商品情報

記事ID : 15674
研究用

多検体の網羅的な遺伝子発現解析に Lexogen社 QuantSeq 3' mRNA-Seq Library Prep Kit (FWD)

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本製品は mRNA の 3'末端付近に対して cDNA ライブラリを調製するキットです。ライブラリの配列情報を次世代シーケンサー読み取り、リファレンス配列にマップされたリード数をカウントすることで、網羅的な mRNA の定量解析が可能です。イルミナ社機器に対応したライブラリ調製キットをご用意しています。

特長

  • 4.5 時間で total RNA から 3' mRNA-Seq ライブラリを調製可能
  • 網羅的な遺伝子発現解析にお勧め
  • マイクロアレイ解析や従来の RNA シークエンス解析と比較し低コスト
  • 無料のデータ解析パイプライン「Bluebee®」をご用意
  • Globin block やマルチプレックス解析用インデックス、増幅バイアス確認用インデックス(UMIs)と組み合わせてライブラリ調製可能
  • Unique Dual Indices(UDIs)とのセット品が新登場

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ワークフロー

QuantSeq 3' mRNA-Seq Library Prep Kit (FWD) の Read 1 配列(緑)は mRNA の 3' 末端付近に対応するため、シークエンス解析時にサンプルあたりの総リード数を抑えることができます。

Bluebee® データ解析パイプラインでは、アラインメント、遺伝子カウント、発現変動解析が可能です。様々な生物種の解析に対応しています。
QuantSeq 3' mRNA-Seq Library Prep Kit (FWD)の箱に、キットの reaction 数に応じた Bluebee®用のアクチベーションコードを表示しています。追加解析用のコードが必要な場合は、コードのみお求めいただけます。

  • Bluebee® データ解析パイプラインの詳細はこちら
  • Bluebee® データ解析パイプラインのウェビナー視聴はこちら

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製品データ:FFPE組織から抽出したRNAの解析

同じ組織検体からホルマリン固定パラフィン包埋 (FFPE)組織ブロックと新鮮凍結組織ブロックを作製、total RNAを調製し、2つのサンプルを使用してQuantSeqの有用性を評価しました。まず、抽出したRNA のクオリティを評価したところ、FFPE サンプルの DV200は87%(RIN:2.8)、凍結組織のRINは8.3でした。その後、QuantSeq 3' mRNA-Seq Library Prep Kit (FWD) を使用して、50 ng RNAインプットにてライブラリを調製し、HiSeq 2500 を用いて1 x 50bpリード長でシークエンス解析を行いました。FFPE組織から抽出したRNAと凍結組織から抽出したRNAを用いた場合では遺伝子発現解析結果の相関性は高く、QuantSeqでは様々なクオリティのRNAで一貫した結果が得られることが示されました。

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QuantSeqライブラリのリードカバレッジと転写産物長の相関性
FFPE組織(青色)、 凍結組織(赤色)より抽出した試料RNAを用いてQuantSeqライブラリを調製し、リードカバレッジを比較した。リードはpoly(A)テールに向かって得られるため、3' 末端側に集中する。

 

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FFPE 組織、凍結組織での遺伝子カウントの相関

 

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FFPE 組織、凍結組織から検出された遺伝子の重複(リード数 2.5 M)

QuantSeq 3' mRNA-Seq Library Prep Kit (FWD)

QuantSeq 3' mRNA-Seq Library Prep Kit (FWD) with UDI 12 nt

Unique Molecular Identifier (UMI) 分子バーコード

QuantSeq 3' mRNA-Seq Library Prep Kit (FWD)の Second Strand Synthesis Mix 1 と置き換えて使用することで、各リードに UMI の配列を持たせ、PCR 時の増幅バイアスを確認することが可能です。

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
UMI Second Strand Synthesis Module for QuantSeq FWD for Illumina詳細データ LEX 081.96 96 RXN
¥35,000

Globin Block

血液サンプルから QuantSeq 3' mRNA-Seq ライブラリを調製する際に使用することで、グロビン由来断片の増幅を防ぎます。

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
RS-Globin Block, Homo sapiens詳細データ LEX 070.96 96 RXN
¥109,000
RS-Globin Block, Sus scrofa詳細データ LEX 071.96 96 RXN
¥95,000

Bluebee® データ解析パイプライン アクチベーションコード

QuantSeq 3' mRNA-Seq Library Prep Kit (FWD) に付属するアクチベーションコードを使い切ってしまった場合等、追加のデータ解析が必要な際にご利用いただけます。

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
QuantSeq Data Analysis (FWD/FWD-UMI) on Bluebee(R) Platform, 24 runs, 0 - 1.5 GB each LEX 090.24 24 ASSAY
[1.5 GB each]
¥47,000
QuantSeq Data Analysis (FWD/FWD-UMI) on Bluebee(R) Platform, 1 run, 0 - 3 GB LEX 093.03 1 ASSAY
[3 GB]
¥5,000
QuantSeq Data Analysis (FWD/FWD-UMI) on Bluebee(R) Platform, 1 run, 0 - 6 GB LEX 093.06 1 ASSAY
[6 GB]
¥9,000

【関連情報】

商品は「研究用試薬」です。人や動物の医療用・臨床診断用・食品用としては使用しないように、十分ご注意ください。

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