商品情報

記事ID : 17257
研究用

組織切片上でスプライシングバリアントRNAの局在が解析できる新in situ ハイブリダイゼーションシステム!! BaseScope™

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BaseScope™は、RNAscope® アッセイ技術を応用した、スプライシングバリアントを検出可能な新しいin situ hybridizationアッセイシステムです。

特長

  • 組織の形態を保持しつつ特異的なRNA配列を検出可能
  • エキソンジャンクションを超高感度かつ特異性高く検出可能
  • FFPE切片(TMA含む)や凍結切片など、広範囲のサンプルタイプで使用可能

RNAscope® アッセイと BaseScope™ アッセイの比較

  RNAscope® Assay BaseScope™ Assay
ターゲットプローブのZZペアの数 20 ZZ
通常 20 ペア(最小で 6ペア)
≥1 ZZ
使用目的により 1〜6 ペア
ターゲットの種類 mRNA、lncRNA エキソンジャンクション
/スプライシングバリアント
ターゲット配列の長さ 300 bases以上 50〜300 bases
使用アプリケーション mRNAやlncRNAの発現解析
  • がん
  • HPV検出
  • がん免疫分野
  • HIVなどのウィルス感染症
  • 神経科学、幹細胞研究など
  • 短鎖RNA
  • スプライシングバリアント
  • 環状RNA
  • T細胞クローンI(TCR)のCDR配列の検出
  • 前駆体miRNA
同時染色数 最大4重染色可能 最大2重染色可能
検出系 発色(BROWN、RED、二重染色)
および蛍光
発色および蛍光(RED)
Sample type
  • FFPE切片(組織アレイも可)
  • 凍結切片(新鮮、固定)
  • 培養細胞
  • FFPE切片(組織アレイも可)
  • 凍結切片(新鮮、固定)
  • 培養細胞
試薬キット RNAscope® 用試薬キット BaseScope™ 用試薬キット
ターゲットプローブ RNAscope® 用プローブ BaseScope™ 用プローブ

RNAscope® アッセイとBaseScope™ アッセイの試薬キットおよびプローブには互換性がありません。

使用例:エキソンジャンクションの検出

各エキソンジャンクションに特異的なプローブを作製し、細胞中の特定のエキソンのスキッピングが検出が可能です。
(Frampton GM et al, Cancer Discovery, 2015; Awad MM et al, J Clin Oncol, 2016)
3種類のエキソンジャンクションに特異的なプローブを作製し(図1)、MET遺伝子のエキソン14の欠損変異(METΔ14)を検出可能です。

プローブデザイン

図1. 14番目のエキソンが含まれないMETΔ14変異体検出用BaseScope™ アッセイ用プローブのデザイン
(1)エキソン12-13、(2)エキソン14-15、(3)エキソン13-15のジャンクションを検出する3つのプローブを作製した。(1)のプローブはWild-type METとMETΔ14変異体の両方を検出し、(2)のプローブはWild-type METのみ、(3)のプローブはMETΔ14変異体のみを検出できる。

ターゲットの検出

図2. BaseScope™ アッセイを用いたMETΔ14変異の検出
H596細胞(METのエキソン14が欠損している)とA549細胞(MET の14番目のエキソンを持つ)。
E12/13プローブを用いて、エキソン12/13のシグナルはA549細胞とH596細胞の両方に検出された。
一方E13/15プローブを用いた場合、H549細胞のみにシグナルが検出された。

環状RNAの検出

図3. BaseScope™ アッセイを用いた環状RNAの検出

使用例:短鎖RNAの検出

図4.
BaseScope™ アッセイを使用すれば、ホモロジーの非常に高いRNAや部分的に分解しているRNAなど、RNAscope®では検出が難しかった50〜300basesの範囲のターゲットRNAも検出可能。

Jurkat T細胞内の CDR3 αおよびβの検出

図5. Jurkat T細胞内の CDR3 αおよびβの検出
ホモロジーの非常に高い CDR3 αおよびβにそれぞれ特異的なプローブを作製し、シグナルを検出出来た。

必要な試薬と機器

1.ターゲットプローブ

:Advanced Cell Diagnostics社のプローブ検索ページはこちら

品名 メーカー 品番 包装希望販売価格
ターゲットプローブ
BaseScope® Target Probe
ADC XXXXXX 1 VIAL
(20 slide分)
¥150,000

XXXXXX にはターゲットにより異なる任意の数字が入ります。
:既存ブローブが無い場合、プローブのカスタム作製も承ります。カスタム作製時、または既存プローブのチャネル変更時には別途でセットアップ料金がかかります。

品名 メーカー 品番 包装希望販売価格
Setup fee for New RNAscope/BaseScope/miRNAscope Probe ADC 320269 1 SERV. \65,000

