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研究用

5'capカバレッジが違う!転写開始点の解析にTeloPrime Full-Length cDNA Amplification Kit V2

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5'capカバレッジが違う!転写開始点の解析に TeloPrime Full-Length cDNA Amplifi cation Kit

本キットは、Lexogen 社独自のcap 依存的リンカーライゲーション (Cap-Dependent Linker Ligation;CDLL) と長鎖逆転写技術を基にしており、cap 構造とpoly(A) を持つ全長RNA を選択可能です。完全なmRNA情報により、mRNA トランスクリプトームを正確に解析可能です。

Teloprime?ウェビナー
※YouTubeサイトにリンクされています。外部リンク

特長

  • 高収量のFull-length cDNAを調製可能
  • 5'-cap とpoly(A) に対する高い特異性
  • ロングリード解析(PacBio™ 、Oxford Nanopore™など)におすすめ
  • フレキシブルな RNAインプット量(1 ng〜2 µg total RNA / prep)
  • 逆転写反応用プライマー、PCR プライマー(FWD、REV)はカスタムプライマー(例 遺伝子特異的プライマー)に置き換えることが可能
  • 調製した cDNA は様々なアプリケーションに使用可能(NGS ライブラリ作製、マイクロアレイプローブ作製、RACE クローニング等)

構成内容

  • Reverse Transcription Primer
  • Reverse Transcription Mix
  • Enzyme Mix 1
  • Ligation Mix
  • Enzyme Mix 2
  • Second Strand Synthesis Mix
  • Enzyme Mix 3
  • TeloPrime PCR Mix
  • PCR Forward Primer
  • PCR Reverse Primer
  • RNA Buffer
  • DNA Buffer
  • Column Binding Buffer 1
  • Column Binding Buffer 2
  • Column Wash Buffer

ワークフロー

Total RNA からoligo(dT) を用いた逆転写反応により全長 cDNA の合成を行います。次に、5' C オーバーハングを有する二本鎖アダプターを、RNA/cDNA ハイブリッド(二本鎖)のcap 構造のG と結合させます。二本鎖特異的なリガーゼを用いることで、cap 構造を持ち(インタクトなRNA)、第一鎖合成がmRNA の5' 側に到達した場合のみライゲーションが起こります。その後、5' タグ(二本鎖アダプター)を有する産物のみ第二鎖が合成され、5' タグ、3' タグ特異的な PCR プライマーを用いてPCR を行うことで、全長の二本鎖 cDNA が調製されます。

TeloPrime Full-Length cDNA Amplification Kit V2のワークフロー
図1. TeloPrime Full-Length cDNA Amplification Kit V2 のワークフロー

 

製品データ

パフォーマンス

TeloPrime Full-Length cDNA Amplifi cation Kit はテンプレートスイッチ法やオリゴキャッピング法などの他の全長 cDNA 合成法と比較し5' cap カバレッジに優れており、正確に転写開始点をマッピングすることが可能です(図2)。

正確なマッピング
図2. Lexogen 社のTeloPrime Full-Length cDNA Amplification Kit は転写開始点(TTS)の正確なマッピングを可能にする
テンプレートスイッチ法、オリゴキャッピング法、TeloPrime Full-Length cDNA Amplification Kit を用いて、mRNA の5' 末端をタグ付けした。マウスゲノムに対して転写開始点をマッピングした。転写開始点のリードカバレッジを標準化した転写産物長に対してプロットし、上位 500 種の発現遺伝子の転写開始点をマッピングした。

TeloPrime Full-Length cDNA Amplification Kit

品名 メーカー 品番 包装 希望販売価格
TeloPrime Full-Length cDNA Amplification Kit V2詳細データ LEX 013.08 8 PREP.
¥121,000
TeloPrime Full-Length cDNA Amplification Kit V2詳細データ LEX 013.24 24 PREP.
¥269,000

【関連情報】

商品は「研究用試薬」です。人や動物の医療用・臨床診断用・食品用としては使用しないように、十分ご注意ください。

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