ヒストン翻訳後修飾 (PTM) に対する抗体特異性の決定に SNAP-CUTANA™ スパイクインコントロール

SNAP CUTANA™ Spike-in Controlsは、広く研究されているヒストン翻訳後修飾(PTM)のアレイに用いる改変DNAバーコードデザイナーヌクレオソーム(dNucs)のパネルで、CUT&RUNおよびCUT&Tagのスパイクインコントロールとしてご使用いただけます。これらのコントロールは、アッセイの成功の可否、抗体特異性をモニタリング、サンプル間を定量的に比較し、信頼性の高い結果を提供します。

ヒストン翻訳後修飾(PTM)のエピゲノムマッピングは、クロマチン調節を研究するための強力かつ広く使用されているアプローチです。しかし、現在のコントロールは明確に定義されておらず、アッセイの成功、抗体特異性、または定量的な正規化のために使用される正確なリードアウトを提供することができませんでした。エピゲノミクスデータの真の品質はしばしば不明瞭であり、結果の誤解を生み、貴重なサンプルの消費に繋がってしまいます。EpiCypher社ではこれらの問題に対処するためにSNAP Spike-in Controlを開発しました。簡単な一つの操作で、分析をコントロールでき、データの信頼性の向上を期待できます。

• 実験成功の直接的、定量的なリードアウト
• 抗体特異性のアッセイ内検証
• サンプル間比較のための頑強な正規化
• CUTANA™ CUT&RUNおよびCUT&Tagワークフローと互換性あり

SNAP Spike-in Controlは、広く研究されているヒストン翻訳後修飾の、高純度な組換えヒトヌクレオソームのパネルです。シーケンスまたはqPCRによりクロマチンサンプルと容易に区別できるバーコード化されたDNAテンプレートが巻き付いています。
SNAPスパイクインは、ヒストン翻訳後修飾マッピングのアッセイ開始時に、クロマチンサンプルへ添加するピペッティングステップを一つ加えるだけでその後のワークフロー全てに適用でき、クロマチンプロファイリングのための理想的なオールインワンコントロールになります。
スパイクインパネルは、EpiCypher社のCUTANA™CUT&およびCUT&Tagアッセイ、ならびにChIP-seqを含む様々なクロマチンマッピングアッセイに利用可能です。

アッセイの最適化とトラブルシューティングのための定量的コントロール

SNAP Spike-inは、アッセイの成功を直接読み取ることができます。サンプルとスパイクインのデータを比較すると、他のコントロールでは不可能なサンプルの質、抗体の特異性、ワークフローの性能に関する貴重な情報が明らかになります。SNAP Spike-insを使用して下記に利用できます。

• 失敗した反応にフラグを立てる(図2)
• トラブルシューティング（細胞、抗体、ワークフローの問題か？など）
• 低細胞インプットおよび臨床応用のための信頼できるアッセイの開発
• アッセイ成功を継続的にモニタリング

図2　SNAP-CUTANA™ Spike-insを用いたCUT＆RUN反応の成否の検証例

特定のヌクレオソームコントロールに対するアッセイ内抗体バリデーション

SNAP Spike-inは、アッセイにおいて最も重要な抗体の特異性を直接調べることができる唯一のコントロールです。

• 高純度の生理学的基質に対する抗体特異性の直接的なリードアウト
• 独自の細胞型および条件に対する抗体のバリデーション
• より正確な結果を得るために、オフターゲットシグナルの回避 (図3)
• 広く研究されているヒストン翻訳後修飾ターゲット (リシンメチル化、リシンアシル化、およびそれ以上)の便利なパネル

図3 オフターゲットシグナルの回避

信頼できる比較のための頑強なサンプルの正規化

スパイクインコントロールは、特に臨床および薬剤開発研究において、実験間のクロマチンプロファイルを比較するために不可欠です。SNAPスパイクインは、既存のクロマチンスパイクインに比べて下記利点があります。

• 高純度でロットがバリデートされたパネルにより試験間の一貫性を提供
• サンプル、実験、研究室間のデータ比較に
• アッセイパフォーマンスの標準化に
• 標準的な方法では不明瞭なヒストン翻訳後修飾濃縮の薬物誘導変化を定量可能(図4)

図4 SNAP-CUTANA™ Spike-in コントロールを用いて翻訳後修飾における薬物誘導による変化を標準化

※  表示価格について