多検体の網羅的な遺伝子発現解析に QuantSeq 3' mRNA-Seq V2 Library Prep Kit (FWD) with UDI
[次世代シーケンサー用ライブラリー調製キット]

mRNA-seq用のcDNAライブラリを調製するキットです（イルミナ社次世代シーケンサーに対応）。本キットは、従来のcDNAライブラリ調製キットと異なり1つの転写産物の3'末端付近に対して1断片のみを逆転写するため、「コスト・時間・サンプルを選ばない・解析の容易さ」どの点においても優れています。

発現量比較だけの案件にも、全長RNA-Seqを選んでいませんか？

QuantSeqは、遺伝子全体の構造解析ではなく遺伝子ごとの発現量比較に特化した3' mRNA-Seqライブラリ調製キットです。
転写産物の3'末端付近から1断片を作製し、発現量比較に必要な情報へシーケンスリードを集中させます。
これにより、多検体RNA-Seqに必要なリード数や解析データ量を抑え、シーケンスコストを見直すことができます。同じ予算内でN数、条件数、生物学的反復を確保したい研究に適した選択肢です。

このような方におすすめです

QuantSeqは全研究目的に応じて使い分けることで、より多くのサンプルや条件を、効率的に解析できます。発現量比較に目的を絞り、多検体解析に最適化したRNA-Seqです。

本キットは、1つの転写産物あたり1断片のみを作成するため、シーケンス解析の際にリード数を抑えることができます。これにより、解析コストの低減と解析時間の短縮をすることができます。また、転写産物あたり1つの断片しか生成しないため、極めて正確な遺伝子発現値を得ることができます。解析データ数を減らせるうえに、シーケンスで読み取る配列の数（リード数）が減るためデータ解析が簡単になります。加えて、転写産物の3'末端付近のみを増幅するため、サンプル劣化による転写産物断片化の影響をほぼ受けません。そのため、FFPEサンプルなどのRIN 値^※1や DV200 値^※2の低い、劣化（断片化）したサンプルでもシーケンス可能です。
よって、「コスト・時間・サンプルを選ばない・解析の容易さ」どの点においても優れています。

※1 RIN値：RNA分解の指標。1〜10段階で、1に近いほどRNAの分解が進んでいることを表している。
※2 DV200値：測定したRNA中に200塩基以上のRNA断片が存在する割合。数値が低いほどRNAの断片化が進んでいることを表している。



図1. cDNAライブラリ作製-従来品との比較

• 4.5時間と短時間で 3' mRNA-Seq ライブラリを調製可能
• サンプルあたりのリード数が少ないため、シーケンス及び解析のコストと手間を大幅に削減
• 少量のインプット（Total RNA 1 ng）やFFPEサンプルのようなRIN値及びDV200値が低い（RNAの断片化が進んだ）サンプルでも解析が可能
• Total RNAをインプットとして使用するため、poly(A)の濃縮やrRNAの排除が不要
• データ解析プラットフォーム「Kangooroo」を無償提供。詳細はこちら 。

転写産物の3'末端付近のみを増幅するため、mRNAの精製やRNA断片化などの前処理が不要になります。さらに、ライブラリ調製も3ステップで終わるため、ライブラリ調製時間を大幅に短縮することが可能です。

また、キットに付属する分析コードを使用することで、PREP分のデータ解析をLEXOGEN社に依頼することができます。

図2. 簡易ワークフロー/従来のcDNAライブラリ調製キットとの比較

図3. ワークフロー詳細

1. FFPE（RNAが断片化）サンプルでも解析可能

RNA断片化の少ない新鮮凍結 (Fresh Frozen; FF)サンプルと、DNA断片化が進んだホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）サンプルで一貫したデータを得ることができます。

図4. 凍結（FF）あるいはホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）したマウス脾臓サンプルから抽出したRNAを用いたシーケンスデータ
input RNA: 10ng, リード:1M
横軸は左から1cpm、5cpm、10cpm。
RIN値：3.7 (FF)、2.9 (FFPE)。DV200 values: 90% (FF) 、9% (FFPE)。

2. UDI12ライブラリによるデータ修正

Version2より付属するUDI12ライブラリ（特許取得済）を使用することで、シーケンスの読み取りミスの大部分を修正して解析データとして使用することができるようになります。従来品のIndex長が6塩基UDI（UDI6）と比較して、12塩基のUDI（UDI12）を使用することでシーケンスエラーの修正が可能になり約6.9%のリードをレスキューすることができるようになりました。

図5. UDI12ライブラリによる解析エラーの修正

【関連情報】

• LEXOGEN社：商品ラインアップ
• 特集：次世代シーケンシング　ライブラリ調製　ポータルサイト

【研究者が使ってみました！ アプリケーションノート】

• QuantSeq 3'mRNA-seq Library Prep Kitを用いたトランスクリプトーム解析
  自治医科大学 分子病態治療研究センター 再生医学研究部 魚崎 英毅 先生
• QuantSeq 3'mRNA-Seq Library Prep Kit で行う多検体の網羅的遺伝子発現解析
  国立研究開発法人 森林研究・整備機構 森林総合研究所林木育種センター 永野　聡一郎 先生

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