商品情報

記事ID : 17257
研究用

組織切片上でスプライシングバリアントRNAの局在が解析できる新in situ ハイブリダイゼーションシステム!!BaseScope™ Assay

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使用文献が800報を超えるRNAscope® アッセイ技術をもつAdvanced Cell Diagnostics社から、スプライシングバリアントを検出可能な新しいin situ hybridizationアッセイが発売されました!!

 【関連商品】RNAscope®

 

特長

  • 組織の形態を保持しつつ特異的なRNA配列を検出可能
  • エキソンジャンクションを超高感度かつ特異性高く検出可能
  • 分解切断されたRNA、転写途中のRNA、骨サンプル中のRNAなどの短鎖配列も検出可能
  • FFPE切片(TMA含む)や凍結切片など、広範囲のサンプルタイプで使用可能

RNAscope® アッセイと BaseScope™ アッセイの比較

  RNAscope® Assay BaseScope™ Assay
ターゲットプローブのZZペアの数 20 ZZ
通常 20 ペア(最小で 6ペア)
≥1 ZZ
使用目的により 1〜6 ペア
ターゲットの種類 mRNA、lncRNA エキソンジャンクション
/スプライシングバリアント
ターゲット配列の長さ 300 bases以上 50〜300 bases
使用アプリケーション mRNAやlncRNAの発現解析
  • がん
  • HPV検出
  • がん免疫分野
  • HIVなどのウィルス感染症
  • 神経科学、幹細胞研究など
  • 短鎖RNA
  • スプライシングバリアント
  • 環状RNA
  • CAR-T細胞の検出
  • T細胞クローンI(TCR)のCDR配列の検出
  • snoRNA(核小体RNA)
  • 前駆体miRNA
  • 分解により部分的に切断しているRNA
  • 合成途中のRNA
プレックス数 3-plex Single-plex(RED)のみ
検出系 発色(BROWN、RED、二重染色)
および蛍光
発色(RED)、蛍光(Fast Red)
Sample type
  • FFPE切片(組織アレイも可)
  • 凍結切片(新鮮、固定)
  • 培養細胞
  • FFPE切片(組織アレイも可)
  • 新鮮凍結切片
試薬キット RNAscope® 用試薬キット BaseScope™ 用試薬キット
ターゲットプローブ RNAscope® 用プローブ BaseScope™ 用プローブ

RNAscope® アッセイとBaseScope™ アッセイの試薬キットおよびプローブには互換性がありません。

使用例:エキソンジャンクションの検出

各エキソンジャンクションに特異的なプローブを作製し、細胞中の特定のエキソンのスキッピングが検出が可能です。
(Frampton GM et al, Cancer Discovery, 2015; Awad MM et al, J Clin Oncol, 2016)
3種類のエキソンジャンクションに特異的なプローブを作製し(図1)、MET遺伝子のエキソン14の欠損変異(METΔ14)を検出可能です。

 

プローブデザイン

図1. 14番目のエキソンが含まれないMETΔ14変異体検出用BaseScope™ アッセイ用プローブのデザイン
(1)エキソン12-13、(2)エキソン14-15、(3)エキソン13-15のジャンクションを検出する3つのプローブを作製した。(1)のプローブはWild-type METとMETΔ14変異体の両方を検出し、(2)のプローブはWild-type METのみ、(3)のプローブはMETΔ14変異体のみを検出できる。

 

ターゲットの検出

図2. BaseScope™ アッセイを用いたMETΔ14変異の検出
H596細胞(METのエキソン14が欠損している)とA549細胞(MET の14番目のエキソンを持つ)。
E12/13プローブを用いて、エキソン12/13のシグナルはA549細胞とH596細胞の両方に検出された。
一方E13/15プローブを用いた場合、H549細胞のみにシグナルが検出された。

 

環状RNAの検出

図3. BaseScope™ アッセイを用いた環状RNAの検出

 

使用例:短鎖RNAの検出

図4.
BaseScope™ アッセイを使用すれば、ホモロジーの非常に高いRNAや部分的に分解しているRNAなど、RNAscope®では検出が難しかった50〜300basesの範囲のターゲットRNAも検出可能。

 

Jurkat T細胞内の CDR3 αおよびβの検出

図5. Jurkat T細胞内の CDR3 αおよびβの検出
ホモロジーの非常に高い CDR3 αおよびβにそれぞれ特異的なプローブを作製し、シグナルを検出出来た。

必要な試薬と機器

1.ターゲットプローブ

品名 メーカー 品番 包装希望販売価格
ターゲットプローブ
BaseScope® Target Probe
ADC XXXXXX 1 VIAL
(20 slide分)
¥105,000(キャンペーン中)
¥150,000

