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BaseScope™は、RNAscope® アッセイ技術を応用した、スプライシングバリアントを検出可能な新しいin situ hybridizationアッセイシステムです。
- 【関連商品】RNAscope®
特長
- 組織の形態を保持しつつ特異的なRNA配列を検出可能
- エキソンジャンクションを超高感度かつ特異性高く検出可能
- FFPE切片（TMA含む）や凍結切片など、広範囲のサンプルタイプで使用可能
RNAscope® アッセイと BaseScope™ アッセイの比較
| RNAscope® Assay | BaseScope™ Assay | |
|---|---|---|
| ターゲットプローブのZZペアの数 | 20 ZZ 通常 20 ペア（最小で 6ペア） |
≥1 ZZ 使用目的により 1〜6 ペア |
| ターゲットの種類 | mRNA、lncRNA | エキソンジャンクション ／スプライシングバリアント |
| ターゲット配列の長さ | 300 bases以上 | 50〜300 bases |
| 使用アプリケーション | mRNAやlncRNAの発現解析
|
|
| 同時染色数 | 最大4重染色可能 | 最大2重染色可能 |
| 検出系 | 発色（BROWN、RED、二重染色） および蛍光 |
発色および蛍光（RED） |
| Sample type |
|
|
| 試薬キット※ | RNAscope® 用試薬キット | BaseScope™ 用試薬キット |
| ターゲットプローブ | RNAscope® 用プローブ | BaseScope™ 用プローブ |
※RNAscope® アッセイとBaseScope™ アッセイの試薬キットおよびプローブには互換性がありません。
使用例：エキソンジャンクションの検出
各エキソンジャンクションに特異的なプローブを作製し、細胞中の特定のエキソンのスキッピングが検出が可能です。
（Frampton GM et al, Cancer Discovery, 2015; Awad MM et al, J Clin Oncol, 2016）
3種類のエキソンジャンクションに特異的なプローブを作製し（図1）、MET遺伝子のエキソン14の欠損変異（METΔ14）を検出可能です。
図1. 14番目のエキソンが含まれないMETΔ14変異体検出用BaseScope™ アッセイ用プローブのデザイン
(1)エキソン12-13、(2)エキソン14-15、(3)エキソン13-15のジャンクションを検出する3つのプローブを作製した。(1)のプローブはWild-type METとMETΔ14変異体の両方を検出し、(2)のプローブはWild-type METのみ、(3)のプローブはMETΔ14変異体のみを検出できる。
図2. BaseScope™ アッセイを用いたMETΔ14変異の検出
H596細胞（METのエキソン14が欠損している）とA549細胞（MET の14番目のエキソンを持つ）。
E12/13プローブを用いて、エキソン12/13のシグナルはA549細胞とH596細胞の両方に検出された。
一方E13/15プローブを用いた場合、H549細胞のみにシグナルが検出された。
図3. BaseScope™ アッセイを用いた環状RNAの検出
使用例：短鎖RNAの検出
図4.
BaseScope™ アッセイを使用すれば、ホモロジーの非常に高いRNAや部分的に分解しているRNAなど、RNAscope®では検出が難しかった50〜300basesの範囲のターゲットRNAも検出可能。
図5. Jurkat T細胞内の CDR3 αおよびβの検出
ホモロジーの非常に高い CDR3 αおよびβにそれぞれ特異的なプローブを作製し、シグナルを検出出来た。
必要な試薬と機器
：Advanced Cell Diagnostics社のプローブ検索ページはこちら
| 品名 | メーカー | 品番 | 包装 | 希望販売価格 |
|---|---|---|---|---|
| ターゲットプローブ BaseScope® Target Probe |
ADC | XXXXXX | 1 VIAL （20 slide分） |
￥150,000 |
※：XXXXXX にはターゲットにより異なる任意の数字が入ります。
※：既存ブローブが無い場合、プローブのカスタム作製も承ります。カスタム作製時、または既存プローブのチャネル変更時には別途でセットアップ料金がかかります。
| 品名 | メーカー | 品番 | 包装 | 希望販売価格 |
|---|---|---|---|---|
| Setup fee for New RNAscope/BaseScope/miRNAscope Probe | ADC | 320269 | 1 SERV. | \65,000 |
■ 試薬キット、キット構成品
| 品名 | メーカー | 品番 | 包装 | 希望販売価格 |
|---|---|---|---|---|
| BaseScopeTM Reagent Kit v2- RED | ADC | 323900 | 1 KIT [20 slides] |
￥225,000 |
| BaseScopeTM Detection Reagents v2- RED (Kit Components) | ADC | 323910 | 1 KIT [20 slides] |
￥175,000 |
【ご注意：内在性アルカリホスファターゼによるバックグラウンドについて】
発色反応にアルカリホスファターゼ（以下AP）を使用しております。そのため、腎臓、肝臓、胎盤などの内在性APが多く存在する組織サンプルを用いる場合では、内在性APと反応してバックグラウンドが広範囲に出てしまうことがあります。ご購入する前に、ご自身で組織サンプル中のAP量をご確認ください。
■ イントロパック
下記構成品が含まれる、新規導入のお客様向けのパックです。