2.試薬キット/赤色(Fast Red)

■ 試薬キット、キット構成品

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
BaseScopeTM Reagent Kit v2- RED ADC 323900 1 KIT
[20 slides]
¥225,000
BaseScopeTM Detection Reagents v2- RED (Kit Components) ADC 323910 1 KIT
[20 slides]
¥175,000

【ご注意:内在性アルカリホスファターゼによるバックグラウンドについて】

発色反応にアルカリホスファターゼ(以下AP)を使用しております。そのため、腎臓、肝臓、胎盤などの内在性APが多く存在する組織サンプルを用いる場合では、内在性APと反応してバックグラウンドが広範囲に出てしまうことがあります。ご購入する前に、ご自身で組織サンプル中のAP量をご確認ください。

■ イントロパック
下記構成品が含まれる、新規導入のお客様向けのパックです。
BaseScope™ Reagent Kit - RED (品番:323900)、Control Slide Pack -キットによりHuman Hela Cell Pellet (品番:310045)もしくは3T3 Cell Pellets (品番:310023)のどちらか、Hydrophobic Barrier Pen(品番:310018)、Control Probe Pack(品番:322975)、VectaMount Mounting Medium(品番:321584)。

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
BaseScopeTM Intro Pack- Reagent Kit v2- Red- Hs ADC 323970 1 KIT
[20 slides]
¥325,000
BaseScopeTM Intro Pack- Reagent Kit v2- Red- Mm ADC 323971 1 KIT
[20 slides]
¥325,000
BaseScopeTM Intro Pack- Reagent Kit v2- Red- Hs ADC 323970 1 KIT
[20 slides]
¥325,000
BaseScopeTM Intro Pack- Reagent Kit v2- Red- Mm ADC 323971 1 KIT
[20 slides]
¥325,000

3.ポジティブコントロールプローブ

■ コントロールパック
BaseScope™用の Positive Control Probe-PPIB(1ZZ & 3ZZ)と Negative Control Probes(1ZZ & 3ZZ)が含まれます。
1ZZ:スプライシングバリアント等の1〜2ZZペアのターゲット用です。
3ZZ:短鎖シーケンス等の3〜4ZZペアのターゲット用です。

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
BaseScopeTM Control Probe Pack-Hs, Human詳細データ ADC 322975 1 PACK
[20 slides]
¥46,000
BaseScopeTM Control Probe Pack-Mm, Mouse詳細データ ADC 322976 1 PACK
[20 slides]
¥46,000
■ ポジティブコントロールプローブ
品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
BaseScopeTM Positive Control Probe - BA-Hs-PPIB-1zz, Human ADC 710171 1 VIAL
[for 20 slides]
¥23,000
BaseScopeTM Positive Control Probe - BA-Hs-PPIB-3zz, Human ADC 701031 1 VIAL
[for 20 slides]
¥23,000
BaseScopeTM Positive Control Probe - BA-Mm-Ppib-1zz, Mouse ADC 712351 1 VIAL
[for 20 slides]
¥23,000
BaseScopeTM Positive Control Probe - BA-Mm-Ppib-3zz, Mouse ADC 701071 1 VIAL
[for 20 slides]
¥23,000
BaseScopeTM Positive Control Probe - BA-Mm-Polr2a-3zz, Mouse ADC 701091 1 VIAL
[for 20 slides]
¥23,000
BaseScopeTM Positive Control Probe - BA-Mm-Polr2a-1zz, Mouse ADC 701101 1 VIAL
[for 20 slides]
¥23,000

4.ネガティブコントロールプローブ(各種共通)

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
BaseScopeTM Negative Control Probe - BA-DapB-1zz Bacillus subtilis ADC 701021 1 VIAL
[for 20 slides]
¥23,000
BaseScopeTM Negative Control Probe - BA-DapB-3zz Bacillus subtilis ADC 701011 1 VIAL
[for 20 slides]
¥23,000

5.コントロールスライド

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
RNAscope(R) Control Slides - Human Hela Cell Pellet, Human ADC 310045 1 UNIT
[4 slides]
¥32,000
RNAscope(R) Control Slides - Mouse 3T3 Cell Pellet, Mouse ADC 310023 1 UNIT
[4 slides]
¥32,000

6.必要機器(ハイブリダイゼーションシステム) ※必須

HybEZ™ ハイブリダイゼーションシステムは、RNAscope® アッセイ用に開発されています。

*ADC社では、HybEZ™ ハイブリダイゼーションシステムを用いた場合のみ、RNAscope® in situ hybridization の性能を保証しております。同システム以外のオーブンでご使用頂いた場合、結果不良の際のサポート対象外となります。
*初回ご検討用のレンタル機をご用意しております。ご予約制となりますので、ご希望の期間等、ご相談ください。

