QuantSeq Targeted RNA Sequencing Library Prep Kit

QuantSeq-Flex RNA-Seq Kitは、カスタマイズしたプライマーを用いて、標的配列をシーケンス解析するためのキットです。QuantSeqの解析原理を用いて1転写産物あたり1分子の断片を生成しながら、標的配列にフォーカスしたシーケンス解析を行うことが可能です。

• フレキシブル - 標的配列のシーケンス解析や分子バーコード法に有用
• マルチプレックス化 - 1 反応あたり100 種類のカスタムプライマーを用いてマルチプレックス解析可能
• 正確な遺伝子発現解析 - 1 転写産物あたり1 分子の断片を生成するため、正確に遺伝子を定量可能
• 融合転写産物の同定にお勧め
• 4.5 時間でtotal RNA からライブラリ作製可能
• イルミナ社シーケンサーの場合は、i5/i7 インデックスの組み合わせにより9,216 サンプル、またはデュアルインデックスにより96 サンプル解析可能

QuantSeq-Flex targeted RNA-Seq では、プライマーの組み合わせによって、4 つのタイプのライブラリを作製可能です（図1）。

• 逆転写反応時にoligo(dT) プライミング、第二鎖合成時にランダムプライミングを行う（QuantSeq 3' mRNASeq FWD）
• 逆転写反応時にoligo(dT) プライミング、第二鎖合成時に標的特異的なプライミングを行う（Targeted 3' mRNA-Seq）
• 逆転写反応時に標的特異的なプライミング、第二鎖合成時にランダムプライミングを行う（Targeted RNA-Seq、新規の融合転写産物の同定に有用）
• 逆転写反応時、第二鎖合成時に標的特異的なプライミングを行う（Targeted RNA-Seq、既知遺伝子の解析に有用）

図.1 QuantSeq-Flex targeted RNA-Seq V2 のワークフロー
Read 1（シーケンシングは緑色のP5 アダプターから開始される）はRNA配列を反映し、逆転写反応では、キット付属のoligo(dT) プライマーもしくは標的特異的なプライマー（キットには含まれません）でプライミングされる。第二鎖合成はキット付属のランダムプライマーもしくは標的特異的なプライマー（キットには含まれません）で行われる。RNA 除去ステップは、ランダムプライミングにより第二鎖合成した場合のみ必要であり、標的特異的プライマーを使用する場合はこの工程は不要となる。プライミング方法の組み合わせにより、異なる4 種類のライブラリを作製することが可能である。

図2では標的特異的プライミングの例を示しています。serine / threonineprotein kinase B-raf（BRAF,NM_004333.4）、receptor tyrosine-protein kinase erbB-2（ERBB2,NM_001005862.2）、KRAS protooncogene,GTPase（KRAS, NM_004985.4）に対してプライマーを設計し、K562 細胞から調製したtotal RNA ならびにQuantSeq-Flex Kit を用いてライブラリを作製しました。図3 ではRNA インプットごとにBCR-ABL 融合転写産物を検出した結果を示しています。

図.2 QuantSeq-Flex targeted RNA-Seq V2 のワークフロー
BRAF（NM_004333.4、赤）、ERBB2（NM_001005862.2、青）、KRAS（NM_004985.4、緑）に対するプライマーを用いて、QuantSeq-Flex ライブラリを作製し、Bioanalyzer で解析した。

図.3 QuantSeq-Flex ライブラリのBioanalyzer トレース
BCR-ABL 融合転写産物に対するプライマーを用いてQuantSeq-Flex ライブラリを作製し、Bioanalyzer で解析した。

• Reagent Box
• First Strand Synthesis Module Second（品番：033、035）
• Strand Synthesis Module（品番：034、035）
• i7 Index Plate with i7 indices
• Purification Module with Magnetic Beads

※詳細はUser Guideをご確認ください。（User Guide ）

• HiSeq 2000/2500/3000/4000
• NextSeq 500/550
• MiSeq
• MiniSeq
• Genome Analyzer

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