細かい断片

Sci. STKE, Vol. 2006, Issue 340, pp. pe28, 20 June 2006
[DOI: 10.1126/stke.3402006pe28]

Michael B. Yaffe*

Center for Cancer Research, Departments of Biology and Biological Engineering, Massachusetts Institute of Technology, 77 Massachusetts Avenue, E18-580, Cambridge, MA 02138, USA.
*Contact information: Telephone, 617-452-2103; Fax, 617-452-4978; E-mail, myaffe@mit.edu

要約 : シグナル伝達に関与するタンパク質間相互作用の多くは、ある分子中のモジュールタンパク質ドメインが別の分子中のアミノ酸の短い直線配列（「モチーフ」）と相互作用することにより起こる。タンパク質ドメインは様々な計算手段によって識別されるが、バイオインフォマティクスのアプローチだけでは、ドメインが結合する短い配列のモチーフの同定には成功していない。新たなアプローチでは、タンパク質間相互作用のハイスループットスクリーニングによって互いに結合することがすでに知られている、タンパク質の小さいサブプロテオミクス的なコレクションに、モチーフ決定アルゴリズムを適用した。この方法は、今や比較的多くの低親和性のコアモチーフ配列を捕らえることができるようである。この方法を酵母、ショウジョウバエ、線虫、ヒトのゲノムに適用することにより、既知あるいは可能性のあるタンパク質間相互作用モチーフの数が倍増した。