商品情報

記事ID : 34680
研究用

QuantSeq Targeted RNA Sequencing Library Prep Kit

このエントリーをはてなブックマークに追加

LEX_03324_1.jpg

QuantSeq-Flex RNA-Seq Kitは、カスタマイズしたプライマーを用いて、標的配列をシーケンス解析するためのキットです。QuantSeqの解析原理を用いて1転写産物あたり1分子の断片を生成しながら、標的配列にフォーカスしたシーケンス解析を行うことが可能です。

 

特長

  • フレキシブル - 標的配列のシーケンス解析や分子バーコード法に有用
  • マルチプレックス化 - 1 反応あたり100 種類のカスタムプライマーを用いてマルチプレックス解析可能
  • 正確な遺伝子発現解析 - 1 転写産物あたり1 分子の断片を生成するため、正確に遺伝子を定量可能
  • 融合転写産物の同定にお勧め
  • 4.5 時間でtotal RNA からライブラリ作製可能
  • イルミナ社シーケンサーの場合は、i5/i7 インデックスの組み合わせにより9,216 サンプル、またはデュアルインデックスにより96 サンプル解析可能

ワークフロー

QuantSeq-Flex targeted RNA-Seq では、プライマーの組み合わせによって、4 つのタイプのライブラリを作製可能です(図1)。

  • 逆転写反応時にoligo(dT) プライミング、第二鎖合成時にランダムプライミングを行う(QuantSeq 3' mRNASeq FWD)
  • 逆転写反応時にoligo(dT) プライミング、第二鎖合成時に標的特異的なプライミングを行う(Targeted 3' mRNA-Seq)
  • 逆転写反応時に標的特異的なプライミング、第二鎖合成時にランダムプライミングを行う(Targeted RNA-Seq、新規の融合転写産物の同定に有用)
  • 逆転写反応時、第二鎖合成時に標的特異的なプライミングを行う(Targeted RNA-Seq、既知遺伝子の解析に有用)
LEX_03324_2.jpg

図.1 QuantSeq-Flex targeted RNA-Seq V2 のワークフロー
Read 1(シーケンシングは緑色のP5 アダプターから開始される)はRNA配列を反映し、逆転写反応では、キット付属のoligo(dT) プライマーもしくは標的特異的なプライマー(キットには含まれません)でプライミングされる。第二鎖合成はキット付属のランダムプライマーもしくは標的特異的なプライマー(キットには含まれません)で行われる。RNA 除去ステップは、ランダムプライミングにより第二鎖合成した場合のみ必要であり、標的特異的プライマーを使用する場合はこの工程は不要となる。プライミング方法の組み合わせにより、異なる4 種類のライブラリを作製することが可能である。

 

データ例

図2では標的特異的プライミングの例を示しています。serine / threonineprotein kinase B-raf(BRAF,NM_004333.4)、receptor tyrosine-protein kinase erbB-2(ERBB2,NM_001005862.2)、KRAS protooncogene,GTPase(KRAS, NM_004985.4)に対してプライマーを設計し、K562 細胞から調製したtotal RNA ならびにQuantSeq-Flex Kit を用いてライブラリを作製しました。図3 ではRNA インプットごとにBCR-ABL 融合転写産物を検出した結果を示しています。

LEX_03324_3.jpg

図.2 QuantSeq-Flex targeted RNA-Seq V2 のワークフロー
BRAF(NM_004333.4、赤)、ERBB2(NM_001005862.2、青)、KRAS(NM_004985.4、緑)に対するプライマーを用いて、QuantSeq-Flex ライブラリを作製し、Bioanalyzer で解析した。

LEX_03324_4.jpg

図.3 QuantSeq-Flex ライブラリのBioanalyzer トレース
BCR-ABL 融合転写産物に対するプライマーを用いてQuantSeq-Flex ライブラリを作製し、Bioanalyzer で解析した。

 

構成内容

  • Reagent Box
  • First Strand Synthesis Module Second(品番:033、035)
  • Strand Synthesis Module(品番:034、035)
  • i7 Index Plate with i7 indices
  • Purification Module with Magnetic Beads

※詳細はUser Guideをご確認ください。(User Guide PDF

 

対応機種

  • HiSeq 2000/2500/3000/4000
  • NextSeq 500/550
  • MiSeq
  • MiniSeq
  • Genome Analyzer

QuantSeq Targeted RNA Sequencing Library Prep Kit

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
QuantSeq-Flex Targeted RNA-Seq Library Prep Kit with First Strand Synthesis Module詳細データ LEX 033.24 24 PREP.
販売終了
QuantSeq-Flex Targeted RNA-Seq Library Prep Kit with First Strand Synthesis Module詳細データ LEX 033.96 96 PREP.
販売終了
QuantSeq-Flex Targeted RNA-Seq Library Prep Kit with Second Strand Synthesis Module詳細データ LEX 034.24 24 PREP.
販売終了
QuantSeq-Flex Targeted RNA-Seq Library Prep Kit with Second Strand Synthesis Module詳細データ LEX 034.96 96 PREP.
販売終了
QuantSeq-Flex Targeted RNA-Seq Library Prep Kit with First and Second Strand Synthesis Modules詳細データ LEX 035.24 24 PREP.
販売終了
QuantSeq-Flex Targeted RNA-Seq Library Prep Kit with First and Second Strand Synthesis Modules詳細データ LEX 035.96 96 PREP.
販売終了

【関連情報】

商品は「研究用試薬」です。人や動物の医療用・臨床診断用・食品用としては使用しないように、十分ご注意ください。

お問い合わせ

「QuantSeq Targeted RNA Sequencing Library Prep Kit」は、下記のカテゴリーに属しています。

© COSMO BIO