates for T7 RNA polymerase. Biochemistry 31(40):9626.
[7] Adler et al. (1998) POST-SELEX Chemical Optimization of a trypanosome-specific RNA aptamer. Comb. Chem. High Throughput Screen. 11(1):16.
[8] Burmeister et al. (2005) Direct In Vitro Selection of a 2'-O-Methyl Aptamer to VEGF. Chemistry & Biology 12:25.
[9] Burmeister et al. (2006) 2'-Deoxy Purine, 2'-O-Methyl Pyrimidine (dRmY) Aptamers as Candidate Therapeutics. OLIGONUCLEOTIDES 16:337.
[10] Padilla et al. (1999) Efficient synthesis of nucleic acids heavily modified with non-canonical ribose 2'-groups using a mutant T7 RNA Polymerase (RNAP). Nucleic Acids Res. 27(6):156.
[11] Padilla et al. (2002) A Y639F/H784A T7 RNA polymerase double mutant displays superior properties for synthesizing RNAs with non-canonical NTPs. Nucleic Acids Res. 30(24):e138.
[12] Lin et al. (1994) Modified RNA sequence pools for in vitro selection. Nucleic Acids Res. 22(24):5229.
[13] Golden et al. (2000) Diagnostic potential of PhotoSELEX-evolved ssDNA aptamers. Journal of Biotechnology 81:167.
[14] Jensen et al. (1995) Using in vitro selection to direct the covalent attachment of human immunodeficiency virus type 1 Rev protein to high-affinity RNA ligands. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92:12220.
[15] Park et al. (2008) Higher-Order Association States of Cellular ERBB3 Probed with Photo-Cross-Linkable Aptamers. Biochemistry 47(46):11992.

蛍光（F）置換

品名	メーカー	品番	包装	希望販売価格
2'-Fluoro-dGTP	JNA	NU-1216S	50 UL [100 mM]	￥37,000
2'-Fluoro-dGTP	JNA	NU-1216L	250 UL [5 x 50 μl (100 mM)]	￥141,000
2'-Fluoro-dATP	JNA	NU-151S	50 UL [100 mM]	￥37,000
2'-Fluoro-dATP	JNA	NU-151L	250 UL [5 x 50 μl (100 mM)]	￥141,000
2'-Fluoro-dNTP Bundle	JNA	NU-10405-20	4*50 UL [4 x 5 μmol]	￥107,000

メチル基（CH₃）修飾

品名	メーカー	品番	包装	希望販売価格
2'OMe-ATP	JNA	NU-1184S	50 UL [100 mM]	￥32,000
2'OMe-ATP	JNA	NU-1184L	250 UL [5 x 50 μl (100 mM)]	￥125,000
2'OMe-GTP	JNA	NU-1127S	50 UL [100 mM]	￥32,000
2'OMe-GTP	JNA	NU-1127L	250 UL [5 x 50 μl (100 mM)]	￥125,000