XXXXXX にはターゲットにより異なる任意の数字が入ります。
:既存ブローブが無い場合、プローブのカスタム作製も承ります。下記よりお問い合わせください。

2.試薬キット/赤色(Fast Red)

■ 試薬キット、キット構成品
品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格

BaseScopeTM Reagent Kit - RED詳細データ

ADC

322900

1 KIT
[20 slides]
¥157,500(キャンペーン中)
¥225,000(通常希望販売価格)

BaseScopeTM Detection Reagents - RED (Kit Components)詳細データ

ADC

322910

1 KIT
[20 slides]
¥122,500(キャンペーン中)
¥175,000(通常希望販売価格)

RNAscope(R) 2.5 Universal Pretreatment Reagents詳細データ

ADC

322380

1 KIT
[for 20 slides]
¥44,100(キャンペーン中)
¥63,000(通常希望販売価格)

RNAscope(R) H202 and Protease Reagents 詳細データ

ADC

322381

1 KIT
[for 20 slides]
¥21,000(キャンペーン中)
¥30,000(通常希望販売価格)

RNAscope(R) Target Retreival Reagents詳細データ

ADC

322000

4*70 ML
¥13,300(キャンペーン中)
¥19,000(通常希望販売価格)

RNAscope(R) 洗浄バッファー (50x)
RNAscope(R) Wash Buffer (50x)詳細データ

ADC

310091

4*60 ML
¥17,500(キャンペーン中)
¥25,000(通常希望販売価格)
■ イントロパック
下記構成品が含まれる、新規導入のお客様向けのパックです。
BaseScope? Reagent Kit - RED (品番:322900)、Control Slide Pack -Human Hela Cell Pellet (品番:310045)、Hydrophobic Barrier Pen(品番:310018)、Control Probe Pack(品番:322975)、VectaMount Mounting Medium(品番:321584)。
品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格

BaseScopeTM Intro Pack- Reagent Kit- Red- Hs詳細データ

ADC

322970

1 KIT
[20 slides]
¥227,500(キャンペーン中)
¥325,000(通常希望販売価格)

BaseScopeTM Intro Pack- Reagent Kit- Red- Mm詳細データ

ADC

322971

1 KIT
[20 slides]
¥227,500(キャンペーン中)
¥325,000(通常希望販売価格)

3.ポジティブコントロールプローブ

■ コントロールパック
BaseScope™用の Positive Control Probe-PPIB(1ZZ & 3ZZ)と Negative Control Probes(1ZZ & 3ZZ)が含まれます。
品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格

BaseScopeTM Control Probe Pack-Hs, Human詳細データ

ADC

322975

1 PACK
[20 slides]
¥63,000(キャンペーン中)
¥90,000(通常希望販売価格)

BaseScopeTM Control Probe Pack-Mm, Mouse詳細データ

ADC

322976

1 PACK
[20 slides]
¥63,000(キャンペーン中)
¥90,000(通常希望販売価格)
■ ポジティブコントロールプローブ
品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格

BaseScopeTM Positive Control Probe - BA-Hs-PPIB-1zz, Human

ADC

701041

1 VIAL
[for 20 slides]
¥16,100(キャンペーン中)
¥23,000(通常希望販売価格)

BaseScopeTM Positive Control Probe - BA-Hs-PPIB-3zz, Human

ADC

701031

1 VIAL
[for 20 slides]
¥16,100(キャンペーン中)
¥23,000(通常希望販売価格)

BaseScopeTM Positive Control Probe - BA-Mm-Ppib-1zz, Mouse

ADC

701081

1 VIAL
[for 20 slides]
¥16,100(キャンペーン中)
¥23,000(通常希望販売価格)

BaseScopeTM Positive Control Probe - BA-Mm-Ppib-3zz, Mouse

ADC

701071

1 VIAL
[for 20 slides]
¥16,100(キャンペーン中)
¥23,000(通常希望販売価格)

BaseScopeTM Positive Control Probe - BA-Mm-Polr2a-3zz, Mouse

ADC

701091

1 VIAL
[for 20 slides]
¥16,100(キャンペーン中)
¥23,000(通常希望販売価格)

BaseScopeTM Positive Control Probe - BA-Mm-Polr2a-1zz, Mouse

ADC

701101

1 VIAL
[for 20 slides]
¥16,100(キャンペーン中)
¥23,000(通常希望販売価格)

4.ネガティブコントロールプローブ(各種共通)

