記事ID ： 45640

代替ポリアデニル化を含む、3'非翻訳領域の解析に QuantSeq 3'mRNA-Seq V2 Library Prep Kit (REV) with UDI
[次世代シーケンサー用ライブラリー調製キット]

カテゴリから探す > 分子生物 > RNAシーケンシング > 次世代シーケンシングキット

メーカー名：Lexogen GmbH

mRNA-seq用のcDNAライブラリを調製するキットです（イルミナ社次世代シーケンサーに対応）。本キットは、従来のcDNAライブラリ調整キットと異なり1つの転写産物の3'末端付近に対して1断片のみを逆転写するため（図1）、「コスト・時間・サンプルを選ばない・解析の容易さ」どの点においても優れています。網羅的発現解析用のForward（FWD）キット、代替ポリアデニル化（Alternative Polyadenylation：APA）を含む、ｍRNAの3’ 非翻訳領域（3’-UTR）解析用のReverse（REV）キットの2種類をご用意しています。ここでは、Reverse（REV）キットをご紹介します。

Version2より付属するUnique Dual Indices (UDI12, 特許取得済）を使用することで、よりシーケンスのミスリードを減らすことが可能になりました。

図1. cDNAライブラリ作製-従来品との比較

FAQあります！

特長

3'非翻訳領域（3'-UTR）や代替ポリアデニル化（Alternative Polyadenylation：APA）の解析におすすめ
少量のインプット（Total RNA 1 ng）やFFPEサンプルのようなRIN値及びDV200値が低い（RNAの断片化が進んだ）サンプルでも解析が可能
Globin block Module （グロビンmRNA除去試薬）と組み合わせてライブラリ調製可能
4.5 時間以内 (作業時間は2時間未満)と短時間でライブラリ調製可能
購入者には無償のデータ解析サービスを提供。詳細はこちら。

ワークフロー（FWD vs REV）

図2. 簡易ワークフロー　Forward（FWD）とReverse（REV）の比較
oligo(dT)プライマーを用いてmRNAの3'末端のpoly(A)特異的に逆転写反応を行った後、その転写物に対してランダムプライミングを行うことで第二鎖を合成します。これによりmRNAの3'末端側のみのライブラリを調節できます。また、oligo(dT)プライマーはmRNA特異的な配列であるpoly(A)をターゲットとしていることから、rRNAなどmRNA以外のRNAの増幅が起こりません。ポリ (A) 濃縮や rRNA除去等の処理の必要が無いため、Total RNAのままライブラリ作製が可能です。REVキットとFWDキットではアダプターの位置が反対になっています。REVキットでは3'末端側からシークエンスが行われるため、mRNA 3'末端の正確な配列解析が可能です。

性能

1. 代替ポリアデニル化を含む、3'非翻訳領域（3'-UTR）の正確なマッピング

QuantSeq REVによりポリ(A) RNA （3' 末端）を正確に特定し、代替ポリアデニル化を含む転写物の3' 非翻訳領域（3'-UTR）の正確な情報を取得できます（図3）。

図3. QuantSeq REV V2 でヒト血液中の OSBP2 の代替ポリアデニル化の検出
10 ngヒト細胞株由来のRNAと50 ngのヒト血液を使用して、QuantSeq REVライブラリを調製。ヒト血液はGlobin Block Moduleにより調製された。ヒト血液由来のRNAのOSBP2 (human Oxysterol Binding Protein 2) で代替ポリアデニル化部位が検出され、ヒト細胞株由来のRNAと転写末端部位が異なることが明らかになった。

2. 幅広いInput量

1ngから500ngまでの広範囲のTotal RNAをinputとして使用できます。高品質なデータと高い遺伝子検出率を提供します（表1）。

**表1. 異なるinput量におけるシークエンスデータの品質比較**
	Input RNA amount
	500 ng	10 ng	1 ng
% Reads Mapped	98.90%	98.60%	98.00%
% Uniquely Mapping Reads	91.90%	90.00%	88.80%
% Protein Coding	95.50%	94.60%	93.40%
No. of Genes Detected	14,215	14,274	9,922

異なる量（500 ng, 10 ng, 1 ng）のUniversal Human Reference RNA (UHRR)はQuantSeq REVでライブラリ調製された。ペアエンドモード（500K read）でシークエンスが行われ、Read 2が分析された。各実験は少なくとも2回行われ、表には平均値が記載されている。

3. UDI12ライブラリによるデータ修正

Version2より付属するUDI12ライブラリ（特許取得済）を使用することで、シーケンスの読み取りミスの大部分を修正して解析データとして使用することができるようになります。従来品のIndex長が6塩基UDIと比較して（UDI6）に比べて、12塩基のUDI（UDI12）を使用することでシーケンスエラーの修正が可能になり約6.9%のリードをレスキューすることができるようになりました。

図4. UDI12ライブラリによる解析エラーの修正

QuantSeq 3' mRNA-Seq V2 Library Prep Kit (REV) with UDI

品名	メーカー	品番	包装	希望販売価格
QuantSeq 3' mRNA-Seq Library Prep Kit (REV) for Illumina with Custom Sequencing Primer, 24 preps	LEX	225.24	24 RXN	￥220,000
QuantSeq 3' mRNA-Seq Library Prep Kit (REV) for Illumina with Custom Sequencing Primer, 96 preps	LEX	225.96	96 RXN	お問い合わせ