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CUT&RUNの標準化に CUTANA™ E.coli Spike-in DNA

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メーカー名：EpiCypher, Inc

E.coli由来の断片化DNAはCleavage Under Targets and Release Using Nuclease (CUT&RUN)の標準化のためのspike-inコントロールとして用いられます。
EpiCypher社では、CUT&RUNに適したCUTANA™ E.coli spike-in DNAを提供しています。

商品情報

図1 電気泳動データ
Lane 1：E.coli JM101　のゲノムDNA 500ng
Lane 2：消化・精製したCUTANA™ E.coli Spike-in DNA 500 ng
泳動には2% E-Gel™ EX Agarose Gelを用いた。

図2 CUT&RUNシークエンス解析
CUTANA™ E.coli spike-in DNA（0.5ngおよび1.0 ng）を、少量のターゲット（H3K4me3, EpiCypher社品番13-0041）、大量のターゲット（H3K27me3, EpiCypher社品番13-0030）、およびIgGネガティブコントロール（EpiCypher社品番13-0042）用に濃縮されたK562細胞（5.0 x10⁵ cells）を用いたCUT&RUNサンプルに加えた。ペアエンドシークエンスリードの合計数、E.coliとアラインしたリード数、E.coli spike-in DNAにアラインした全シークエンスリードのパーセンテージを表にした。緑のボックスは、各ターゲットに対し推奨されるE.coli spike-in DNAの量を示す。