全ゲノムRNA干渉スクリーニングの統合的解析

Sci. Signal., 12 May 2009
Vol. 2, Issue 70, p. pt4
[DOI: 10.1126/scisignal.270pt4]

Jason D. Berndt*, Travis L. Biechele, Randall T. Moon, and Michael B. Major

Howard Hughes Medical Institute, Department of Pharmacology, Institute for Stem Cell and Regenerative Medicine, University of Washington, Seattle, WA 98109, USA.
* Corresponding author. E-mail, jdberndt@u.washington.edu

要約 ： ハイスループットな遺伝的スクリーニングによって、過去10年間でゲノム機能のアノテーションは飛躍的に進んだ。同様に、DNAのメチル化、クロマチンの状態と占有、メッセンジャーRNAの発現パターン、および疾患に関連する遺伝的多型の全ゲノムマッピングやタンパク質間相互作用の全プロテオームマッピングによっても膨大なデータ資源が得られている。最近の傾向として、数種のデータを組み合わせた統合的スクリーニングと呼ばれる手法が用いられている。例えば、Wnt/β-カテニン経路の大規模RNA干渉スクリーニング結果と、結腸直腸癌の遺伝子型またはプロテオミクスデータとを統合したデータに関する報告がある。これらの研究から、データ統合により、的を絞った有効なデータセットが得られ、追跡実験を行うための信頼度の高い候補遺伝子を特定できることが示されている。今回、ヒトの疾患の理解および治療に関する統合的スクリーニングの進展および新戦略について紹介する。