名称 HybEZ™ Hybridization System With EZ-Batch Slide System HybEZ™ II Hybridization System With EZ-Batch Slide System NEW
品番 321461(販売は終了しました) 321710
本体写真 HybEZ™ Hybridization System With EZ-Batch Slide System HybEZ™ II Hybridization System With EZ-Batch Slide System
仕様
有効な温度設定範囲※1 外気温+10℃〜75℃まで 外気温+10℃〜75℃まで
安定性 +/- 0.5℃ +/- 0.5℃
正確性 +/- 0.5℃ (40℃の時) +/- 0.5℃ (40℃の時)
温度ディスプレイ解像度 0.1℃ 0.1℃
電圧 115V +/- 10%, 50/60 Hz 115V +/- 10%, 50/60 Hz
電力定格 155W 155W
加熱率 20分以内に常温〜40℃まで加熱可 20分以内に常温〜40℃まで加熱可
寸法(WxDxH) 45(W)×44(D)×15(H)cm 28(W)×40(D)×21(H)cm
重量(kg) 12 9.5
モード Hold-T モードのみ 4種類※2

※1:オーブンに冷却機能がないため、外気温より低い温度に設定した場合、設定温度通りにはなりません。

※2[モード詳細]

  • RNAscopeモード — RNAscope® 、BaseScope™ アッセイ用に、温度を40℃に保つモードです。
  • Bake モード — スライドのBake用のモードです。開始すると温度が上昇し、60℃に達した時点で1時間のタイマーがスタートし、自動的に終了します。
  • Hold-T モード — 10℃〜75℃内の任意の温度に設定するモードです。
  • P-Run モード — お好みのプログラムを10個までプリセット可能です。1つのプログラム中に、3段階の温度・時間を設定できます。
付属品
  321710
オーブン本体
電源コード
ユーザーマニュアル
HybEZ™ Humidity トレイ (品番310012)
EZ-Batch™ スライドホルダー (品番321716)
EZ-Batch™ 洗浄トレイ (品番321717)
浸潤ペーパー2枚(品番310015の一部)
品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
HybEZTM II Hybridization System (110v)With ACD EZ-Batch Slide System詳細データ ADC 321710 1 SYSTEM
¥620,000
HybEZTM 湿潤トレイ (フタ付)
HybEZTM Humidifying Tray (with lid)
ADC 310012 1 UNIT
¥58,000
HybEZTM 湿潤紙
HybEZTM Humidifying Paper詳細データ
ADC 310015 1 SET
[15pack]
¥11,000

7.疎水性撥水ペン ※必須

Barrier Pen

スライド上に疎水性の境界線を描けるペンです。
プローブやバッファーの流出を防ぎます。

*他社のペンは、40℃のハイブリダイゼーション反応中にバリアが溶ける場合がございますので推奨しません。

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
Hydrophobic Barrier Pen ADC 310018 1 PC
¥10,000

8.[関連商品]RNAscope® EZ-Batch™ Slide Processing System

RNAscope® EZ-Batch™ Slide Processing System

RNAscope® EZ-Batch™ Slide Holder 上に最大 20 スライドまでセットでき、EZBatch™ Wash Tray 内で複数スライドを同時に洗浄操作が行えます。また、HybEZ™ オーブンのコントロールトレイにそのまま入れる事ができ、ハイブリダイゼーションステップでのスライドの移動の手間を省き、効率的に実験を進める事ができます。

構成品
  -EZ-Batch™ Slide Holder
  -EZBatch™ Wash Tray

 
品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
RNAscope(R) EZ-BatchTM Slide Processing System ADC 310007 1 UNIT
¥58,000
RNAscope(R) EZ-BatchTM Slide Holder ADC 321716 1 UNIT
¥51,000
RNAscope(R) EZ-BatchTM Wash Tray ADC 321717 1 UNIT
¥15,000

9.その他関連試薬

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
Vector Labs Vectamount ADC 321584 60 ML
¥19,000
RNAscope(R) 2.5 Universal Pretreatment Reagents詳細データ ADC 322380 1 KIT
[for 20 slides]
¥63,000
RNAscope(R) H202 and Protease Reagents詳細データ ADC 322381 1 KIT
[for 20 slides]
¥30,000
RNAscope(R) Target Retrieval Reagents詳細データ ADC 322000 4*70 ML
¥19,000
RNAscope(R) 洗浄バッファー (50x)
RNAscope(R) Wash Buffer (50x)詳細データ
ADC 310091 4*60 ML
¥25,000

商品は「研究用試薬」です。人や動物の医療用・臨床診断用・食品用としては使用しないように、十分ご注意ください。

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