多検体の網羅的な遺伝子発現解析に QuantSeq 3' mRNA-Seq V2 Library Prep Kit (FWD) with UDI
[次世代シーケンサー用ライブラリー調製キット]

mRNA-seq用のcDNAライブラリを調製するキットです（イルミナ社次世代シーケンサーに対応）。本キットは、従来のcDNAライブラリ調製キットと異なり1つの転写産物の3'末端付近に対して1断片のみを逆転写するため、「コスト・時間・サンプルを選ばない・解析の容易さ」どの点においても優れています。

本キットは、1つの転写産物あたり1断片のみを作成するため、シーケンス解析の際にリード数を抑えることができます。これにより、解析コストの低減と解析時間の短縮をすることができます。また、転写産物あたり1つの断片しか生成しないため、極めて正確な遺伝子発現値を得ることができます。解析データ数を減らせるうえに、シーケンスで読み取る配列の数（リード数）が減るためデータ解析が簡単になります。加えて、転写産物の3'末端付近のみを増幅するため、サンプル劣化による転写産物断片化の影響をほぼ受けません。そのため、FFPEサンプルなどのRIN 値^※1や DV200 値^※2の低い、劣化（断片化）したサンプルでもシーケンス可能です。
よって、「コスト・時間・サンプルを選ばない・解析の容易さ」どの点においても優れています。

※1 RIN値：RNA分解の指標。1〜10段階で、1に近いほどRNAの分解が進んでいることを表している。
※2 DV200値：測定したRNA中に200塩基以上のRNA断片が存在する割合。数値が低いほどRNAの断片化が進んでいることを表している。



図1. cDNAライブラリ作製-従来品との比較

• 4.5時間と短時間で 3' mRNA-Seq ライブラリを調製可能
• サンプルあたりのリード数が少ないため、シーケンス及び解析のコストと手間を大幅に削減
• 少量のインプット（Total RNA 1 ng）やFFPEサンプルのようなRIN値及びDV200値が低い（RNAの断片化が進んだ）サンプルでも解析が可能
• Total RNAをインプットとして使用するため、poly(A)の濃縮やrRNAの排除が不要
• データ解析プラットフォーム「Kangooroo」を無償提供。詳細はこちら 。

転写産物の3'末端付近のみを増幅するため、mRNAの精製やRNA断片化などの前処理が不要になります。さらに、ライブラリ調製も3ステップで終わるため、ライブラリ調製時間を大幅に短縮することが可能です。

また、キットに付属する分析コードを使用することで、PREP分のデータ解析をLEXOGEN社に依頼することができます。

図2. 簡易ワークフロー/従来のcDNAライブラリ調製キットとの比較

図3. ワークフロー詳細

1. FFPE（RNAが断片化）サンプルでも解析可能

RNA断片化の少ない新鮮凍結 (Fresh Frozen; FF)サンプルと、DNA断片化が進んだホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）サンプルで一貫したデータを得ることができます。

図4. 凍結（FF）あるいはホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）したマウス脾臓サンプルから抽出したRNAを用いたシーケンスデータ
input RNA: 10ng, リード:1M
横軸は左から1cpm、5cpm、10cpm。
RIN値：3.7 (FF)、2.9 (FFPE)。DV200 values: 90% (FF) 、9% (FFPE)。

2. UDI12ライブラリによるデータ修正

Version2より付属するUDI12ライブラリ（特許取得済）を使用することで、シーケンスの読み取りミスの大部分を修正して解析データとして使用することができるようになります。従来品のIndex長が6塩基UDI（UDI6）と比較して、12塩基のUDI（UDI12）を使用することでシーケンスエラーの修正が可能になり約6.9%のリードをレスキューすることができるようになりました。

図5. UDI12ライブラリによる解析エラーの修正

【関連情報】

• LEXOGEN社：商品ラインアップ
• 特集：次世代シーケンシング　ライブラリ調製　ポータルサイト

【研究者が使ってみました！ アプリケーションノート】

• QuantSeq 3'mRNA-seq Library Prep Kitを用いたトランスクリプトーム解析
  自治医科大学 分子病態治療研究センター 再生医学研究部 魚崎 英毅 先生
• QuantSeq 3'mRNA-Seq Library Prep Kit で行う多検体の網羅的遺伝子発現解析
  国立研究開発法人 森林研究・整備機構 森林総合研究所林木育種センター 永野　聡一郎 先生

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