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組織切片上でスプライシングバリアントRNAの局在が解析できる新in situ ハイブリダイゼーションシステム！！ BaseScope™ (トップページ)

メーカー名：Advanced Cell Diagnostics, a brand of Bio-Techne Corporation

BaseScope™は、RNAscope™ アッセイ技術を応用した、スプライシングバリアントを検出可能な新しいin situ hybridizationアッセイシステムです。より少ないZZペア数での検出が可能になっており、検出対象が50-300塩基の場合に推奨しております。

検出対象が17-50塩基の場合にはmiRNAscopeをご検討ください。

【目次】

特長
RNAscope™ アッセイと BaseScope™ アッセイの比較
使用例：エキソンジャンクションの検出
使用例：短鎖RNAの検出
商品ラインアップ
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特長

RNAscope™ の増幅原理を応用※し、より少ないZZペア数でも検出可能　※原理の詳細は非開示となっております。
組織の形態を保持しつつ特異的なRNA配列を検出可能
エキソンジャンクションを超高感度かつ特異性高く検出可能
FFPE切片（TMA含む）や凍結切片など、広範囲のサンプルタイプで使用可能

RNAscope™ アッセイと BaseScope™ アッセイの比較

	RNAscope™ Assay	BaseScope™ Assay
ターゲットプローブのZZペアの数	20 ZZ 通常 20 ペア（最小で 6ペア）	≥1 ZZ 使用目的により 1～6 ペア
ターゲットの種類	mRNA、lncRNA	エキソンジャンクション／スプライシングバリアント
ターゲット配列の長さ	300 bases以上	50～300 bases
使用アプリケーション	mRNAやlncRNAの発現解析がん HPV検出がん免疫分野 HIVなどのウィルス感染症神経科学、幹細胞研究など	短鎖RNA スプライシングバリアント環状RNA T細胞クローンI（TCR）のCDR配列の検出前駆体miRNA
同時染色数	最大4重染色可能	最大2重染色可能
検出系	発色（BROWN、RED、二重染色）および蛍光	発色および蛍光（RED）
Sample type	FFPE切片（組織アレイも可）凍結切片（新鮮、固定）培養細胞	FFPE切片（組織アレイも可）凍結切片（新鮮、固定）培養細胞
試薬キット※	RNAscope™ 用試薬キット	BaseScope™ 用試薬キット
ターゲットプローブ	RNAscope™ 用プローブ	BaseScope™ 用プローブ

※RNAscope™ アッセイとBaseScope™ アッセイの試薬キットおよびプローブには互換性がありません。

使用例：エキソンジャンクションの検出

各エキソンジャンクションに特異的なプローブを作製し、細胞中の特定のエキソンのスキッピングが検出が可能です。
（Frampton GM et al, Cancer Discovery, 2015; Awad MM et al, J Clin Oncol, 2016）
3種類のエキソンジャンクションに特異的なプローブを作製し（図1）、MET遺伝子のエキソン14の欠損変異（METΔ14）を検出可能です。

図1. 14番目のエキソンが含まれないMETΔ14変異体検出用BaseScope™ アッセイ用プローブのデザイン
(1)エキソン12-13、(2)エキソン14-15、(3)エキソン13-15のジャンクションを検出する3つのプローブを作製した。(1)のプローブは MET WTとMETΔ14変異体の両方を検出し、(2)のプローブは MET WTのみ、(3)のプローブはMETΔ14変異体のみを検出できる。

図2. BaseScope™ アッセイを用いたMETΔ14変異の検出
H596細胞（METのエキソン14が欠損している）とA549細胞（MET の14番目のエキソンを持つ）。
E12/13プローブを用いて、エキソン12/13のシグナルはA549細胞とH596細胞の両方に検出された。
一方E13/15プローブを用いた場合、H596細胞のみにシグナルが検出された。

環状RNAの検出