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immunoGlobe(IGL)社 抗体のイロハ

記事ID : 15252

コンピューターで信頼性の高い抗原ペプチド領域を選択できる?エピトープ選択の技巧


以下の2つの図は、コンピューター上のアルゴリズムに基づくエピトープ選択が本質的に不可能であるということを鮮明に示しています。

別々の3種類の予測プログラムは、それぞれ別の領域を有望な抗原ペプチド領域として提示しています。一方、エピトープマッピング実験では、全長タンパク質を免疫したウサギが、各アルゴリズムが提示したいずれの候補とも一致しないエピトープを選択していることが明らかとなりました。

エピトープ予測とエピトープマッピング
エピトープ予測とエピトープマッピング(〜300アミノ酸部分配列)
ペプチドマイクロアレイを用いた抗体エピトープマッピング
ペプチドマイクロアレイを用いた抗体エピトープマッピング(上パネルに示した~300アミノ酸部分配列)
 

無関係なタンパク質への特異的交差反応性

一般的な抗体のエピトープの長さは、約5-8アミノ酸です。

immunoGlobe(IGL)社がこれまでにマップした最小のエピトープは、隣接するペプチド結合の一部を含むわずか3つのアミノ酸です。このことは、ペプチド抗体とモノクローナル抗体のいずれでも生じる可能性のある問題を提起します。

統計的に、同一または非常に類似の配列は、種々の無関係なタンパク質に存在します。実際に、5つ程度の同一アミノ酸の連続は、避けられません。

これは、配列および機能の両面において無関係なタンパク質と「特異的」な交差反応を誘発するのに十分な数です。無関係なタンパク質に「特異的」な抗体とはつまり、目的の配列に対して作製(および精製)した抗体であるため、反応性は正当なものであり、「正しい」抗原で「誤った」タンパク質を認識するということです。したがって、ペプチド抗原を設計するときには、このような目的外のタンパク質を認識してしまう、意図しない特異性について、特別に考慮する必要があります

ターゲットが不明瞭なペプチド配列は絶対に使用してはなりません。
ターゲットが不明瞭なペプチド配列は絶対に使用してはなりません。
例:LMBR1 - DCP2と抗アルブミン抗体の交差反応性。

結論

エピトープ選択は、単にタンパク質配列予測アルゴリズムを適用するだけでは不十分です。

そのため、immunoGlobe(IGL)社では、独自のワークフローで3Dモデルや種比較、二次構造、ドメイン構造などのような多角的な考察を含む、独自のワークフローでエピトープを選択しています。

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