MERFISH2.0により、ハイプレックス解析と高感度を両立 in situ 空間遺伝子発現解析プラットフォームMERSCOPE Ultra™

空間遺伝子発現解析は組織上位置情報を保持したまま遺伝子発現解析が可能ですが、マルチプレックス化するほど検出感度が低下し、ノイズが増加することで低発現の遺伝子を検出や、正確なセグメンテーションができないことが課題でした。
MERSCOPE Ultra™は高精度に遺伝子検出ができるMERFISH2.0技術とサンプル調製の最適化により、これらの課題を解決し、ハイプレックスと高感度・高い特異性を両立した唯一の in situ 空間遺伝子発現解析プラットフォームです。

本装置を使用した国内での受託サービスも近日中に開始予定です。

図1：MERSCOPE Ultra™

• 高感度：組織の透明化により、低発現遺伝子の解析が可能（図２）
• 高精度：特異性が高いプローブとシグナル検出エラー耐性の高いシステムを使用
• 柔軟なパネル設計：最大960遺伝子のカスタムパネルを、低コストで設計可能
• マルチオミクス解析：RNAとタンパク質の同時検出に対応
• 広範な適応性：全生物種に対応。FFPE検体などの分解が進んだRNAも検出可能

図2：細胞あたりの転写産物量の比較
同じ295遺伝子に対するプローブセットを用いて、細胞あたりの転写産物数を測定したところ、 MERSCOPEではCompetitor Cの2倍以上の転写産物数を計測した。

RNAを固定し、組織の透明化処理によりバックグラウンドを最小化した後に、 標的遺伝子へプローブをハイブリダイゼーションします。 各遺伝子に予め割り当てたバーコードを光学的に検出するイメージングラウンドを繰り返し、 組織上の数百の遺伝子を同時に検出します。

• カスタムパネル
  遺伝子数を140、300、500、960よりご選択いただき、ご希望の遺伝子でカスタムパネルを作製します。
• 既製パネル（815遺伝子）
  ヒト：Immuno-Oncology、Breast Cancer、Brain
  マウス：Pan Neuro、Pan Mouse

健常者およびアルツハイマー病（AD）患者のヒト大脳皮質サンプルの同時解析

A：全体の細胞

B：グルタミン酸作動性ニューロン

図３：実験概要とクラスタリング解析
健常者とAD患者の脳から作製した凍結切片を同一スライドガラス上に配置してMERSCOPE Ultra™で解析し、960種類のRNAとAD関連タンパク質を同時にプロファイリングした（上図）。
全細胞のUMAP解析および空間分布の特定（下図A）に加え、グルタミン酸作動性ニューロンのサブタイプ解析（下図B）も可能。

図４：Amyloid beta（Aβ）抗体との共染色および周辺細胞の分布
Aβプラーク周辺のグルタミン酸作動性ニューロン（SLC17A7）、オリゴデンドロサイト（Mog）の遺伝子発現を可視化した（左図）。
Aβプラークから各発現細胞からまでの距離を算出し、近傍に存在する細胞種の分布を示した（右図）。

文献は こちら

関連サービス

• シングルセル空間解析：Xenium in situ Panel受託解析サービス
• シングルセル空間解析：CosMx™ 受託解析サービス
• STOmics Stereo-seq™ 解析受託サービス

※  表示価格について

※  CAS Registry Numbers have not been verified by CAS and may be inaccurate.