記事ID ： 47427

同一細胞からヒストン修飾等のエピゲノム解析と遺伝子発現を同時網羅解析可能 Paired-Tag アッセイキット（ Single-Cell CUT&Tag+RNA ）

メーカー名：Epigenome Technologies

Epigenome Technologies 社の Paired-Tag アッセイキットは、CUT&Tagによる高感度な抗体標的型エピゲノム解析とシングルセル RNA-seq を同一の細胞核内で統合することで、遺伝子の「制御メカニズム」と「発現量」を1細胞解像度で解析できる最先端のシングルセル・マルチオミクス解析キットです。
10x Genomics 社の Chromium プラットフォームに対応しており、ATAC キットや Multiome キットと組み合わせて使用できます。

特長

直接的なエピゲノム × 発現の統合解析
従来のクロマチンの物理的な開き具合のみを見る scATAC-seq とは異なり、Paired-Tag はシングルセルレベルで特定のヒストン修飾の結合を直接マッピングし、mRNA 発現量と紐づけます。
遺伝子活性化の判別が可能
目的のヒストン修飾（活性型 H3K27ac や抑制型 H3K27me3 など）を直接指定して測定するため、遺伝子がアクティブに転写されているのか、抑制されているのか、あるいは転写準備状態（ Poised ）にあるのかを明確に区別できます。
バルク解析に匹敵する、極めて高い S / N 比（図1 ）
抗体指向性のタグメンテーションを採用しているため、高い S / N 比を保持し、バルク解析データと極めて高い相関性（活性化マーカー> 0.95、抑制マーカー> 0.9 ）を維持します。
マルチプレックスによる高いコスト効率
独自のサンプル識別バーコード技術により、複数の異なるサンプルを 1 つの 10x チャネルに同時に混合して解析可能です。時間のかかる物理的な細胞ソートも不要で、実験コストと期間を大幅に削減します。

**図 1：バルク解析とシングルセル解析におけるデータ品質の比較** H3K4me1 および H3K4me3 における転写開始点エンリッチメント（ TSSe ）の分布プロファイル。Paired-Tag によるシングルセルデータはバルクデータとほぼ同一のシグナル分布を示しており、単一細胞解像度での解析においてもノイズが増加せず、バルク同等の高品質なデータを取得できていることを実証している。

ワークフロー

エピトープ標的化（ Epitope targeting ）
透過処理した核内で、特定のヒストン修飾や転写因子に「特異的抗体-TAG 酵素複合体」を結合させます。
タグメンテーション（ Tagmentation ）
TAG 酵素反応により標的領域の DNA 断片化とアダプター配列の挿入を同時に行います。
逆転写＆バーコード付加（ Reverse transcription & Barcoding ）
10x システムで核を液滴封入し、同一細胞由来の DNA 断片と合成 cDNA（ RNA ）の双方に共通のセルバーコードを付加します。
個別ライブラリ調製（ Library preparation ）
バーコード化された DNA（エピゲノム）と cDNA（ RNA 発現）を回収・分離し、それぞれ次世代シーケンス用の独立したライブラリを構築します。

データ例

Paired-Tagによる遺伝子発現とクロマチン状態の統合解析 — **図 3 : Paired-Tag による遺伝子発現とクロマチン状態の統合解析** ヒトの PBMC サンプル（ターゲット 5 種、ドナー 2 名）から得た RNA データ（左）と、ドナー 2 名の H3K27ac プロファイリングデータ（右）。ナイーブ T 細胞集団内におけるエピジェネティックな不均一性を示している。

Paired-Tagを用いたアルツハイマー病における細胞特異的なエピジェネティック変化の同定 — **図 4: Paired-Tag を用いたアルツハイマー病における細胞特異的なエピジェネティック変化の同定** 左：Paired-Tag による snRNA-seq データを Seattle Alzheimer's Disease Brain Cell Atlas（ SEA-AD ）の snRNA-seq データと統合することで、個々の細胞タイプの詳細な分類（ラベリング）が可能になった。右：アルツハイマー病（ AD ）患者と非 AD ドナー間における、興奮性ニューロン内の抑制性マーカー（ H3K9me3、H3K27me3 ）および活性化マーカー（ H3K27ac ）の違いを示す領域の例。

キット構成品

構成品	用途
・Permeabilizer	抗体・TAG 酵素反応用
・RNase Inhibitor	抗体・TAG 酵素反応用
・Stabilizer	抗体・TAG 酵素反応用
・TAG Enzyme	抗体・TAG 酵素反応用
・Incubation Buffer	抗体・TAG 酵素反応用
・Activator	Tagmentation 反応用
・Quench Buffer	Tagmentation 反応停止用

商品情報

品名	プラットフォーム	品番	包装	希望販売価格
Droplet Paired-Tag Kit-8rxn	10x Chromium	DP8101	1 KIT（8rxn）	¥ 620,000
Droplet Paired-Tag Kit-16rxn	10x Chromium	DP16101	1 KIT（16rxn）	お問い合わせ
Multiplex Droplet Paired-Tag Kit - 8rxn	10x Chromium	MDP8101	1 KIT（8rxn）	¥ 650,000
Multiplex Droplet Paired-Tag Kit - 16rxn	10x Chromium	MDP16101	1 KIT（16rxn）	お問い合わせ