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Atlas Antibodies社 Human Protein Atlas(HPA)プロジェクト

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メーカー名：Atlas Antibodies AB

Human Protein Atlasプロジェクトは、Knut and Alice Wallenberg財団の出資により Mathias Uhlén教授が率いるスウェーデンの研究者によって2003年より開始したヒトプロテオームの体系的な調査を実行する、世界をリードする学術的プロジェクトです。
このプロジェクトにより、完全なヒトプロテオームの発現マップが作成され、その結果、科学者がヒトのタンパク質発現を自由に調べることができるオープンアクセスデータベースができあがりました。
Human Protein Atlasデータベースは定期的に更新されており、Ver. 22現在では12のセクションが用意されています。

セクション	コンテンツ	得られる情報（一例）
TISSUE	各組織におけるｍRNA/タンパク質の発現レベル	各組織の細胞におけるタンパク質の局在
		ある遺伝子/タンパク質の特定組織における特異的高発現
		他の遺伝子との発現プロファイルの相同性比較
BRAIN	ヒト・マウス・ブタ脳の各領域におけるタンパク質発現プロファイル	各脳領域におけるタンパク質発現量の違い
		ある遺伝子/タンパク質の特定脳領域における特異的高発現
		他の遺伝子との発現プロファイルの相同性比較
SINGLE CELL TYPE	29のヒト組織におけるシングルセルRNA-Seqの結果	mRNA/タンパク質の発現確認
		ある遺伝子の特定の細胞種における特異的高発現
		他の遺伝子との発現プロファイルの相同性比較
TISSUE CELL TYPE	トランスクリプトームデータの統合ネットワーク解析により作成された遺伝子の細胞種特異的な発現情報	特定組織の主要構成細胞における遺伝子の発現特異性の確認
		各組織の主要構成細胞における特定遺伝子発現予測
		特定遺伝子の組織間での発現量比較
PATHOLOGY	ヒトのがん組織における mRNA/タンパク質発現データ	ある遺伝子の発現に基づく患者の生命予後
		特定のがん種特異的な遺伝子発現の確認
		各がん種で発現が上昇する遺伝子カタログ
DISEASE	疾患患者血液に分泌されているタンパク質レベル	12 種のがんにおける血中のタンパク質レベル
		血中に存在する癌関連タンパク質の分析
		異なる発現量を示す遺伝子の確認
IMMUNE CELL	各種免疫細胞におけるシングルセルのゲノムワイドな RNA発現プロファイル	ある遺伝子/タンパク質の特定免疫細胞における特異的高発現
		他の遺伝子との発現プロファイルの相同性比較
		特定の免疫細胞特異的な遺伝子発現の確認
BLOOD PROTEIN	ヒト血漿内で検出されるタンパク質の推定濃度または予想されるヒト分泌タンパク質	健康なヒト血漿における血中タンパク質の濃度
		免疫アッセイ/MSを行う際の血漿中タンパク質レベルの確認
		ヒトセクレトームデータ
SUBCELLULAR	タンパク質の時間/空間的な細胞内での分布情報	ヒト細胞株でのタンパク質の細胞内分布
		細胞小器官/細胞内構造におけるプロテオーム
		シングルセルレベルの変動性データ
CELL LINE	各種ヒト細胞株におけるゲノムワイドなRNA発現プロファイル	特定細胞株における遺伝子の発現特異性の確認
		他の遺伝子との発現プロファイルの相同性比較
		各細胞株で発現が上昇する遺伝子カタログ
STRUCTURE	Protein Data Bank（実験）またはAlphaFold 2（構造予測）によるタンパク質の立体構造	タンパク質の立体構造確認
		臨床で確認されたミスセンス突然変異位置の確認
		ATL社抗体の抗原部位の表示
METABOLIC	代謝と関連する酵素マッピング	遺伝子のシグナル経路/代謝への関連性確認
		遺伝子の代謝ネットワークへの関連
		組織ごとの特定遺伝子の発現調節の上流シグナル比較

ヒトタンパク質発現マップの作成の一環として、タンパク質をコードするすべてのヒト遺伝子に対して特異性の高いプレミアム抗体が開発され、多数の組織や細胞でタンパク質プロファイリングが確立されました。これらの抗体は「Triple A ポリクローナル」として、Atlas Antibodies社が製造し、どの研究者でも利用できるようになっています。

Human Protein Atlasを用いたAtlas Antibodies社抗体検索への活用方法解説動画はこちらの動画をご覧ください。

the Human Protein Atlas ウェブサイトはこちら

Human Protein Atlas (Ver.22)

文献情報

【引用文献】

Uhlen M et al.,Tissue-based map of the human proteome.Science(2015)
PubMed:25613900DOI:10.1126/science.1260419
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PubMed:28495876DOI:10.1126/science.aal3321
Sjostedt E et al.,An atlas of the protein-coding genes in the human, pig, and mouse brain.Science.(2020)
PubMed:32139519DOI:10.1126/science.aay5947
Karlsson M et al.,A single-cell type transcriptomics map of human tissues.Sci Adv.(2021)
PubMed:34321199DOI:10.1126/sciadv.abh2169
Uhlen M et al.,A pathology atlas of the human cancer transcriptome.Science.(2017)
PubMed:28818916DOI:10.1126/science.aan2507
Uhlen M et al.,A genome-wide transcriptomic analysis of protein-coding genes in human blood cells.Science.(2019)
PubMed:31857451DOI:10.1126/science.aax9198
Sjostedt E et al.,An atlas of the protein-coding genes in the human, pig, and mouse brain.Science.(2020)
PubMed:32139519DOI:10.1126/science.aay5947
Uhlen M et al.,The human secretome.Sci Signal.(2019)
PubMed:31772123DOI:10.1126/scisignal.aaz0274

その他

【関連文献】

Uhlen M et al.,Towards a knowledge-based Human Protein Atlas.Nat Biotechnol.(2010)
PubMed:21139605DOI:10.1038/nbt1210-1248
Berglund L et al.,A genecentric Human Protein Atlas for expression profiles based on antibodies.Mol Cell Proteomics.(2008)
PubMed:18669619DOI:10.1074/mcp.R800013-MCP200
Uhlen M et al.,A human protein atlas for normal and cancer tissues based on antibody proteomics.Mol Cell Proteomics.(2005)
PubMed:16127175DOI:10.1074/mcp.M500279-MCP200
Ponten F et al.,The Human Protein Atlas - a tool for pathology.J Pathol.(2008)
PubMed:18853439DOI:10.1002/path.2440