BaseScope™ Reagent Kit - RED （品番：323900）、Control Slide Pack -キットによりHuman Hela Cell Pellet （品番：310045）もしくは3T3 Cell Pellets (品番：310023)のどちらか、Hydrophobic Barrier Pen（品番：310018）、Control Probe Pack（品番：322975）、VectaMount Mounting Medium（品番：321584）。
| 品名 | メーカー | 品番 | 包装 | 希望販売価格 |
|---|---|---|---|---|
| BaseScopeTM Intro Pack- Reagent Kit v2- Red- Hs | ADC | 323970 | 1 KIT [20 slides] |
￥325,000 |
| BaseScopeTM Intro Pack- Reagent Kit v2- Red- Mm | ADC | 323971 | 1 KIT [20 slides] |
￥325,000 |
| BaseScopeTM Intro Pack- Reagent Kit v2- Red- Hs | ADC | 323970 | 1 KIT [20 slides] |
￥325,000 |
| BaseScopeTM Intro Pack- Reagent Kit v2- Red- Mm | ADC | 323971 | 1 KIT [20 slides] |
￥325,000 |
■ コントロールパック
BaseScope™用の Positive Control Probe-PPIB（1ZZ & 3ZZ）と Negative Control Probes（1ZZ & 3ZZ）が含まれます。
1ZZ：スプライシングバリアント等の1〜2ZZペアのターゲット用です。
3ZZ：短鎖シーケンス等の3〜4ZZペアのターゲット用です。
| 品名 | メーカー | 品番 | 包装 | 希望販売価格 |
|---|---|---|---|---|
BaseScopeTM Control Probe Pack-Hs, Human |
ADC | 322975 | 1 PACK [20 slides] |
￥46,000 |
| BaseScopeTM Control Probe Pack-Mm, Mouse |
ADC | 322976 | 1 PACK [20 slides] |
￥46,000 |
■ ポジティブコントロールプローブ
| 品名 | メーカー | 品番 | 包装 | 希望販売価格 |
|---|---|---|---|---|
| BaseScopeTM Positive Control Probe - BA-Hs-PPIB-1zz, Human | ADC | 710171 | 1 VIAL [for 20 slides] |
￥23,000 |
| BaseScopeTM Positive Control Probe - BA-Hs-PPIB-3zz, Human | ADC | 701031 | 1 VIAL [for 20 slides] |
￥23,000 |
| BaseScopeTM Positive Control Probe - BA-Mm-Ppib-1zz, Mouse | ADC | 712351 | 1 VIAL [for 20 slides] |
￥23,000 |
| BaseScopeTM Positive Control Probe - BA-Mm-Ppib-3zz, Mouse | ADC | 701071 | 1 VIAL [for 20 slides] |
￥23,000 |
| BaseScopeTM Positive Control Probe - BA-Mm-Polr2a-3zz, Mouse | ADC | 701091 | 1 VIAL [for 20 slides] |
￥23,000 |
| BaseScopeTM Positive Control Probe - BA-Mm-Polr2a-1zz, Mouse | ADC | 701101 | 1 VIAL [for 20 slides] |
￥23,000 |
| 品名 | メーカー | 品番 | 包装 | 希望販売価格 |
|---|---|---|---|---|
| BaseScopeTM Negative Control Probe - BA-DapB-1zz, Bacillus subtilis | ADC | 701021 | 1 VIAL [for 20 slides] |
￥23,000 |
| BaseScopeTM Negative Control Probe - BA-DapB-3zz, Bacillus subtilis | ADC | 701011 | 1 VIAL [for 20 slides] |
￥23,000 |
| 品名 | メーカー | 品番 | 包装 | 希望販売価格 |
|---|---|---|---|---|
| RNAscope(R) Control Slides - Human Hela Cell Pellet, Human | ADC | 310045 | 1 UNIT [4 slides] |
￥32,000 |
| RNAscope(R) Control Slides - Mouse 3T3 Cell Pellet, Mouse | ADC | 310023 | 1 UNIT [4 slides] |
￥32,000 |
HybEZ™ ハイブリダイゼーションシステムは、RNAscope® アッセイ用に開発されています。
*ADC社では、HybEZ™ ハイブリダイゼーションシステムを用いた場合のみ、RNAscope® in situ hybridization の性能を保証しております。同システム以外のオーブンでご使用頂いた場合、結果不良の際のサポート対象外となります。
*初回ご検討用のレンタル機をご用意しております。ご予約制となりますので、ご希望の期間等、ご相談ください。
| 名称 | HybEZ™ Hybridization System With EZ-Batch Slide System | HybEZ™ II Hybridization System With EZ-Batch Slide System  |