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格

BaseScopeTM Negative Control Probe - BA-DapB-1zz Bacillus subtilis

ADC

701021

1 VIAL
[for 20 slides]
¥16,100(キャンペーン中)
¥23,000(通常希望販売価格)

BaseScopeTM Negative Control Probe - BA-DapB-3zz Bacillus subtilis

ADC

701011

1 VIAL
[for 20 slides]
¥16,100(キャンペーン中)
¥23,000(通常希望販売価格)

5.コントロールスライド

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格

Vectamount

ADC

321584

60 ML
¥19,000

RNAscope(R) Control Slides - Mouse 3T3 Cell Pellet, Mouse

ADC

310023

1 UNIT
[4 slides]
¥22,400(キャンペーン中)
¥32,000(通常希望販売価格)

6.必要機器(ハイブリダイゼーションシステム)

HybEZ™ ハイブリダイゼーションシステムは、RNAscope® アッセイ用に開発されています。

 

*ADC社では、HybEZ™ ハイブリダイゼーションシステムを用いた場合のみ、RNAscope® in situ hybridization の性能を保証しております。同システム以外のオーブンでご使用頂いた場合、結果不良の際のサポート対象外となります。
*初回ご検討用のレンタル機をご用意しております。ご予約制となりますので、ご希望の期間等、ご相談ください。

 

仕様
温度範囲 常温+10℃-75℃
設定範囲 0℃〜75℃
安定性 +/- 0.5℃
正確性 +/- 0.5℃ (40℃の時) 
温度ディスプレイ解像度 0.1℃
電圧 115V +/- 10%, 50/60 Hz 
電力定格 155W
加熱率 20分以内に常温〜40℃まで
寸法(WxDxH) 448(W)×435(D)×152(H)mm

HybEZ™ Hybridization System(品番:310010)には以下のものが含まれています。
  -HybEZ™ Oven 本体
  -HybEZ™Humidity Control Tray (品番:310012)
  -HybEZ™ Slide Rack (品番:310014)
  -HybEZ™ Humidyfying Paper 2枚 (品番:310015 の一部)

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格

HybEZTM Hybridization System With EZ-Batch Slide System

ADC

321461

1 SYSTEM
ADC社
321710
1 を参照

HybEZTM ハイブリダイゼーションシステム
/ HybEZTM Hybridization System詳細データ

ADC

310010

1 SYSTEM
販売終了

[関連商品]RNAscope® EZ-Batch™ Slide Processing System

RNAscope® EZ-Batch™ Slide Processing System

RNAscope® EZ-Batch™ Slide Holder 上に最大 20 スライドまでセットでき、EZBatch™ Wash Tray 内で複数スライドを同時に洗浄操作が行えます。また、HybEZ™ オーブンのコントロールトレイにそのまま入れる事ができ、ハイブリダイゼーションステップでのスライドの移動の手間を省き、効率的に実験を進める事ができます。

構成品
  -EZ-Batch™ Slide Holder
  -EZBatch™ Wash Tray

 
品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格

RNAscope(R) EZ-BatchTM Slide Processing System

ADC

310007

1 UNIT
¥50,000

[関連商品]RNAscope® SpotStudio™ Software

シングルプレックスアッセイを用いて染色したスライドの定量解析にご使用いただけます。

RNAscope® のドットシグナルをカウントすることで、in situ での RNA 発現量を確認できますが、RNAscope® SpotStudio™ Software は自動的に一つ一つの細胞およびドットを認識することで、各細胞ごとの発現量を定量することが可能です。通常の倒立顕微鏡やスライドスキャナーで撮影した明視野画像を取り込み可能です。

RNAscope® SpotStudio™ SoftwareRNAscope® SpotStudio™ SoftwareRNAscope® SpotStudio™ Software

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格

RNAscope(R) SpotStudio(TM) v1.0 Software(10) (Trial Pack) 15 ROIs

ADC

300063

1 EACH
[15ROIs]
¥52,500(キャンペーン中)
¥75,000(通常希望販売価格)

RNAscope(R) SpotStudio v1.0 Software (150 ROIs)

ADC

300062

1 EACH
[150ROIs]
¥262,500(キャンペーン中)
¥375,000(通常希望販売価格)

RNAscope(R) SpotStudio v1.0 Software ( 3000 ROIs)

ADC

300060

1 EACH
[3000ROIs]
お問い合わせ

[関連商品]

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格

Hydrophobic Barrier Pen

ADC

310018

1 PC
¥8,000

商品は「研究用試薬」です。人や動物の医療用・臨床診断用・食品用としては使用しないように、十分ご注意ください。

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