|---|---|---|
| 品番 | 321461（販売は終了しました） | 321710 |
| 本体写真 |  |
 |
| 有効な温度設定範囲※1 | 外気温+10℃〜75℃まで | 外気温+10℃〜75℃まで |
|---|---|---|
| 安定性 | +/- 0.5℃ | +/- 0.5℃ |
| 正確性 | +/- 0.5℃ (40℃の時) | +/- 0.5℃ (40℃の時) |
| 温度ディスプレイ解像度 | 0.1℃ | 0.1℃ |
| 電圧 | 115V +/- 10%, 50/60 Hz | 115V +/- 10%, 50/60 Hz |
| 電力定格 | 155W | 155W |
| 加熱率 | 20分以内に常温〜40℃まで加熱可 | 20分以内に常温〜40℃まで加熱可 |
| 寸法(WxDxH) | 45（W）×44（D）×15（H）cm | 28（W）×40（D）×21（H）cm |
| 重量(kg) | 12 | 9.5 |
| モード | Hold-T モードのみ | 4種類※2 |
※1：オーブンに冷却機能がないため、外気温より低い温度に設定した場合、設定温度通りにはなりません。
※2［モード詳細］
- RNAscopeモード — RNAscope® 、BaseScope™ アッセイ用に、温度を40℃に保つモードです。
- Bake モード — スライドのBake用のモードです。開始すると温度が上昇し、60℃に達した時点で1時間のタイマーがスタートし、自動的に終了します。
- Hold-T モード — 10℃〜75℃内の任意の温度に設定するモードです。
- P-Run モード — お好みのプログラムを10個までプリセット可能です。1つのプログラム中に、3段階の温度・時間を設定できます。
| 321710 | |
|---|---|
| オーブン本体 | ● |
| 電源コード | ● |
| ユーザーマニュアル | ● |
| HybEZ™ Humidity トレイ (品番310012) | ● |
| EZ-Batch™ スライドホルダー (品番321716) | ● |
| EZ-Batch™ 洗浄トレイ (品番321717) | ● |
| 浸潤ペーパー2枚（品番310015の一部） | ● |
| 品名 | メーカー | 品番 | 包装 | 希望販売価格 |
|---|---|---|---|---|
| HybEZTM II Hybridization System (110v)With ACD EZ-Batch Slide System |
ADC | 321710 | 1 SYSTEM |
￥620,000 |
| HybEZTM 湿潤トレイ (フタ付) / HybEZTM Humidifying Tray (with lid) |
ADC | 310012 | 1 UNIT |
￥58,000 |
| HybEZTM 湿潤紙 / HybEZTM Humidifying Paper |
ADC | 310015 | 1 SET [15pack] |
￥11,000 |
スライド上に疎水性の境界線を描けるペンです。
プローブやバッファーの流出を防ぎます。
＊他社のペンは、40℃のハイブリダイゼーション反応中にバリアが溶ける場合がございますので推奨しません。
| 品名 | メーカー | 品番 | 包装 | 希望販売価格 |
|---|---|---|---|---|
| Hydrophobic Barrier Pen | ADC | 310018 | 1 PC |
￥10,000 |
RNAscope® EZ-Batch™ Slide Holder 上に最大 20 スライドまでセットでき、EZBatch™ Wash Tray 内で複数スライドを同時に洗浄操作が行えます。また、HybEZ™ オーブンのコントロールトレイにそのまま入れる事ができ、ハイブリダイゼーションステップでのスライドの移動の手間を省き、効率的に実験を進める事ができます。
構成品
-EZ-Batch™ Slide Holder
-EZBatch™ Wash Tray
| 品名 | メーカー | 品番 | 包装 | 希望販売価格 |
|---|---|---|---|---|
| RNAscope(R) EZ-BatchTM Slide Processing System | ADC | 310007 | 1 UNIT |
￥58,000 |
| RNAscope(R) EZ-BatchTM Slide Holder | ADC | 321716 | 1 UNIT |
￥51,000 |
| RNAscope(R) EZ-BatchTM Wash Tray | ADC | 321717 | 1 UNIT |
￥15,000 |
| 品名 | メーカー | 品番 | 包装 | 希望販売価格 |
|---|---|---|---|---|
| Vector Labs Vectamount | ADC | 321584 | 60 ML |
￥19,000 |
| RNAscope(R) 2.5 Universal Pretreatment Reagents |
ADC | 322380 | 1 KIT [for 20 slides] |
￥63,000 |
| RNAscope(R) H202 and Protease Reagents |
ADC | 322381 | 1 KIT [for 20 slides] |
￥30,000 |
| RNAscope(R) Target Retrieval Reagents |
ADC | 322000 | 4*70 ML |
￥19,000 |
| RNAscope(R) 洗浄バッファー (50x) / RNAscope(R) Wash Buffer (50x) |
ADC | 310091 | 4*60 ML |
￥25,000 |
商品は「研究用試薬」です。人や動物の医療用・臨床診断用・食品用としては使用しないように、十分ご注意ください。
※ 表示価格について
- 「BaseScope™」は、下記のカテゴリーに属しています。